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万見
- PDB-8t8f: Smc5/6 8mer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t8f
タイトルSmc5/6 8mer
要素
  • DNA repair protein KRE29
  • Non-structural maintenance of chromosome element 4
  • Non-structural maintenance of chromosome element 5
  • Structural maintenance of chromosomes protein 5
  • Structural maintenance of chromosomes protein 6
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Smc / Nse / Condensin / Cohesin / DNA binding / DNA damage / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / chromosome separation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ATPase inhibitor activity / chromatin looping / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination ...Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / chromosome separation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ATPase inhibitor activity / chromatin looping / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-structural maintenance of chromosome element 4, C-terminal / Nse4/EID family / Nse4/EID protein, Nse3/MAGE-binding domain / Nse4 C-terminal / Binding domain of Nse4/EID3 to Nse3-MAGE / DNA repair protein Nse5/Nse6 / DNA repair proteins Nse5 and Nse6 / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal ...Non-structural maintenance of chromosome element 4, C-terminal / Nse4/EID family / Nse4/EID protein, Nse3/MAGE-binding domain / Nse4 C-terminal / Binding domain of Nse4/EID3 to Nse3-MAGE / DNA repair protein Nse5/Nse6 / DNA repair proteins Nse5 and Nse6 / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein KRE29 / Non-structural maintenance of chromosome element 4 / Non-structural maintenance of chromosome element 5 / Structural maintenance of chromosomes protein 5 / Structural maintenance of chromosomes protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Yu, Y. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM145260 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for Nse5-6 mediated regulation of Smc5/6 functions.
著者: Shibai Li / You Yu / Jian Zheng / Victoria Miller-Browne / Zheng Ser / Huihui Kuang / Dinshaw J Patel / Xiaolan Zhao /
要旨: The Smc5/6 complex (Smc5/6) is important for genome replication and repair in eukaryotes. Its cellular functions are closely linked to the ATPase activity of the Smc5 and Smc6 subunits. This activity ...The Smc5/6 complex (Smc5/6) is important for genome replication and repair in eukaryotes. Its cellular functions are closely linked to the ATPase activity of the Smc5 and Smc6 subunits. This activity requires the dimerization of the motor domains of the two SMC subunits and is regulated by the six non-SMC subunits (Nse1 to Nse6). Among the NSEs, Nse5 and Nse6 form a stable subcomplex (Nse5-6) that dampens the ATPase activity of the complex. However, the underlying mechanisms and biological significance of this regulation remain unclear. Here, we address these issues using structural and functional studies. We determined cryo-EM structures of the yeast Smc5/6 derived from complexes consisting of either all eight subunits or a subset of five subunits. Both structures reveal that Nse5-6 associates with Smc6's motor domain and the adjacent coiled-coil segment, termed the neck region. Our structural analyses reveal that this binding is compatible with motor domain dimerization but results in dislodging the Nse4 subunit from the Smc6 neck. As the Nse4-Smc6 neck interaction favors motor domain engagement and thus ATPase activity, Nse6's competition with Nse4 can explain how Nse5-6 disfavors ATPase activity. Such regulation could in principle differentially affect Smc5/6-mediated processes depending on their needs of the complex's ATPase activity. Indeed, mutagenesis data in cells provide evidence that the Nse6-Smc6 neck interaction is important for the resolution of DNA repair intermediates but not for replication termination. Our results thus provide a molecular basis for how Nse5-6 modulates the ATPase activity and cellular functions of Smc5/6.
履歴
登録2023年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA repair protein KRE29
C: Non-structural maintenance of chromosome element 5
D: Structural maintenance of chromosomes protein 5
E: Structural maintenance of chromosomes protein 6
G: Non-structural maintenance of chromosome element 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)418,5475
ポリマ－418,5475
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein KRE29 / Killer toxin-resistance protein 29


分子量: 53836.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P40026
#2: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosome element 5 / Non-SMC element 5


分子量: 64079.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03718
#3: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 5


分子量: 126236.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Smc5 E1015Q mutation, visible part is from 32-246aa and 883-1093aa.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08204
#4: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 6 / DNA repair protein RHC18 / Rad18 homolog


分子量: 128198.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Smc6 E1048Q mutation with C terminal 2X strep tag, visible part is from 79-286aa and 923-1084aa
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12749
#5: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosome element 4 / Non-SMC element 4 / Protein QRI2


分子量: 46195.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43124

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Smc5/6 8mer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 400 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Hepes, pH 7.5, 250 mM NaCl, 1 mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 53.55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145290 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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