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- PDB-7vic: The crystal structure of SARS-CoV-2 3C-like protease in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vic
タイトルThe crystal structure of SARS-CoV-2 3C-like protease in complex with a traditional Chinese Medicine Inhibitors
要素3C-like proteinase
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / inhibitor / 3CLpro / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / endonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / methylation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus ...main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Trypsin-like serine proteases / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Thrombin, subunit H / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ODN / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhong, B. / Chen, B. / Zhou, H. / Sun, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentJCYJ20190807155011406
引用ジャーナル: Small Sci / 年: 2022
タイトル: Oridonin Inhibits SARS-CoV-2 by Targeting Its 3C-Like Protease.
著者: Zhong, B. / Peng, W. / Du, S. / Chen, B. / Feng, Y. / Hu, X. / Lai, Q. / Liu, S. / Zhou, Z.W. / Fang, P. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhou, H. / Sun, L.
履歴
登録2021年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1922
ポリマ－33,8261
非ポリマー3661
水1,856103
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3844
ポリマ－67,6512
非ポリマー7332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.178, 81.411, 91.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / main protease


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物 ChemComp-ODN / (1beta,6beta,7beta,8alpha,9beta,10alpha,13alpha,14R,16beta)-1,6,7,14-tetrahydroxy-7,20-epoxykauran-15-one


分子量: 366.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH6, 12% PEG 6000, 0.5% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.499 Å / Num. obs: 22123 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 2204 / CC1/2: 0.814

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LU7

6lu7


解像度: 2.1→24.499 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.212 / Average fsc free: 0.9038 / Average fsc work: 0.9144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1133 5.121 %
Rwork0.2159 20990 -
all0.217 --
obs-22123 99.563 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.025 Å20 Å20.001 Å2
2---0.009 Å20 Å2
3----0.016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2295 0 26 103 2424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0172181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.221.6413248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3611.5745006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7815300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75423.333114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66215363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.3481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2210.21953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0650.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0810.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1340.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1430.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1663.311204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1653.3041202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.094.9541502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0894.9571503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9753.4351171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9743.4381172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6645.1581746
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6635.1611747
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.17939.122477
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.20639.0192459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1540.267880.2581549X-RAY DIFFRACTION100
2.154-2.2130.297800.2481506X-RAY DIFFRACTION100
2.213-2.2770.269700.261501X-RAY DIFFRACTION99.9364
2.277-2.3470.342670.261421X-RAY DIFFRACTION99.9328
2.347-2.4240.274850.2571344X-RAY DIFFRACTION100
2.424-2.5090.263790.2441352X-RAY DIFFRACTION99.7908
2.509-2.6040.233670.2381294X-RAY DIFFRACTION99.5611
2.604-2.710.293680.2451241X-RAY DIFFRACTION99.5437
2.71-2.830.289740.2351162X-RAY DIFFRACTION99.6774
2.83-2.9680.256650.221152X-RAY DIFFRACTION99.5094
2.968-3.1280.232610.2161075X-RAY DIFFRACTION99.4746
3.128-3.3170.222450.2191025X-RAY DIFFRACTION99.35
3.317-3.5450.297590.216972X-RAY DIFFRACTION99.5174
3.545-3.8280.233470.205900X-RAY DIFFRACTION99.5794
3.828-4.1920.197550.189809X-RAY DIFFRACTION99.5392
4.192-4.6840.219370.176761X-RAY DIFFRACTION99.6255
4.684-5.4030.204340.168667X-RAY DIFFRACTION99.4326
5.403-6.6050.22230.226573X-RAY DIFFRACTION99.4992
6.605-9.2850.163190.173448X-RAY DIFFRACTION98.7315
9.285-24.4990.109100.195238X-RAY DIFFRACTION89.8551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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