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- PDB-8u0z: CRYSTAL STRUCTURE OF THE OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u0z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE DOMAIN OF Coffea arabica UMP SYNTHASE
要素Uridine 5'-monophosphate synthase
キーワードLYASE / Coffea arabica / OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain ...Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uridine 5'-monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Coffea arabica (コーヒーノキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.399 Å
データ登録者Hinojosa-Cruz, A. / Diaz-Vilchis, A. / Gonzalez-Segura, L.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN227920 メキシコ
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN211223 メキシコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional properties of uridine 5'-monophosphate synthase from Coffea arabica.
著者: Hinojosa-Cruz, A. / Diaz-Sanchez, A.G. / Diaz-Vilchis, A. / Gonzalez-Segura, L.
履歴
登録2023年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine 5'-monophosphate synthase
B: Uridine 5'-monophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,80412
ポリマ－56,8982
非ポリマー90710
水10,899605
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.007, 95.699, 112.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uridine 5'-monophosphate synthase


分子量: 28448.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coffea arabica (コーヒーノキ) / 遺伝子: LOC113726974, LOC113732151 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6P6VUE3, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 615分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-N / ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE / 1-DEOXY-RIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 214.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 and 20% (w/v) PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.399→48.4 Å / Num. obs: 103974 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 18.03 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.399→1.47 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 12799 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.399→47.849 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 5129 4.94 %
Rwork0.1581 --
obs0.1591 103831 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→47.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3900 0 58 606 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4025676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9312867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.399-1.41490.30211320.28542318X-RAY DIFFRACTION70
1.4149-1.43160.29711510.25162701X-RAY DIFFRACTION80
1.4316-1.4490.2551580.22772866X-RAY DIFFRACTION87
1.449-1.46740.25991510.21843024X-RAY DIFFRACTION90
1.4674-1.48670.22651660.21183107X-RAY DIFFRACTION93
1.4867-1.5070.2521500.20373247X-RAY DIFFRACTION96
1.507-1.52860.22161450.19343313X-RAY DIFFRACTION98
1.5286-1.55140.20351600.18173360X-RAY DIFFRACTION100
1.5514-1.57560.22091620.1843370X-RAY DIFFRACTION100
1.5756-1.60150.19531940.18063315X-RAY DIFFRACTION100
1.6015-1.62910.21061910.17383334X-RAY DIFFRACTION100
1.6291-1.65870.21041740.173380X-RAY DIFFRACTION100
1.6587-1.69060.24371740.16973349X-RAY DIFFRACTION100
1.6906-1.72510.19831930.17323365X-RAY DIFFRACTION100
1.7251-1.76260.20381810.17373326X-RAY DIFFRACTION100
1.7626-1.80360.19441820.16883377X-RAY DIFFRACTION100
1.8036-1.84870.19791710.16973374X-RAY DIFFRACTION100
1.8487-1.89870.18451900.16553363X-RAY DIFFRACTION100
1.8987-1.95460.19851840.16023351X-RAY DIFFRACTION100
1.9546-2.01770.19221760.1553383X-RAY DIFFRACTION100
2.0177-2.08980.15541610.15293424X-RAY DIFFRACTION100
2.0898-2.17350.16451840.15773379X-RAY DIFFRACTION100
2.1735-2.27240.17861520.15393412X-RAY DIFFRACTION100
2.2724-2.39220.18421820.15913395X-RAY DIFFRACTION100
2.3922-2.54210.1581650.15723395X-RAY DIFFRACTION100
2.5421-2.73830.16351620.15683467X-RAY DIFFRACTION100
2.7383-3.01390.19351720.15783422X-RAY DIFFRACTION100
3.0139-3.44990.15551730.14643445X-RAY DIFFRACTION100
3.4499-4.3460.14692050.13093493X-RAY DIFFRACTION100
4.346-47.8490.17091880.15213647X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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