PDB-7zp5: Crystal structure of designed photoenzyme EnT1.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zp5

タイトル

Crystal structure of designed photoenzyme EnT1.0

要素

Diisopropyl-fluorophosphatase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Designed photoenzyme / [2+2]-cyclase / genetic code expansion / Engineered enzyme

機能・相同性

TolB, C-terminal domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Hardy, F.J. / Levy, C.

資金援助

European Union,

英国, 3件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	757991	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M027023/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/023755/1	英国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A designed photoenzyme for enantioselective [2+2] cycloadditions.
著者: Trimble, J.S. / Crawshaw, R. / Hardy, F.J. / Levy, C.W. / Brown, M.J.B. / Fuerst, D.E. / Heyes, D.J. / Obexer, R. / Green, A.P.

履歴

登録	2022年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zp5.cif.gz	449.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zp5.ent.gz	310.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zp5_validation.pdf.gz	443 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zp5_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	7zp5_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	7zp5_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zp6C 7zp7C 3i1cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diisopropyl-fluorophosphatase

B: Diisopropyl-fluorophosphatase

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diisopropyl-fluorophosphatase

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diisopropyl-fluorophosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.847, 43.397, 81.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Diisopropyl-fluorophosphatase 分子量: 36240.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EC: 3.1.8.2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-Tris, pH = 5.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→81.57 Å / Num. obs: 89549 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05761 / Net I/σ(I): 17.22
反射シェル	解像度: 1.54→1.595 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 8084 / CC_1/2: 0.801 / CC star: 0.943 / R_pim(I) all: 0.448 / R_rim(I) all: 0.9503 / % possible all: 89.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3i1c

3i1c

解像度: 1.54→81.57 Å / SU ML: 0.2061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	4542	5.08 %
R_work	0.1959	84914	-
obs	0.1968	89456	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→81.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4834	0	10	448	5292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	5050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9981	6863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0657	717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.2437	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.56	0.425	125	0.409	2306	X-RAY DIFFRACTION	82.41
1.56-1.58	0.3792	165	0.3859	2563	X-RAY DIFFRACTION	91.12
1.58-1.6	0.3353	159	0.3659	2740	X-RAY DIFFRACTION	95.17
1.6-1.62	0.3356	155	0.3298	2757	X-RAY DIFFRACTION	98.08
1.62-1.64	0.332	170	0.3152	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.64-1.66	0.3066	173	0.2989	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.66-1.68	0.2963	164	0.2893	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.68-1.71	0.3401	154	0.2989	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.71-1.73	0.311	154	0.278	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.73-1.76	0.271	139	0.2696	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.76-1.79	0.2867	154	0.2428	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.79-1.83	0.2144	161	0.2236	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.83-1.86	0.2543	150	0.2189	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.86-1.9	0.2182	148	0.2145	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.9-1.94	0.2892	148	0.2046	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-1.99	0.2218	124	0.2051	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2655	151	0.2103	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.2453	143	0.212	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.2163	115	0.2115	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.2639	163	0.202	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.3	0.2376	151	0.2042	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.39	0.2289	171	0.1953	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.5	0.2289	171	0.198	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.63	0.2561	149	0.201	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.2298	163	0.1947	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-3.01	0.2104	151	0.1977	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.32	0.219	129	0.1862	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.8	0.1955	122	0.1673	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.79	0.162	156	0.1373	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-81.57	0.1806	164	0.1729	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.6235960419 Å / Origin y: -12.3873383501 Å / Origin z: 19.7442240728 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.335969665378 Å²	-0.0237556940638 Å²	-0.0416708141867 Å²	-	0.229075751356 Å²	-0.0208049874783 Å²	-	-	0.204789395121 Å²
L	0.581047156954 °²	0.0709237526572 °²	0.0959236252372 °²	-	0.200179641757 °²	-0.105373841206 °²	-	-	0.16331335662 °²
S	0.00474779940105 Å °	0.0650729825163 Å °	0.0159423085095 Å °	0.0689690820783 Å °	-0.0112843684543 Å °	-0.038606651334 Å °	-0.0627468551946 Å °	0.0979100611811 Å °	0.00406679353748 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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