PDB-9bcy: Crystal structure of Mayaro virus capsid C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bcy

タイトル

Crystal structure of Mayaro virus capsid C-terminal domain

要素

Structural polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Mayaro virus / arbovirus / alphavirus / capsid / C protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mayaro virus (マヤロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Bezerra, E.H.S. / Scorsato, V. / Tonoli, C.C. / Benedetti, C.E. / Marques, R.E.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mayaro virus capsid C-terminal domain
著者: Bezerra, E.H.S. / Scorsato, V. / Tonoli, C.C. / Benedetti, C.E. / Marques, R.E.

履歴

登録	2024年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bcy.cif.gz	89.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bcy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bcy_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bcy_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9bcy_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	9bcy_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (3) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Structural polyprotein

BBB: Structural polyprotein

ヘテロ分子

34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.160, 40.112, 56.511
Angle α, β, γ (deg.)	93.585, 94.403, 111.925
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Structural polyprotein / p130 分子量: 17215.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mayaro virus (マヤロウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A515HFP9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 22% PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→37.057 Å / Num. obs: 96920 / % possible obs: 93.08 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 9.59 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05812 / R_pim(I) all: 0.03665 / R_rim(I) all: 0.06895 / Net I/σ(I): 16.96
反射シェル	解像度: 1.18→1.222 Å / R_merge(I) obs: 0.09189 / Mean I/σ(I) obs: 10.72 / Num. unique obs: 8699 / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.05683 / R_rim(I) all: 0.1084

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.18→37.057 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.451 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1806	4894	5.05 %
R_work	0.1648	92026	-
all	0.166	-	-
obs	-	96920	93.087 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.459 Å²	-0.115 Å²	0.046 Å²
2-	-	-0.15 Å²	-0.048 Å²
3-	-	-	-0.156 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→37.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2286	0	32	489	2807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.655	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.747	1.586	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.459	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.195	22.727	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.248	15	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.888	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.032	0.02	513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.402	1.035	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.4	1.034	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.613	1.537	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.611	1.537	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.002	1.398	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.999	1.399	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.855	1.917	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.851	1.918	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.096	15.026	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.364	13.584	2774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.211	0.196	343	0.188	6007	X-RAY DIFFRACTION	82.7146
1.211-1.244	0.191	344	0.189	6184	X-RAY DIFFRACTION	87.4715
1.244-1.28	0.197	355	0.183	6334	X-RAY DIFFRACTION	91.3548
1.28-1.319	0.206	328	0.181	6259	X-RAY DIFFRACTION	92.3713
1.319-1.362	0.198	347	0.182	5980	X-RAY DIFFRACTION	92.5
1.362-1.41	0.185	290	0.177	5907	X-RAY DIFFRACTION	93.104
1.41-1.463	0.178	338	0.17	5659	X-RAY DIFFRACTION	93.5132
1.463-1.523	0.172	271	0.166	5568	X-RAY DIFFRACTION	94.1774
1.523-1.591	0.172	297	0.157	5294	X-RAY DIFFRACTION	94.6664
1.591-1.668	0.169	253	0.161	5131	X-RAY DIFFRACTION	94.9057
1.668-1.759	0.161	222	0.153	4865	X-RAY DIFFRACTION	95.0486
1.759-1.865	0.173	263	0.154	4605	X-RAY DIFFRACTION	94.9668
1.865-1.994	0.175	219	0.157	4296	X-RAY DIFFRACTION	94.8928
1.994-2.153	0.176	199	0.158	4102	X-RAY DIFFRACTION	96.8694
2.153-2.358	0.176	213	0.152	3814	X-RAY DIFFRACTION	97.4589
2.358-2.636	0.168	192	0.163	3411	X-RAY DIFFRACTION	97.3521
2.636-3.043	0.18	138	0.163	3005	X-RAY DIFFRACTION	96.8866
3.043-3.724	0.183	121	0.162	2526	X-RAY DIFFRACTION	95.4562
3.724-5.255	0.176	119	0.154	1947	X-RAY DIFFRACTION	97.4988
5.255-37.057	0.288	42	0.214	1132	X-RAY DIFFRACTION	98.4899

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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