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- PDB-8r00: Crystal structure of the human PXR ligand-binding domain in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r00
タイトルCrystal structure of the human PXR ligand-binding domain in complex with furanodienone
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / pregnane X receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / intracellular receptor signaling pathway / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding ...cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / intracellular receptor signaling pathway / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor ...: / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bourguet, W. / Carivenc, C. / Sirounian, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE34-0009-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: An abundant ginger compound furanodienone alleviates gut inflammation via the xenobiotic nuclear receptor PXR in mice.
著者: Wang, X. / Zhang, G. / Bian, Z. / Chow, V. / Grimaldi, M. / Carivenc, C. / Sirounian, S. / Li, H. / Sladekova, L. / Motta, S. / Luperi, Y. / Gong, Y. / Costello, C. / Li, L. / Jachimowicz, M. ...著者: Wang, X. / Zhang, G. / Bian, Z. / Chow, V. / Grimaldi, M. / Carivenc, C. / Sirounian, S. / Li, H. / Sladekova, L. / Motta, S. / Luperi, Y. / Gong, Y. / Costello, C. / Li, L. / Jachimowicz, M. / Guo, M. / Hu, S. / Wilson, D. / Balaguer, P. / Bourguet, W. / Mani, S. / Bonati, L. / Peng, H. / March, J. / Wang, H. / Wang, S. / Krause, H.M. / Liu, J.
履歴
登録2023年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9782
ポリマ－36,7471
非ポリマー2301
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.826, 91.826, 85.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR


分子量: 36747.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75469
#2: 化合物 ChemComp-XFQ / furanodienone / 3,6,10-trimethyl-8,11-dihydro-7~{H}-cyclodeca[b]furan-4-one


分子量: 230.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50-100 mM IMIDAZOLE, 8-14% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→85.73 Å / Num. obs: 27166 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 21.3 / Num. measured all: 207844
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Num. measured all: 28977 / Num. unique obs: 3897 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.219 / Rrim(I) all: 0.627 / Net I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→41.07 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 1436 5.29 %
Rwork0.1948 --
obs0.196 27126 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2136 0 17 144 2297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1253104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.433328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.020.33451480.26412505X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.10.26361350.22642544X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.20.27231240.21282573X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.310.25971170.20732551X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.460.22581510.20832548X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.24291430.20782554X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.910.21731510.2052571X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.330.23941320.21032577X-RAY DIFFRACTION99
3.33-4.20.20651640.17652597X-RAY DIFFRACTION99
4.2-41.070.17571710.17622670X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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