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万見
- PDB-7zu8: Crystal Structure of the zymogen form of the glutamic-class proly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zu8
タイトルCrystal Structure of the zymogen form of the glutamic-class prolyl-endopeptidase neprosin at 2.05 A resolution in presence of the crystallophore Lu-Xo4.
要素Glutamyl endopeptidase Neprosin
キーワードHYDROLASE / glutamic endopeptidase / zymogen / proform / coeliac disease therapy / crystallophore
機能・相同性ACETATE ION / Chem-K93
機能・相同性情報
生物種Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Del Amo-Maestro, L. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Mendes, S.R. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular and in vivo studies of a glutamate-class prolyl-endopeptidase for coeliac disease therapy.
著者: Del Amo-Maestro, L. / Mendes, S.R. / Rodriguez-Banqueri, A. / Garzon-Flores, L. / Girbal, M. / Rodriguez-Lagunas, M.J. / Guevara, T. / Franch, A. / Perez-Cano, F.J. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl endopeptidase Neprosin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2677
ポリマ－43,0071
非ポリマー2,2606
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.650, 93.350, 48.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamyl endopeptidase Neprosin


分子量: 43006.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Pro-form of the glutamic endopeptidase neprosin (R25-Q380) from Nepenthes ventrata with an N-terminal IgK leader sequence and a C-terminal non-cleavable His6-tag (AIA-HHHHHH).
由来: (組換発現) Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
遺伝子: NvNpr / プラスミド: pCMV-Sport 6
細胞株 (発現宿主): Suspension-adapted 293 human embryonic kidney (HEK) cells
発現宿主: Homo sapiens neanderthalensis (ヒト) / 参照: glutamyl endopeptidase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 183分子

#4: 化合物 ChemComp-K93 / 12-oxidanyl-9,11$l^{3}-dioxa-1$l^{4},19$l^{4},22,27$l^{4},28$l^{4}-pentaza-10$l^{6}-lutetaoctacyclo[17.5.2.1^{3,7}.1^{10,13}.0^{1,10}.0^{10,19}.0^{10,28}.0^{17,27}]octacosa-3,5,7(28),11,13,15,17(27)-heptaen-8-one


分子量: 573.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24LuN5O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 22% polyethylene glycol (PEG) 6000, 10% isopropanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→63.51 Å / Num. obs: 25470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 2500 / CC1/2: 0.918 / % possible all: 98.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→63.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 621 2.44 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2102 25470 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.28 Å2 / Biso mean: 48.48 Å2 / Biso min: 26.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.6821 Å20 Å20 Å2
2--8.2755 Å20 Å2
3----23.9576 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→63.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2613 0 134 179 2926
Biso mean--57.3 52.66 -
残基数----336
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1225SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes513HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2703HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion373SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance18HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2448SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2839HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3882HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.66
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5481 17 2.07 %
Rwork0.3656 805 -
all0.3692 822 -
obs--98.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2574-0.06330.00312.2094-0.09910.66250.04950.002-0.0025-0.0126-0.050.16870.0337-0.04130.0005-0.17340.00510.0056-0.1771-0.0240.154928.217812.90424.8913
20-0.08890.567300.39340.0282-0.00420.05910.0484-0.105-0.01080.05710.00590.06260.01510.1270.13050.15950.309-0.0265-0.378143.986514.90966.8465
30-0.26880.201800.34610.0188-0.00110.00190.00340.0182-0.00910.02650.0645-0.04740.01020.02920.0675-0.00640.0280.04550.314133.2691-3.266614.2774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 383 A|501 - 502 A|511 - 511 A|601 - 602}A29 - 383
2X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 383 A|501 - 502 A|511 - 511 A|601 - 602}A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 383 A|501 - 502 A|511 - 511 A|601 - 602}A511
4X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 383 A|501 - 502 A|511 - 511 A|601 - 602}A601 - 602
5X-RAY DIFFRACTION2{A|400 - 402}A400 - 402
6X-RAY DIFFRACTION3{A|403 - 404}A403 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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