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- PDB-8blj: Crystal structure of the ligand-binding domain (LBD) of human iGl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8blj
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domain (LBD) of human iGluR Delta-1 (GluD1), apo state
要素Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / ligand binding domain / glutamate receptor / apo state
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activity / trans-synaptic protein complex / negative regulation of synaptic plasticity / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic signaling via neuropeptide / regulation of postsynapse organization / AMPA glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / social behavior / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels ...GABA receptor activity / trans-synaptic protein complex / negative regulation of synaptic plasticity / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic signaling via neuropeptide / regulation of postsynapse organization / AMPA glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / social behavior / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic spine / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, delta-1 / Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Heroven, C. / Malinauskas, T. / Aricescu, A.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: GluD1 binds GABA and controls inhibitory plasticity.
著者: Piot, L. / Heroven, C. / Bossi, S. / Zamith, J. / Malinauskas, T. / Johnson, C. / Wennagel, D. / Stroebel, D. / Charrier, C. / Aricescu, A.R. / Mony, L. / Paoletti, P.
履歴
登録2022年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
B: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
C: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
D: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
E: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
F: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,09229
ポリマ－188,0856
非ポリマー2,00723
水5,224290
1
A: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
B: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,40911
ポリマ－62,6952
非ポリマー7149
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
D: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,39010
ポリマ－62,6952
非ポリマー6968
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
F: Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2938
ポリマ－62,6952
非ポリマー5986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.290, 107.569, 98.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.083, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99024126045, 0.139350479792, -0.00192090690038), (0.139004148928, 0.988582013229, 0.0581674281771), (0.0100046330355, 0.0573327733664, -0.998304993685)45.6600086268, -3.38971827634, 3.28754358869
2given(-0.0645356010387, 0.489395714913, 0.869670621801), (0.476873018549, -0.750417205291, 0.457674712195), (0.876599840508, 0.444258767194, -0.184950986462)-2.91206344478, -32.1953650519, 20.195948166
3given(0.174649094491, 0.482342750014, -0.858395692733), (-0.540239821063, -0.681910766801, -0.493090906284), (-0.823188088794, 0.549857415727, 0.141485663013)-6.07081827425, -7.75920708884, 58.0163017745
4given(0.23548563199, 0.587576243007, -0.774145125787), (-0.60715540876, -0.53303761014, -0.589264979266), (-0.758886570404, 0.608789836339, 0.231227395503)36.4503288276, 48.1091905712, 55.0554912574
5given(-0.101588561708, 0.583403572849, 0.805803968293), (0.491189025728, -0.674962451099, 0.550598792781), (0.865108724459, 0.45173660555, -0.21799296794)41.7894715799, 19.951898796, 17.4275635289

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glutamate receptor ionotropic, delta-1,Isoform 2 of Glutamate receptor ionotropic, delta-1 / GluD1 / GluR delta-1 subunit


分子量: 31347.420 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRID1, KIAA1220 / プラスミド: pHR-CMV-TetO2 / 詳細 (発現宿主): transient transfection / Cell (発現宿主): epithelial-like / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI-/- / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney; embryo / 参照: UniProt: Q9ULK0, UniProt: Q9ULK0-2
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 307分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 20000, 100 mM Tris HCl, 100 mM MgCl2
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→98.31 Å / Num. obs: 56271 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.18→2.39 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.845 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1959 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.477 / % possible all: 61.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0270精密化
PHENIXdev_4761精密化
autoPROC1.0.5 (20210420)データ削減
autoPROC1.0.5 (20210420)データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
XDSFeb 5, 2021 (BUILT 20210205)データ削減
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V3T

2v3t


解像度: 2.18→62.59 Å / SU ML: 0.2588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.9354
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 2698 4.8 %
Rwork0.2056 53536 -
obs0.2075 56234 59.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→62.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12410 0 104 290 12804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001512816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.411217343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00272224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.74224746
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.220.2955100.2742135X-RAY DIFFRACTION2.99
2.22-2.260.4083130.2666216X-RAY DIFFRACTION4.7
2.26-2.310.3343210.2865340X-RAY DIFFRACTION7.37
2.31-2.360.3601360.2722612X-RAY DIFFRACTION13.22
2.36-2.410.3681370.2779939X-RAY DIFFRACTION19.77
2.41-2.470.2829590.26471240X-RAY DIFFRACTION26.12
2.47-2.540.278830.27691647X-RAY DIFFRACTION35.39
2.54-2.610.30961010.27742297X-RAY DIFFRACTION48.53
2.61-2.70.34021430.26312800X-RAY DIFFRACTION59.49
2.7-2.790.30841740.26663241X-RAY DIFFRACTION69.5
2.79-2.90.30831670.26653676X-RAY DIFFRACTION77.84
2.9-3.040.32121980.2534058X-RAY DIFFRACTION86.49
3.04-3.20.25092390.24864410X-RAY DIFFRACTION93.39
3.2-3.40.2392250.21784656X-RAY DIFFRACTION98.91
3.4-3.660.25442380.21154683X-RAY DIFFRACTION99.41
3.66-4.030.24032430.17144647X-RAY DIFFRACTION98.87
4.03-4.610.20782430.15074638X-RAY DIFFRACTION98.03
4.61-5.810.19712220.16754692X-RAY DIFFRACTION98.14
5.81-62.590.19732460.19164609X-RAY DIFFRACTION95.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45844834570.595126978068-0.617415149011.30550213056-0.2831025057251.80229787074-0.0301989975597-0.185244247860.08339476344430.1466574561770.09567056343280.0866891442453-0.07039963888970.148444424397-0.03953538884430.1162873600460.02686876674560.0179601475820.131122931679-0.004448649045420.087825983005130.2429948403-12.866784400612.0186554279
20.968950587708-0.059146105809-0.5203171429490.556685435451-0.1897554157961.286264601380.09724657476870.502502402790.148042931497-0.2640320156290.1782209475280.151287290658-0.230798565385-0.8390106404720.2021755191120.1740378085760.08708312389980.03357507850430.4627573363020.08430250821450.09430071180313.9748213678-11.3539979123-9.20678690317
31.64833765994-0.436220172414-0.1886651068920.733387241724-0.1350950228051.687690604220.118827572046-0.3123634780690.3984986714390.006069366741020.03447286345560.0574826075923-0.272360537307-0.104148340238-0.1027717842940.08070708384220.01809767724990.1124079031880.423225752012-0.1350364408080.143026655106-1.08953590965-2.8462630674538.9755347634
42.06144806611-0.163382412148-0.5606379062530.6858389621370.1807943235160.97174920588-0.2108624036580.0967638139248-0.4444428345150.0467094907637-0.04427773899980.213222724320.374415595254-0.628309576346-0.05937269306670.0678469279328-0.1345188593540.05539665036230.635853251342-0.04044391896870.252325699934-17.4049410421-21.195299438127.8859842321
51.064809477140.321879501298-0.4477269312521.452371525470.08083734141781.22406222566-0.2272016389280.0972163763533-0.428344232556-0.138078136571-0.1636875280280.397276258840.569771611281-0.628882580578-0.2357952861420.219928360537-0.2134165408680.07737758596350.451310314867-0.1279659235890.39150243739327.301970628529.749139409326.8726452215
61.07329785692-0.25184219533-0.1987040832610.8181052552930.09572514476431.482068432180.0861348593383-0.3140986374020.0860070259246-0.0549972257280.04861494499250.236019458965-0.310343533843-0.211488337941-0.0102369304033-0.00037789025310.05094159270880.1510837494980.250649913051-0.009726376736040.0052551678419340.539244853749.833921690635.368785695
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 437 through 815)AA437 - 8151 - 265
22(chain 'B' and resid 437 through 814)BB437 - 8141 - 264
33(chain 'C' and resid 437 through 815)CC437 - 8151 - 260
44(chain 'D' and resid 437 through 816)DD437 - 8161 - 266
55(chain 'E' and resid 437 through 815)EE437 - 8151 - 258
66(chain 'F' and resid 437 through 814)FF437 - 8141 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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