PDB-8k1i: Crystal structure of arabinose dehydrogenase from Candida auris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k1i

タイトル

Crystal structure of arabinose dehydrogenase from Candida auris

要素

NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

[Candida] auris (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zhang, J. / Bai, X. / He, S.R. / Zhao, Z.D.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of arabinose dehydrogenase from Candida auris
著者: Zhang, J. / Bai, X. / He, S.R. / Zhao, Z.D.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k1i.cif.gz	285.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k1i.ent.gz	231.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k1i_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k1i_full_validation.pdf.gz	491.1 KB	表示
XML形式データ	8k1i_validation.xml.gz	54.7 KB	表示
CIF形式データ	8k1i_validation.cif.gz	76.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/8k1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/8k1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

B: NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

C: NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

D: NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.634, 91.119, 227.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein / arabinose dehydrogenase 分子量: 39838.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] auris (菌類) / 遺伝子: QG37_02322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L0P3H9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris-HCL, magnesium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→34.3 Å / Num. obs: 109522 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.9983 / R_merge(I) obs: 0.1208 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_pim(I) all: 0.035

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→30.64 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 33.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3137	5508	5.03 %
R_work	0.2549	-	-
obs	0.2578	109522	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11086	0	0	425	11511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	15354
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.908	1511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1954

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3619	193	0.3346	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-1.99	0.3404	196	0.3185	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.3469	214	0.3155	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.04	0.3744	205	0.3137	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.3834	166	0.3173	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.3922	194	0.3201	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.3597	210	0.3106	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.3294	181	0.3013	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.3403	201	0.3045	3398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.4018	167	0.3051	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.3739	176	0.306	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.3748	183	0.2967	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.36	0.3523	166	0.2966	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.3752	162	0.2981	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.329	172	0.2886	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.51	0.3543	181	0.2981	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.3998	205	0.3057	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.3593	154	0.2954	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.72	0.3495	183	0.2929	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.3549	172	0.2908	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.91	0.3552	213	0.2885	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.03	0.3001	163	0.2834	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.17	0.3534	185	0.2922	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.33	0.3351	167	0.2768	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.54	0.3147	158	0.2558	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.81	0.2778	201	0.2387	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.2	0.28	183	0.216	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.8	0.2555	189	0.1977	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8-6.04	0.2906	185	0.2141	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
6.04-30.64	0.2444	183	0.1875	3747	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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