PDB-8qab: X-ray crystal structure of a de novo designed antiparallel coiled...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qab

タイトル

X-ray crystal structure of a de novo designed antiparallel coiled-coil hexameric alpha-helical barrel with 4 heptad repeats, apCCHex

要素

apCCHex

キーワード

DE NOVO PROTEIN / COILED COIL / alpha-helical barrel / DE NOVO PROTEIN DESIGN / PEPTIDE ASSEMBLY

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Naudin, E.N. / Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Rationally seeded computational protein design of ɑ-helical barrels.
著者: Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Pirro, F. / Naudin, E.A. / Borucu, U. / Dawson, W.M. / Scott, D.A. / Leggett, G.J. / Weiner, O.D. / Oliver, T.A.A. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2023年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qab.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qab.ent.gz	89.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qab_validation.pdf.gz	539.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qab_full_validation.pdf.gz	539.6 KB	表示
XML形式データ	8qab_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	8qab_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qaaC 8qacC 8qadC 8qaeC 8qafC 8qagC 8qahC 8qaiC 8qkdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: apCCHex

B: apCCHex

C: apCCHex

D: apCCHex

E: apCCHex

F: apCCHex

ヘテロ分子

20.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.078, 30.914, 51.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 88.642, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質・ペプチド	apCCHex 分子量: 3403.192 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-P8R / 1-methoxy-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethane 分子量: 530.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.85 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→34.88 Å / Num. obs: 29174 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 20.99 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.03595 / R_pim(I) all: 0.01597 / R_rim(I) all: 0.03944 / Net I/σ(I): 22.17
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / R_merge(I) obs: 0.8515 / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 2850 / CC_1/2: 0.625 / CC star: 0.877 / R_pim(I) all: 0.421 / R_rim(I) all: 0.9542 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.4→34.88 Å / SU ML: 0.1925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 21.0482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	1415	4.86 %
R_work	0.1739	27712	-
obs	0.1746	29127	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1280	0	36	143	1459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	1330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1194	1788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.874	211

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.45	0.3349	158	0.2927	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.45-1.51	0.2427	131	0.2198	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.51-1.58	0.2613	155	0.195	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.58-1.66	0.2068	144	0.1946	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.66-1.76	0.2525	138	0.2027	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.9	0.2148	152	0.1839	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.9-2.09	0.1938	135	0.1673	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.09-2.39	0.1825	127	0.1486	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-3.02	0.1616	153	0.1677	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-34.88	0.1745	122	0.1714	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.01702602235	0.709884877081	-0.299328937812	2.65329024747	0.157334037506	2.43233380978	0.0993978387628	-0.543443319863	-0.288003096389	0.160260851391	-0.0882721567849	0.0586507023075	0.0249040986926	-0.147162369069	-0.0190481143989	0.225610465821	-0.00560123922881	0.00471942180133	0.145562674717	0.01501061136	0.149671955363	8.41079365509	27.6606641524	21.8400820399
2	7.82473145774	-1.81464858571	-1.98274273481	2.53010738419	-0.10628998791	2.4285554149	0.256847671014	0.083739215959	0.510466532141	0.028737748584	-0.166489095003	-0.229296263403	-0.203688145469	-0.0517659434838	-0.108920046268	0.209956183761	0.00295571339207	-0.00560913123978	0.122246244004	-0.0213786061213	0.17091572565	12.6516155734	36.3888859812	18.4073437411
3	9.27134213899	-2.00648921475	3.75443681615	3.04327229648	-0.58532122337	2.86861656936	0.357854255301	-0.294072298999	-0.444146514218	0.015353567736	-0.11414078797	-0.107171898411	0.407997518571	-0.0597739414262	-0.264404850331	0.334051635754	-0.0183545747478	0.0128545208998	0.151010782402	0.0134093217012	0.168835781057	10.8705126506	20.8188757035	16.7332156008
4	3.99575320534	-2.70872491131	-0.960566675929	4.36166025149	0.211281362803	1.69443133396	0.451694083977	0.573554590191	0.073299367199	-0.711907981127	-0.355694212222	-0.295045727047	0.121656466637	0.138529418738	-0.0735464434689	0.297990766756	0.0341787022324	0.0536370484651	0.205431270825	0.0175310514333	0.160442969241	11.8818364001	29.5248814768	3.81214918896
5	8.92691487597	-1.67927331218	-2.46996805499	2.74118492871	-0.161923722873	3.90437801719	0.303171206421	-0.239507399722	0.386812662007	-0.142143458676	-0.198221612658	-0.145753226815	-0.212678151024	0.0612734854418	-0.1244435945	0.213261416122	-0.0242645305344	0.0182548659217	0.113585586775	0.013028540657	0.144186377681	9.00085988661	37.9560445192	10.166622732
6	4.67695630493	-4.1866946913	2.98022895975	4.57310886008	-2.00753959233	2.14291854419	0.488629228573	0.481413668523	-0.404511451697	-0.368179015915	-0.300032197813	0.158401598341	0.475523092806	0.100889309406	-0.160904029637	0.320566224197	0.00920184799976	0.00438723719721	0.183028254263	-0.0297377264573	0.145700578914	6.70902876499	23.0529902338	6.76771586191

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 1 through 30)	A	A	1 - 30	1 - 30
2	2	(chain 'B' and resid 0 through 31)	B	B - D	0 - 31
3	3	(chain 'C' and resid 1 through 30)	C	E	1 - 30	1 - 30
4	4	(chain 'D' and resid 1 through 31)	D	F - G	1 - 31	1
5	5	(chain 'E' and resid 1 through 30)	E	H	1 - 30	1 - 30
6	6	(chain 'F' and resid 1 through 29)	F	I	1 - 29	1 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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