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万見
- PDB-8c2q: Silver ion-bound structure of the silver specific chaperone SilF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c2q
タイトルSilver ion-bound structure of the silver specific chaperone SilF needed for bacterial silver resistance
要素Copper ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Silver bound protein periplasmic protein plasmid-encoded protein bacteria silver resistance metal coordination METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF superfamily / SILVER ION / Copper ABC transporter substrate-binding protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Monneau, Y.R. / Walker, O. / Hologne, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The battle for silver binding: How the interplay between the SilE, SilF, and SilB proteins contributes to the silver efflux pump mechanism.
著者: Arrault, C. / Monneau, Y.R. / Martin, M. / Cantrelle, F.X. / Boll, E. / Chirot, F. / Comby Zerbino, C. / Walker, O. / Hologne, M.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8192
ポリマ－10,7111
非ポリマー1081
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, chemical shift perturbations upon Ag(I) binding
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7240 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Copper ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 10711.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: ORF96 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZHD1
#2: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
162isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
122isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HNCO
192isotropic13D HBHA(CO)NH
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic13D 1H-15N TOCSY
1132isotropic13D 1H-15N NOESY
1142isotropic13D 1H-13C NOESY
1151isotropic12D TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM SilF, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 330 uM Ag(I), 100% D2Onatural abundance100% D2O
solution2500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] SilF, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 550 uM Ag(I), 95% H2O/5% D2Odouble-labeled95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMSilFnatural abundance1
20 mMMESnatural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
330 uMAg(I)natural abundance1
500 uMSilF[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMESnatural abundance2
100 mMNaClnatural abundance2
550 uMAg(I)natural abundance2
試料状態イオン強度: 220 mM / Label: Cond_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYBioinformatics. 2015 Apr 15; 31(8):1325-7. Epub 2014 Dec 12 NMRFAM-SPARKY: enhanced software for biomolecular NMR spectroscopy. Lee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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