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- PDB-8x62: crystal structure of human Mcl-1 kinase domain in complex with RM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x62
タイトルcrystal structure of human Mcl-1 kinase domain in complex with RM1
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードTRANSFERASE / INHIBITOR / TEANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.80339461801 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Wang, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of human Mcl-1 kinase domain in complex with RM1
著者: Zhang, Z.M. / Wang, L.
履歴
登録2023年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1353
ポリマ－34,5592
非ポリマー5761
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.761, 56.011, 66.097
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 112.771, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1


分子量: 17279.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物 ChemComp-YO0 / 1-[7-[1,5-dimethyl-3-(phenoxymethyl)pyrazol-4-yl]-3-(3-naphthalen-1-yloxypropyl)-1~{H}-indol-2-yl]-2,2-bis(oxidanyl)ethanone


分子量: 575.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H33N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
非ポリマーの詳細Two hydroxyl groups of YO0 could lose one water and transfer to glyoxal group which will react with ...Two hydroxyl groups of YO0 could lose one water and transfer to glyoxal group which will react with two amino groups of Arg263 and lose one water again.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5-6.5), 18% (v/v) 2-propanol and 13~20% (w/v) PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→32.4 Å / Num. obs: 8826 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 68.5208719596 Å2 / CC1/2: 0.948 / Net I/σ(I): 7.89
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / CC1/2: 0.948

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASES位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.80339461801→32.4 Å / SU ML: 0.48112058671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36061523847 / 位相誤差: 35.5689716979
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288141854856 882 9.99433427762 %
Rwork0.254963694383 7943 -
obs0.255339728218 8826 99.4366197183 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.7049913713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.80339461801→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2207 0 41 0 2248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003263700448382288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7556276405943113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.020560898052361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00235195112254390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9391721182779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8034-2.97890.3994157327041420.3302179288641288X-RAY DIFFRACTION97.9452054795
2.9789-3.20870.3736789755951460.3074718872571317X-RAY DIFFRACTION99.7273346967
3.2087-3.53130.3226691370261500.2815656041881318X-RAY DIFFRACTION99.7282608696
3.5313-4.04140.297921757741500.2622820669381313X-RAY DIFFRACTION99.7273346967
4.0414-5.08860.2819758954981460.2404761650141341X-RAY DIFFRACTION99.9327956989
5.0886-32.3980.2405538182471480.2287173887591366X-RAY DIFFRACTION99.6052631579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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