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万見
- PDB-7whf: Heimdallarchaeota gelsolin (2DGel) bound to rabbit actin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7whf
タイトルHeimdallarchaeota gelsolin (2DGel) bound to rabbit actin
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • Heimdallarchaeota Gelsolin domain-containing protein 2DGel
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Asgard / gelsolin / actin / filament
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament severing / barbed-end actin filament capping / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle / actin filament bundle assembly ...actin filament severing / barbed-end actin filament capping / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. ...Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Gelsolin-like domain-containing protein / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Candidatus Heimdallarchaeota archaeon LC_3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Akil, C.
資金援助4件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476
Simons FoundationGBMF9743
Other privateMoore Foundation GBMF9743
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical evidence for the emergence of a calcium-regulated actin cytoskeleton prior to eukaryogenesis
著者: Akil, C. / Tran, L.T. / Orhant-Prioux, M. / Baskaran, Y. / Senju, Y. / Takeda, S. / Chotchuang, P. / Muengsaen, D. / Schulte, A. / Manser, E. / Blanchoin, L. / Robinson, R.C.
履歴
登録2021年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
G: Heimdallarchaeota Gelsolin domain-containing protein 2DGel
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Heimdallarchaeota Gelsolin domain-containing protein 2DGel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,18426
ポリマ－148,2644
非ポリマー1,92022
水9,962553
1
A: Actin, alpha skeletal muscle
G: Heimdallarchaeota Gelsolin domain-containing protein 2DGel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,00012
ポリマ－74,1322
非ポリマー86810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Heimdallarchaeota Gelsolin domain-containing protein 2DGel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,18414
ポリマ－74,1322
非ポリマー1,05212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.261, 100.353, 171.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABGC

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 42109.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ACTA1, ACTA / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 Heimdallarchaeota Gelsolin domain-containing protein 2DGel


分子量: 32021.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Heimdallarchaeota archaeon LC_3 (古細菌)
遺伝子: HeimC3_12500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9NVH4

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非ポリマー , 4種, 575分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4 mM Heimdallarchaeota 2DGel 0.4 mM rabbit actin 1 mM CaCl2 0.1 M HEPES pH 7.0 10% w/v polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 63053 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.954 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1312 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.286 / Rrim(I) all: 0.714

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBT

3hbt


解像度: 2.1→19.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 --
Rwork0.165 --
obs-63045 81.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 39.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9111 0 92 553 9756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01319424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.374412788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08831405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.04133520
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.176 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.269 165
Rwork0.202 3313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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