PDB-8vzd: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzd

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from Thermoflexaceae bacterium in the Complex with THDP, Formyl-CoA and ADP

要素

2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

キーワード

LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / Oxalyly-CoA decarboxylase / acyloin condensation / SBC / eBERlight

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-FYN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIAMINE DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Thermoflexaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, M. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzd.cif.gz	509.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzd.ent.gz	343.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vzd_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vzd_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8vzd_validation.xml.gz	49.5 KB	表示
CIF形式データ	8vzd_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzeC 8vzfC 8vzhC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

B: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

B: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

ヘテロ分子

A: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

B: 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.173, 182.511, 123.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase TbHACS 分子量: 59059.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoflexaceae bacterium (バクテリア) プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold

-
非ポリマー , 7種, 530分子

#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE 分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FYN / S-{(9R,13S,15R)-17-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]-9,13,15-TRIHYDROXY-10,10-DIMETHYL-13,15-DIOXIDO-4,8-DIOXO-12,14,16-TRIOXA-3,7-DIAZA-13,15-DIPHOSPHAHEPTADEC-1-YL} THIOFORMATE 分子量: 795.544 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₆N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM Calcium Chloride, 0.1 M MES 6.0, 45 % (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0328 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0328 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 56818 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.57 Å² / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.233 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 6.75
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2390 / CC_1/2: 0.576 / R_pim(I) all: 0.404 / R_rim(I) all: 0.798 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→37.38 Å / SU ML: 0.2673 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.0549
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	2797	4.93 %
R_work	0.1975	53986	-
obs	0.1993	56783	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8287	0	245	513	9045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	8762
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5613	11948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0454	1285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0675	3210

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.3184	127	0.296	2240	X-RAY DIFFRACTION	83.08
2.24-2.28	0.3355	127	0.2815	2490	X-RAY DIFFRACTION	90.18
2.28-2.32	0.3127	134	0.2759	2593	X-RAY DIFFRACTION	96.29
2.32-2.37	0.3171	162	0.2595	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.37-2.42	0.268	117	0.2514	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.42-2.48	0.3024	124	0.2426	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.48-2.54	0.2379	141	0.2323	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.54-2.61	0.2659	146	0.2226	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.61-2.68	0.2667	139	0.2231	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.68-2.77	0.2534	163	0.2118	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.87	0.2891	148	0.2158	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.87-2.98	0.2823	128	0.2096	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.12	0.2361	148	0.2033	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.28	0.241	140	0.2039	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.29-3.49	0.2065	119	0.1848	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.49-3.76	0.2347	129	0.1732	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.76-4.14	0.1992	129	0.1586	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.45
4.14-4.74	0.1704	144	0.1447	2752	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.74-5.96	0.1789	160	0.1577	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.51
5.96-37.38	0.1749	172	0.153	2802	X-RAY DIFFRACTION	96.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.25437357182	-1.14696907847	-0.335775142629	1.59305942171	0.279734221371	0.924763834841	-0.021291934718	0.0159688185858	0.273024020596	0.0559176841796	0.0746352104018	-0.408553964219	-0.070281782214	0.140426999228	0.0131524776789	0.162690177984	-0.0258492251688	-0.0432080803395	0.208972492535	-0.0221006435802	0.246682730821	23.4156348003	40.1097528789	36.7831920731
2	0.387895054809	-0.473801230412	0.00179901295086	0.525352236788	-0.00373971645175	0.633066741639	-0.00540991633414	0.0284057248408	0.00542295539648	-0.0503455086315	-0.0259941762194	-0.059539759409	0.0261789366015	-0.000218054100229	0.0440581588218	0.119697771925	-0.0271736584197	0.00182966943413	0.11941511844	0.00734364277591	0.142550598558	13.1967434961	36.0887683657	32.4299970745
3	0.0381182384868	-0.0718579556078	-0.124346884432	0.186622469677	0.126984369982	0.717449342171	0.0267129744233	0.0682339258065	-0.0405127330047	-0.018116583572	0.0296052475113	-0.014813661046	-0.00166477344343	0.221848898647	-0.0513236227874	0.141645331823	-0.0341895692426	0.0166107210472	0.202196323683	-0.0240941458375	0.165069265132	20.3265955301	31.3214186463	9.3230415344
4	0.445451534711	-0.228852170484	-0.150293693875	0.826221103393	-0.392667985797	0.601138815061	0.0584526222683	0.0829867957423	0.0166930145899	-0.0255290494465	-0.0299421562411	-0.0208498366255	-0.01384494149	-0.00564101731157	-0.0323382759931	0.168423662114	-0.0100419762438	-0.00122172389126	0.18253322786	-0.00130106585006	0.162144155264	7.54917277591	36.570587647	-1.18520823591
5	0.460458248121	-0.0991717290541	-0.159461541361	0.452459176094	0.40930229954	0.479730878094	0.0179598448522	0.103565516312	0.0428550215594	-0.191233174272	0.000264114606458	0.033720608301	-0.134774484568	-0.111150064356	-0.0104250089284	0.230029058714	-0.00984897440618	-0.0272077886576	0.192940434313	0.0414910248724	0.165868902711	10.3929352056	43.5636863236	-9.69002545597
6	0.449768541506	-0.0516301941089	0.179843879928	0.336001957976	0.11238381289	0.669814023884	0.050378458813	0.0804438466679	0.00040016550278	0.00589091001946	-0.0277732368261	-0.0347506129623	-0.0903372214687	0.00835982676189	-0.0345818313378	0.138836807319	-0.0106710313635	0.00929542818164	0.144985826228	-0.000187520290693	0.139418145288	6.50134097518	56.0726093215	14.7553256661
7	0.879275587235	0.319735215562	0.26275706473	0.757387587412	0.370598251975	0.744759701433	-0.0960014831703	0.125465250163	0.073933310602	-0.20331121277	-0.00134785056261	0.126086186192	-0.118509960595	-0.0629511230766	0.0123792943055	0.265779666372	0.04500666641	-0.0242714669599	0.191941381747	-0.0205925523492	0.215540381276	-11.0520306136	61.5556078516	23.3575095025
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9	1.10980004197	0.194160492932	-0.216764476433	1.03096705271	-0.920005394186	1.70047355721	-0.152505775615	0.158282783297	-0.143495050111	-0.392910839742	0.0270128507613	0.115600329669	0.425157000732	-0.116968163188	0.123298513982	0.230991116553	0.0127261563485	-0.0194806691521	0.221091941908	-0.027759238315	0.192650772491	-7.95038827154	6.59549919138	9.19638108515
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13	0.806172205776	-0.169231513509	-0.162185241875	1.10064252516	0.377286298036	0.945449800592	-0.0366339860529	-0.0901732610675	-0.0249019488275	0.212803229477	0.0037197689829	-0.0377441800888	0.168961183854	0.0549224117725	0.025163819634	0.169986554066	0.00372226684054	-0.00457601004854	0.127787411342	0.022384185019	0.182448304938	14.2707292759	-15.5386534379	33.2634504186

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A	A	1 - 30	1 - 30
2	2	chain 'A' and (resid 31 through 166 )	A	A	31 - 166	31 - 166
3	3	chain 'A' and (resid 167 through 219 )	A	A	167 - 219	167 - 219
4	4	chain 'A' and (resid 220 through 314 )	A	A	220 - 314	220 - 314
5	5	chain 'A' and (resid 315 through 359 )	A	A	315 - 359	315 - 359
6	6	chain 'A' and (resid 360 through 467 )	A	A	360 - 467	360 - 467
7	7	chain 'A' and (resid 468 through 500 )	A	A	468 - 500	468 - 500
8	8	chain 'A' and (resid 501 through 550 )	A	A	501 - 550	501 - 550
9	9	chain 'B' and (resid 2 through 30 )	B	K	2 - 30	1 - 29
10	10	chain 'B' and (resid 31 through 262 )	B	K	31 - 262	30 - 261
11	11	chain 'B' and (resid 263 through 337 )	B	K	263 - 337	262 - 336
12	12	chain 'B' and (resid 338 through 467 )	B	K	338 - 467	337 - 466
13	13	chain 'B' and (resid 468 through 549 )	B	K	468 - 549	467 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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