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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z38 | ||||||
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タイトル | FK506 binding protein 1B (including FK506) | ||||||
![]() | peptidylprolyl isomerase | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / FK506 / FK506 binding protein 1B | ||||||
機能・相同性 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytoplasm / 6-CARBOXYPIPERIDINE / peptidylprolyl isomerase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, X.H. / Zhao, W.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution cocrystallized crystal structures of FK506 and FK506-binding proteins 著者: Liu, X.H. / Zhao, W.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11987.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CPI / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-Sodium Citrate dihydrate or 2.1 M DL-Malic Acid pH 7.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→42.65 Å / Num. obs: 10844 / % possible obs: 88.93 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 26.41 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1712 / Rpim(I) all: 0.07119 / Rrim(I) all: 0.1866 / Net I/σ(I): 6.74 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.248 Å / Rmerge(I) obs: 0.7258 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1114 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.3117 / Rrim(I) all: 0.7951 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→42.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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