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- PDB-8qq5: Structure of WT SpNox DH domain: a bacterial NADPH oxidase. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qq5
タイトルStructure of WT SpNox DH domain: a bacterial NADPH oxidase.
要素Oxidoreductase
キーワードELECTRON TRANSPORT / NADPH oxidase / Reactive Oxygen Species production / membrane protein / Dehydrogenase domain / Streptococcus pneumoniae.
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NAD+ reductase / ferredoxin-NAD+ reductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thepaut, M. / Petit-Hartlein, I. / Vermot, A. / Humm, A.S. / Dupeux, F. / Marquez, J.A. / Smith, S. / Fieschi, F.
資金援助 フランス, European Union, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0013 フランス
Other governmentEmergence program from Universite Grenoble Alpes
iNEXT-Discovery871037European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: X-ray structure and enzymatic study of a bacterial NADPH oxidase highlight the activation mechanism of eukaryotic NOX.
著者: Petit-Hartlein, I. / Vermot, A. / Thepaut, M. / Humm, A.S. / Dupeux, F. / Dupuy, J. / Chaptal, V. / Marquez, J.A. / Smith, S.M.E. / Fieschi, F.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
C: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5027
ポリマ－76,8603
非ポリマー1,6424
水1,964109
1
A: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4413
ポリマ－25,6201
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6562
ポリマ－25,6201
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4062
ポリマ－25,6201
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.880, 104.880, 139.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase


分子量: 25620.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ndoR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4J2B4U9
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 15 mg/ml in 100 mM bis-TRIS propane pH 6.5, 300 mM NaCl, 5% glycerol, 0.01 mM FAD. Crystallization condition: 35% PEG MME 500 and 0.1 M sodium citrate pH5. Drop: 100 nL of protein +100 nL of well.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.9 Å / Num. obs: 26155 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.96 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.99
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2978 / CC1/2: 0.639

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 13.557 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2896 1377 5 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.2014 26155 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 254.04 Å2 / Biso mean: 70.243 Å2 / Biso min: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5343 0 108 109 5560
Biso mean--127.49 58.67 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.647620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.725656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56822.941306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.6615955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2761524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024378
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 99 -
Rwork0.405 1881 -
all-1980 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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