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- PDB-8fy0: E3:PROTAC:target ternary complex structure (VCB/753b/BCL-xL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fy0
タイトルE3:PROTAC:target ternary complex structure (VCB/753b/BCL-xL)
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSCRIPTION / ternary complex / degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of mononuclear cell proliferation / regulation of cellular response to hypoxia / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of mononuclear cell proliferation / regulation of cellular response to hypoxia / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / elongin complex / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Bcl-2 family protein complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / ovarian follicle development / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / transcription corepressor binding / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / cellular response to amino acid stimulus / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cellular response to gamma radiation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / male gonad development / endocytosis / cell morphogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / RAS processing / ubiquitin-protein transferase activity / synaptic vesicle membrane / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / channel activity / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Elongin-C / Elongin B / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLIC ACID / : / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Bcl-2-like protein 1 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Olsen, S.K. / Nayak, D. / Lv, D. / Yuan, Y. / Zhang, P. / Hu, W. / Lv, Z. / Sung, P. / Hromas, R. / Zheng, G. / Zhou, D.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115568 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM128731 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR200030 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA242003 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA241191 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01 AG063801 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Development and crystal structures of a potent second-generation dual degrader of BCL-2 and BCL-xL.
著者: Nayak, D. / Lv, D. / Yuan, Y. / Zhang, P. / Hu, W. / Nayak, A. / Ruben, E.A. / Lv, Z. / Sung, P. / Hromas, R. / Zheng, G. / Zhou, D. / Olsen, S.K.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7648
ポリマ－70,8014
非ポリマー1,9634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.620, 118.877, 170.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 20729.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13179.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10914.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 25977.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE


分子量: 137.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-YF8 / N-[8-(4-{[(1R,3R,4S)-4-(4-chlorophenyl)-1-methyl-3-{[4-(4-{[4-{[(2R)-4-(morpholin-4-yl)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-(trifluoromethanesulfonyl)benzene-1-sulfonyl]carbamoyl}phenyl)piperazin-1-yl]methyl}cyclohexyl]methyl}piperazin-1-yl)-8-oxooctanoyl]-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide


分子量: 1640.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C82H104ClF3N11O11S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 5.5, 0.2 M Sodium chloride, 6-8% PEG 8000 and 4% tert-Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→170 Å / Num. obs: 21196 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 65.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.94→3.12 Å / Num. unique obs: 3282 / CC1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DC6

6dc6


解像度: 2.94→69.17 Å / SU ML: 0.3825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3223
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 1998 9.46 %
Rwork0.195 19132 -
obs0.1993 21130 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→69.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3903 0 128 0 4031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00384136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64055616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.16351538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.020.33211300.28651251X-RAY DIFFRACTION93.06
3.02-3.10.35351410.2791355X-RAY DIFFRACTION99.8
3.1-3.190.32561430.28691372X-RAY DIFFRACTION99.8
3.19-3.290.33191380.26631317X-RAY DIFFRACTION99.45
3.29-3.410.27481440.24061371X-RAY DIFFRACTION99.87
3.41-3.550.30771400.21921345X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-3.710.2581420.21251358X-RAY DIFFRACTION99.14
3.71-3.90.25621410.20391351X-RAY DIFFRACTION99.53
3.9-4.150.22141410.18031364X-RAY DIFFRACTION99.93
4.15-4.470.19481430.1591364X-RAY DIFFRACTION99.8
4.47-4.920.1961460.14831386X-RAY DIFFRACTION99.35
4.92-5.630.21791450.17321394X-RAY DIFFRACTION99.81
5.63-7.090.25271480.20671416X-RAY DIFFRACTION99.87
7.09-69.170.19231560.1611488X-RAY DIFFRACTION98.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.777547537071.808518107341.438917925388.073945024822.419292733565.82646586053-0.385699791975-0.362816856329-0.1015181585541.681814723720.717350853672-0.5454982650130.0417558269111.07434304708-0.2955360345330.7921868035530.0396753440164-0.04903018827240.6040513634780.01791022224060.30366453046641.531283230710.2777692855-15.7433329912
22.480372284630.6591270934540.6647682781731.60153776162-0.1440504309081.99092280892-0.15652170647-0.0272283383956-0.008603440429640.1318220375240.188460481615-0.1566852521320.05254034948790.142591788184-0.06306291368620.4098544716160.0341403285021-0.06761898413110.509914582894-0.09090928285150.47766335186940.20796355825.4264759865-30.1995971315
32.146827358241.097270652710.2195477467472.32745020978-1.095954770952.696123427460.0436684828568-0.527042676782-0.4358844448540.4698755092370.1434676230250.181882291493-0.1122621958020.0236428157678-0.1218748645360.5085460001920.0207510054053-0.06630028045930.528871294465-0.03164878536610.62266563903338.3959712599-1.48932335055-27.5792843283
41.933257643790.04346779349380.2295259511762.63071514554-0.9142585923622.66200092122-0.317444880224-0.04998549124060.868962914888-0.324153789564-0.1216596592-0.358765515405-0.2314822617310.0804882381840.4312867908070.454979171264-0.016119963297-0.1236413722470.520433756238-0.05535675570120.61409112129417.75245088386.27894118047-40.9703405046
53.143265565271.33473862704-0.2632008717342.96807313479-0.248297263934.772940578650.9017640004690.5098835182180.766247489547-0.5130275217180.1190100088580.711250555437-0.507066640016-0.133254566254-1.043884721660.577569545990.00768631641239-0.110018108190.65130827313-0.02524504897230.9107497676218.1687875427310.7133121813-38.8579132302
61.518756263380.6173024174790.3076329887371.64389285970.9683207335880.552297113309-0.193622222985-0.233188723242-0.0691473482847-0.05880679166860.0497790271670.325233671303-0.479555100493-0.4049128541160.1202525531450.6529451536450.07348133978030.02643977985080.868725152775-0.1329309361861.0648499727623.8799259758.68876838671-22.4776890568
72.537043022440.0503017019437-0.2907067415452.641516392421.15663912512.06754648566-0.1998279390510.0736628154037-0.2798992829780.1095839618060.280078514227-0.4228956845760.3256903609410.00635081988187-0.07711744606040.5197030630340.00506683951149-0.04769736655460.485772313575-0.01746345259240.52468207137514.4655176509-28.1911106048-48.1898253111
86.90601958921.389175730852.343750629293.179524084981.568853694595.856901812420.5791054465240.569528436221-0.629156125251-0.3998609360080.193251148391-0.7846083562350.2311135736650.999205812438-0.6879720756590.6777533681290.0570217101992-0.03930085475740.670205316266-0.1116713431530.78985330748622.5347751629-29.9630233479-55.9949623105
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 61 through 70 )AA61 - 701 - 10
22chain 'A' and (resid 71 through 121 )AA71 - 12111 - 61
33chain 'A' and (resid 122 through 151 )AA122 - 15162 - 91
44chain 'A' and (resid 152 through 177 )AA152 - 17792 - 117
55chain 'A' and (resid 178 through 189 )AA178 - 189118 - 129
66chain 'A' and (resid 190 through 207 )AA190 - 207130 - 147
77chain 'B' and (resid 1 through 46 )BC1 - 461 - 46
88chain 'B' and (resid 47 through 60 )BC47 - 6047 - 60
99chain 'B' and (resid 61 through 90 )BC61 - 9061 - 90
1010chain 'B' and (resid 91 through 105 )BC91 - 10591 - 105
1111chain 'C' and (resid 16 through 27 )CD16 - 271 - 12
1212chain 'C' and (resid 28 through 38 )CD28 - 3813 - 23
1313chain 'C' and (resid 39 through 66 )CD39 - 6624 - 43
1414chain 'C' and (resid 67 through 83 )CD67 - 8344 - 60
1515chain 'C' and (resid 84 through 96 )CD84 - 9661 - 73
1616chain 'C' and (resid 97 through 112 )CD97 - 11274 - 89
1717chain 'D' and (resid 1 through 82 )DE1 - 821 - 30
1818chain 'D' and (resid 83 through 118 )DE83 - 11831 - 66
1919chain 'D' and (resid 119 through 130 )DE119 - 13067 - 78
2020chain 'D' and (resid 131 through 196 )DE131 - 19679 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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