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- PDB-8jp1: Crystal structure of AKR1C3 in complex with DFV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jp1
タイトルCrystal structure of AKR1C3 in complex with DFV
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-Keto Reductase 1C3 / 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / Complex / Inhibitor / Flavanone
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / prostanoid biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / regulation of testosterone biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / testosterone biosynthetic process / : / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / retinal metabolic process / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / : / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / bile acid binding / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / response to nutrient / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zheng, X.H. / Liu, H. / Yao, Z.Q. / Zhang, L.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2022A1515010040 中国
引用ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2023
タイトル: Inhibition of AKR1Cs by liquiritigenin and the structural basis.
著者: Liu, H. / Yao, Z. / Sun, M. / Zhang, C. / Huang, Y.Y. / Luo, H.B. / Wu, D. / Zheng, X.
履歴
登録2023年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9546
ポリマ－75,9552
非ポリマー1,9994
水19,6721092
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9773
ポリマ－37,9771
非ポリマー1,0002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9773
ポリマ－37,9771
非ポリマー1,0002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.905, 108.373, 75.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5


分子量: 37977.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DFV / 7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / 5-DEOXYFLAVANONE


分子量: 256.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1092 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM MES and 0.14 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54055 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54055 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→13.09 Å / Num. obs: 50251 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 4952 / CC1/2: 0.895 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3283: ???)精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→13.09 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 --
Rwork0.2055 --
obs-48921 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→13.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4942 0 134 1092 6168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0567095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7781994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007982
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03830.2391290.19512633X-RAY DIFFRACTION96
2.0383-2.07980.25481500.19992599X-RAY DIFFRACTION98
2.0798-2.12480.2761450.2142697X-RAY DIFFRACTION99
2.1248-2.1740.26921550.21412626X-RAY DIFFRACTION100
2.174-2.22810.64351020.46991788X-RAY DIFFRACTION66
2.2281-2.28810.5026990.41062029X-RAY DIFFRACTION75
2.2881-2.3550.3711270.29012438X-RAY DIFFRACTION91
2.355-2.43060.25851410.20292690X-RAY DIFFRACTION100
2.4306-2.51690.28221350.20312689X-RAY DIFFRACTION100
2.5169-2.61690.26761460.20182686X-RAY DIFFRACTION100
2.6169-2.73490.25021490.19372717X-RAY DIFFRACTION100
2.7349-2.87770.24471160.19042743X-RAY DIFFRACTION100
2.8777-3.05580.22821530.18182701X-RAY DIFFRACTION100
3.0558-3.28830.21241310.1842703X-RAY DIFFRACTION100
3.2883-3.61290.20981270.1892654X-RAY DIFFRACTION98
3.6129-4.12140.21991550.17292651X-RAY DIFFRACTION98
4.1214-5.13970.18181520.14662703X-RAY DIFFRACTION100
5.1397-13.08990.22121460.18812716X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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