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- PDB-9bpx: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bpx
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant in Complex with (1'-(4-((1-butylpyrrolidin-3-yl)methoxy)phenyl)-6'-hydroxy-1',4'-dihydro-2'H-spiro[cyclopropane-1,3'-isoquinolin]-2'-yl)(phenyl)methanone
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Estrogen / Alpha Helical Bundle / Breast Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HISTIDINE / Chem-TZI / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Young, K.Y. / Fanning, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R37CA279341 米国
引用ジャーナル: Breast Cancer Res / 年: 2025
タイトル: Targeting unique ligand binding domain structural features downregulates DKK1 in Y537S ESR1 mutant breast cancer cells.
著者: Young, K.S. / Hancock, G.R. / Fink, E.C. / Zigrossi, A. / Flowers, B. / Cooper, D.A. / Nguyen, V.T. / Martinez, M.C. / Mon, K.S. / Bosland, M. / Zak, D.R. / Runde, A.P. / Sharifi, M.N. / ...著者: Young, K.S. / Hancock, G.R. / Fink, E.C. / Zigrossi, A. / Flowers, B. / Cooper, D.A. / Nguyen, V.T. / Martinez, M.C. / Mon, K.S. / Bosland, M. / Zak, D.R. / Runde, A.P. / Sharifi, M.N. / Kastrati, I. / Minh, D.D.L. / Kregel, S. / Fanning, S.W.
履歴
登録2024年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2155
ポリマ－60,0322
非ポリマー1,1833
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.731, 58.294, 87.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 30015.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 化合物 ChemComp-TZI / [(1'R)-1'-(4-{[(3R)-1-(3-fluoropropyl)pyrrolidin-3-yl]methoxy}phenyl)-6'-hydroxy-1',4'-dihydro-2'H-spiro[cyclopropane-1,3'-isoquinolin]-2'-yl](phenyl)methanone


分子量: 514.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H35FN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1BV9 / [(1'R)-1'-(4-{[(3S)-1-(3-fluoropropyl)-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]methoxy}phenyl)-6'-hydroxy-1',4'-dihydro-2'H-spiro[cyclopropane-1,3'-isoquinolin]-2'-yl](phenyl)methanone


分子量: 512.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H33FN2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3,350, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 24826 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 1894.37
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 1248 / CC1/2: 0.655

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→45.63 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 1137 4.77 %
Rwork0.1858 --
obs0.1875 23841 94.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3611 0 86 186 3883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5115198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.48517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30.27931120.2332247X-RAY DIFFRACTION75
2.3-2.420.30381320.2152743X-RAY DIFFRACTION91
2.42-2.570.24481560.20272844X-RAY DIFFRACTION95
2.57-2.770.26671490.20822964X-RAY DIFFRACTION99
2.77-3.050.22471640.19232946X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.490.211280.18182977X-RAY DIFFRACTION98
3.49-4.40.19931320.15972999X-RAY DIFFRACTION98
4.4-45.630.19221640.18122984X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.56883.7576-1.60825.8774-2.67563.10990.10350.18670.5449-0.13570.17070.6655-0.1332-0.2174-0.32060.28370.1104-0.02010.1833-0.02260.254-3.3868-16.181523.7159
23.42891.1316-1.98940.4955-1.04314.3317-0.03550.49640.0028-0.0465-0.00870.03730.0016-0.28530.04040.19390.06050.00050.2309-0.02320.22210.3715-22.910417.6258
37.5929-0.03271.00081.52750.94277.18050.0526-0.5605-0.53930.49320.08140.20520.4744-0.3001-0.0660.28040.04310.03190.26120.03490.244-2.667-28.282837.1851
42.24380.7592-0.77422.17-1.94625.323-0.0194-0.0049-0.1027-0.0363-0.0349-0.03330.17470.31830.07720.15570.051-0.02180.18530.01280.22869.5746-22.710826.2047
52.90371.1951.13374.15263.26442.2218-0.02280.36440.31-0.2755-0.002-0.1435-0.53290.17260.05370.29140.0001-0.00020.2160.10640.281117.0373-12.891515.2337
67.62653.46420.30635.74120.29942.0256-0.0682-0.0704-0.3991-0.1395-0.0697-0.32780.11280.05540.15140.23590.07660.00310.17960.01860.217513.7659-25.463426.497
76.7977-5.9545.74412.1501-7.75972.17160.22930.1031-0.5760.6377-0.01731.01390.7411-0.7876-0.33220.6188-0.1661-0.04130.9444-0.18980.4342-5.123-25.55018.2564
82.00041.9997-8.816720.06682.00020.0345-0.37460.90170.55540.02911.88-0.17210.2977-0.09830.51770.23850.39821.5712-0.40481.5353-13.0003-12.544.7115
94.8745-0.00342.06727.77011.64814.8875-0.1629-0.01940.58860.25140.0161-0.43040.07050.42080.15190.13970.03320.00730.36890.00090.379438.3707-32.188626.5943
101.10560.6299-1.90477.8541-1.30759.20150.32890.314-0.4679-0.0191.2046-0.59961.05790.5046-1.49350.8111-0.07420.04390.6938-0.25250.936731.5506-56.78617.9844
113.7237-0.7467-0.17197.12082.1125.1467-0.0896-0.1421-0.34590.54220.3114-0.39160.22590.4242-0.16320.20450.073-0.00530.22470.05770.202231.6002-41.387628.0777
123.4062-0.8980.76694.59240.19852.83780.19110.29960.112-0.07760.0097-0.14760.16830.0712-0.1320.17180.0801-0.01030.1880.01880.212627.8956-37.880721.5956
136.4552-3.48550.93593.1223-1.20651.25350.4981.0954-0.427-0.9415-0.53180.73481.1899-0.6328-0.00470.64120.1717-0.07210.9063-0.26680.447122.7366-45.96166.0234
143.28210.29391.51465.6021.79285.1620.16930.30290.0575-0.1714-0.0077-0.1321-0.1418-0.0198-0.11270.16930.11270.01340.24630.02830.238725.2642-30.136919.0669
153.41630.77180.33616.2259-0.872.8569-0.0671-0.03160.20360.1182-0.0395-0.2477-0.21670.18810.11120.10090.05040.00810.2226-0.00230.208624.758-23.307624.4258
162.2492-2.7806-0.8976.6271-3.91679.76970.66141.3184-0.7907-1.2428-0.3580.68320.5011-0.6687-0.40040.55530.0986-0.06980.4783-0.11420.432723.8812-48.889932.3275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 306 through 341 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 342 through 394 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 395 through 420 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 421 through 465 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 466 through 496 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 497 through 526 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 527 through 549 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 550 through 550 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 306 through 331 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 332 through 341 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 342 through 371 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 372 through 407 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 408 through 420 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 421 through 469 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 470 through 525 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 526 through 546 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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