PDB-8bmv: Ligand binding domain of the P. Putida receptor McpH in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bmv

タイトル

Ligand binding domain of the P. Putida receptor McpH in complex with Uric acid

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein McpH

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LIGAND BINDING DOMAIN / chemoreceptor / PSEUDOMONAS PUTIDA / CHEMOTACTIC TRANSDUCER

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Krell, T. / Fernandez, M. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 2件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	PID2020-112612GB-I00	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	PID2020-116261GB- I00	スペイン

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ubiquitous purine sensor modulates diverse signal transduction pathways in bacteria.
著者: Monteagudo-Cascales, E. / Gumerov, V.M. / Fernandez, M. / Matilla, M.A. / Gavira, J.A. / Zhulin, I.B. / Krell, T.

履歴

登録	2022年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bmv.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bmv.ent.gz	173.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bmv_validation.pdf.gz	983.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bmv_full_validation.pdf.gz	988.4 KB	表示
XML形式データ	8bmv_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	8bmv_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein McpH

B: Methyl-accepting chemotaxis protein McpH

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein McpH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl-accepting chemotaxis protein McpH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.581, 124.322, 57.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein McpH 分子量: 30615.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 遺伝子: mcpH, PP_0320 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q88R14
#2: 化合物	ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE 分子量: 168.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM cacodilato sodico a diferentes pH5.0, 30% Peg 8000,10% Glicerol,20 mM AcNA PH範囲: 5.0 - 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→124.32 Å / Num. obs: 31404 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 91788
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Num. measured all: 6969 / Num. unique obs: 2283 / CC_1/2: 0.602 / R_pim(I) all: 0.532 / R_rim(I) all: 0.948 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1..20.1-4487	精密化
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOLREP	11.0 /22.07.2010/	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF2

解像度: 1.95→32.15 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1581	5.04 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.1847	31365	96.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3854	0	24	116	3994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.629	596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	758

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.01	0.3026	149	0.2613	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
2.01-2.08	0.3358	104	0.2731	2372	X-RAY DIFFRACTION	84
2.08-2.17	0.3302	141	0.2371	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.27	0.2988	121	0.218	2451	X-RAY DIFFRACTION	88
2.27-2.39	0.2577	161	0.2081	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.54	0.2439	161	0.2061	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.73	0.2956	155	0.2152	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-3.01	0.2325	139	0.1916	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.44	0.2416	155	0.1841	2714	X-RAY DIFFRACTION	97
3.44-4.33	0.1949	147	0.1521	2718	X-RAY DIFFRACTION	96
4.34-32.15	0.1943	148	0.1552	2753	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5902	-0.4784	0.108	0.419	0.6185	1.2201	-0.0476	0.0004	0.2219	-0.0729	0.0375	0.0752	-0.2544	0.0712	-0.0039	0.2532	-0.0098	-0.0061	0.249	0.0019	0.2095	-4.6277	-0.0311	34.2748
2	1.2595	-0.23	0.1107	1.6156	0.1478	1.2939	-0.0227	0.0574	-0.004	-0.1846	0.0284	0.1282	0.0375	-0.1812	0.0001	0.2032	-0.0273	-0.0325	0.1928	0.0288	0.1945	-11.0092	-16.2486	27.6591
3	1.0918	1.2226	-0.0786	1.2597	0.1837	1.1128	-0.0542	-0.1812	0.1044	0.2244	0.1544	0.0796	-0.1489	-0.0528	-0.0005	0.2843	-0.0071	0.0003	0.2291	0.0306	0.2589	-9.7996	-6.1459	29.1179
4	0.2901	-0.0584	-0.5195	1.3969	0.5767	1.185	0.0925	0.6357	0.3923	-1.7312	0.1246	0.1569	-0.7411	-0.3761	-0.088	0.8855	-0.1323	0.1339	0.2665	0.0942	0.5045	-9.2133	13.0503	18.7656
5	0.4862	0.348	-0.1357	0.3596	0.1523	0.271	-0.343	-0.1203	0.3609	-0.1682	0.1859	0.0969	-0.1872	-0.1999	0.0041	0.624	-0.0338	-0.0478	0.2714	-0.002	0.5246	-7.4912	17.7517	23.7755
6	0.5472	-0.0701	-0.2085	0.0635	0.0363	0.5869	-0.1189	-0.1709	0.2892	-0.3424	0.2609	-0.1715	-0.1338	-0.0017	0.0005	0.3492	-0.0413	-0.0138	0.3726	-0.0442	0.3633	5.833	12.127	-14.215
7	1.2001	0.7396	-0.2758	1.895	-0.1168	1.5684	0.0463	-0.2053	-0.0358	0.1398	0.0548	-0.0204	-0.0012	0.3319	0	0.1862	-0.0047	-0.0045	0.3678	-0.002	0.2248	6.7902	-12.6368	-1.0255
8	0.2358	-0.1807	0.0867	0.4144	0.1981	0.4925	0.064	-0.2385	-0.1891	0.0993	-0.1507	-0.6052	-0.169	0.4315	-0	0.243	-0.0934	0.0276	0.5229	0.0069	0.3414	11.2364	-0.1616	-5.1461
9	0.0855	-0.146	-0.0797	0.2125	0.0754	0.0276	-0.2215	0.0851	0.5368	0.0943	-0.0148	-0.19	-0.3335	0.2514	-0.0018	0.387	-0.1814	-0.048	0.5053	0.053	0.4574	12.4625	18.4829	-7.1843
10	0.2412	-0.3221	-0.3521	1.5502	-0.417	1.1306	0.2542	-0.1585	0.4558	0.7648	-0.4399	0.5131	-0.5802	0.2853	-0.0203	0.3826	-0.1759	0.0426	0.3718	-0.0691	0.3548	6.8088	21.8155	-2.6324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 223 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 224 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 7 through 40 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 41 through 142 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 143 through 163 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 164 through 176 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 177 through 255 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)