[日本語] English
万見
- PDB-7v1o: Crystal structure of mouse cytosolic sulfotransferase mSULT3A1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v1o
タイトルCrystal structure of mouse cytosolic sulfotransferase mSULT3A1
要素Amine sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / Sulfotransferase Cytosolic sulfotransferase SULT
機能・相同性
機能・相同性情報


amine sulfotransferase / amine sulfotransferase activity / sulfation / sulfotransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
naphthalen-1-amine / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Amine sulfotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Teramoto, T. / Inada, K. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K05384 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SULT3A1, mouse amine N-sulfotransferase
著者: Teramoto, T. / Inada, K. / Kurogi, K. / Sakakibara, Y. / Kakuta, Y.
履歴
登録2021年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Amine sulfotransferase
B: Amine sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4996
ポリマ－70,3582
非ポリマー1,1414
水1,26170
1
A: Amine sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7503
ポリマ－35,1791
非ポリマー5702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
2
B: Amine sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7503
ポリマ－35,1791
非ポリマー5702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.440, 116.440, 203.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Amine sulfotransferase / SULT-X2 / Sulfotransferase 3A1 / ST3A1


分子量: 35179.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sult3a1, St3a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35403, amine sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-5I2 / naphthalen-1-amine


分子量: 143.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H9N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26% PEG 3,350 200 mM LiSO4 20 mM DTT 100 mM Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 29326 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1732 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 60.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30.11 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1496 5.1 %
Rwork0.231 --
obs0.2328 29324 90 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4857 0 76 70 5003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6436890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8731886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.3542950.3561637X-RAY DIFFRACTION60
2.48-2.570.3551020.33732008X-RAY DIFFRACTION73
2.57-2.670.41141110.3562395X-RAY DIFFRACTION86
2.67-2.790.45721540.34582646X-RAY DIFFRACTION96
2.79-2.940.36561250.32462713X-RAY DIFFRACTION98
2.94-3.120.31891590.30642692X-RAY DIFFRACTION97
3.12-3.360.31651430.28552716X-RAY DIFFRACTION97
3.36-3.70.29951670.24112677X-RAY DIFFRACTION97
3.7-4.230.25641380.19972744X-RAY DIFFRACTION96
4.23-5.330.20381440.17792758X-RAY DIFFRACTION96
5.33-30.110.20681580.19032842X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る