PDB-8og9: Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8og9

タイトル

Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 4

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / DCAF1 / E3 ligase / compound

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.945 Å

データ登録者

Schroeder, M. / Vulpetti, A. / Renatus, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of New Binders for DCAF1, an Emerging Ligase Target in the Targeted Protein Degradation Field.
著者: Vulpetti, A. / Holzer, P. / Schmiedeberg, N. / Imbach-Weese, P. / Pissot-Soldermann, C. / Hollingworth, G.J. / Radimerski, T. / Thoma, C.R. / Stachyra, T.M. / Wojtynek, M. / Maschlej, M. / ...

履歴

登録	2023年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8og9.cif.gz	229.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8og9.ent.gz	181 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8og9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8og9_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8og9_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8og9_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	8og9_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8og9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8og9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8og5C 8og6C 8og7C 8og8C 8ogaC 8ogbC 8ogcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.981, 82.981, 237.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1607- HOH
2	1	A-1611- HOH

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 41764.824 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-VM3 / 5-[1-(4-chlorophenyl)cyclopropyl]imidazo[2,1-a]isoquinoline 分子量: 318.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₅ClN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.94→53.277 Å / Num. obs: 11003 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.5 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.94→3.12 Å / Num. unique obs: 1680 / CC_1/2: 0.654

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.945→53.277 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 32.72 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.126 / ESU R Free: 0.349 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	508	4.644 %
R_work	0.1905	10430	-
all	0.193	-	-
obs	-	10938	99.654 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.668 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.019 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.019 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.307 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.945→53.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2387	0	46	11	2444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.669	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.184	1.578	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.868	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.318	22.782	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.923	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.603	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.051	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.114	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.694	4.339	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.695	4.337	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.942	6.504	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.941	6.504	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.863	4.692	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.82	4.595	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.181	6.93	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.127	6.784	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.094	48.66	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.061	48.214	2426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.945-3.021	0.339	43	0.363	707	X-RAY DIFFRACTION	95.9079
3.021-3.104	0.34	36	0.319	725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.104-3.194	0.264	27	0.27	735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.194-3.292	0.339	29	0.235	677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.292-3.4	0.281	28	0.223	681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.52	0.22	35	0.189	648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.653	0.285	32	0.175	635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.653-3.802	0.209	28	0.173	616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.802-3.971	0.188	27	0.171	584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.971-4.164	0.188	29	0.149	560	X-RAY DIFFRACTION	100
4.164-4.39	0.208	21	0.133	548	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.656	0.171	21	0.121	512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.656-4.977	0.209	27	0.125	482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.977-5.376	0.164	25	0.166	450	X-RAY DIFFRACTION	100
5.376-5.889	0.247	22	0.189	423	X-RAY DIFFRACTION	100
5.889-6.583	0.33	25	0.188	385	X-RAY DIFFRACTION	100
6.583-7.601	0.265	12	0.198	357	X-RAY DIFFRACTION	100
7.601-9.306	0.206	19	0.19	302	X-RAY DIFFRACTION	100
9.306-13.151	0.221	16	0.205	243	X-RAY DIFFRACTION	100
13.151-53.277	0.535	6	0.295	160	X-RAY DIFFRACTION	98.2249

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.7246 Å / Origin y: -32.4652 Å / Origin z: 11.4674 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0877 Å²	0.0036 Å²	0.0153 Å²	-	0.0669 Å²	-0.0354 Å²	-	-	0.0366 Å²
L	3.7986 °²	-0.8514 °²	-0.5067 °²	-	1.3989 °²	0.6705 °²	-	-	1.6414 °²
S	-0.1252 Å °	0.0105 Å °	-0.2549 Å °	0.0469 Å °	0.1537 Å °	-0.0412 Å °	0.1359 Å °	0.11 Å °	-0.0285 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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