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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hs8 | ||||||
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タイトル | a bacteria protein complex | ||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / a bacteria protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Li, X.Z. / Song, G.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: a bacteria protein 著者: Zhang, H. / Li, X.Z. / Song, G.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xvoC ![]() 7xvqSC ![]() 6jdqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23812.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cas9 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 9985.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NCTC10672_00033, NCTC10672_02354 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, MES/ Sodium hydroxide, Ammonium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→25.72 Å / Num. obs: 1155940 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 93.75 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.796 Å / Num. unique obs: 2720 / CC1/2: 0.482 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7XVQ,6JDQ 解像度: 2.7→22.28 Å / SU ML: 0.5518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 44.0136 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→22.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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