PDB-7t7u: Light Harvesting complex phycocyanin PC 630, from the cryptophyte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t7u

タイトル

Light Harvesting complex phycocyanin PC 630, from the cryptophyte Chroomonas sp. M1627

要素

(Phycoerythrin alpha subunit ...) x 2
Phycoerythrin beta subunit

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHESIS light harvesting globin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plastid / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Chroomonas sp. M1627 (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Michie, K.A. / Harrop, S.J. / Rathbone, H.W. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G.

資金援助

米国, 3件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Molecular structures reveal the origin of spectral variation in cryptophyte light harvesting antenna proteins.
著者: Michie, K.A. / Harrop, S.J. / Rathbone, H.W. / Wilk, K.E. / Teng, C.Y. / Hoef-Emden, K. / Hiller, R.G. / Green, B.R. / Curmi, P.M.G.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t7u.cif.gz	362.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t7u.ent.gz	249.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7t89C 7t8sC 4lmsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phycoerythrin alpha subunit L1

B: Phycoerythrin beta subunit

C: Phycoerythrin alpha subunit S1

D: Phycoerythrin beta subunit

ヘテロ分子

57.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.294, 93.411, 132.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-420- HOH

-
Phycoerythrin alpha subunit ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	Phycoerythrin alpha subunit L1 分子量: 8877.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas sp. M1627 (真核生物) / 参照: UniProt: A0A067XP78
#3: タンパク質	Phycoerythrin alpha subunit S1 / Phycoerythrin alpha subunit S2 分子量: 7599.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas sp. M1627 (真核生物) / 参照: UniProt: A0A067XP68

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#2: タンパク質	Phycoerythrin beta subunit 分子量: 18076.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas sp. M1627 (真核生物) / 参照: UniProt: A0A067XP72

-
非ポリマー , 5種, 461分子

#4: 化合物	ChemComp-M1V / mesobiliverdin IX(alpha) / メソビリベルジン分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₈N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-AX9 / DiCys-(15,16)-Dihydrobiliverdin / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN (double Cys bound form) / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(3-ethyl-4-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{[(2R)-4-ethyl-3-methyl-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid 分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3,350 20-28%, HEPES 100 mM pH7.5 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.5 Å / Num. obs: 51263 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.01 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.047 / Num. unique obs: 7267 / R_pim(I) all: 0.333 / R_rim(I) all: 0.702

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
MOSFLM	2.0.6	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LMS

4lms

解像度: 1.8→39.58 Å / SU ML: 0.1508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.8743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1849	2622	5.12 %
R_work	0.1579	48630	-
obs	0.1593	51252	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3545	0	350	452	4347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0122	4108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2604	5607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0627	612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9125	680

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.2484	139	0.2362	2468	X-RAY DIFFRACTION	96.2
1.83-1.87	0.2477	125	0.227	2465	X-RAY DIFFRACTION	96.75
1.87-1.91	0.238	115	0.2057	2523	X-RAY DIFFRACTION	97.52
1.91-1.95	0.2334	126	0.1901	2526	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.95-1.99	0.2085	127	0.1852	2537	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.99-2.04	0.2227	148	0.1699	2533	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.04-2.1	0.1901	140	0.165	2548	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.1-2.16	0.198	127	0.153	2568	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.16-2.23	0.1793	137	0.1543	2513	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.23-2.31	0.1573	156	0.1522	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.31-2.4	0.1946	147	0.1463	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.4-2.51	0.2119	156	0.1464	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.51-2.64	0.1616	160	0.1432	2539	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.64-2.81	0.1837	112	0.1433	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.81-3.03	0.1748	137	0.1526	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.03-3.33	0.1715	147	0.1528	2588	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.33-3.81	0.1908	128	0.139	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.81-4.8	0.1446	145	0.1318	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.8-39.58	0.1794	150	0.1804	2731	X-RAY DIFFRACTION	98.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.802947361661	-0.214121344813	0.584079869294	0.390325129616	-0.0821296816922	1.05370863904	0.133707047139	-0.0719910978242	0.0743342889752	-0.0180093152916	-0.104623052066	-0.0378473560849	-0.00384756860606	-0.0125765672294	-0.00810637889859	0.15904914719	-0.0152359525435	-0.00300657579224	0.10287566747	0.0181858455828	0.0944440023519	17.0658337809	32.9831682318	150.22443469
2	1.19901892169	-0.262981001964	0.417810853107	0.387939618561	-0.0980464506998	0.441447670759	-0.0285754968712	-0.190044230703	0.180716981478	0.42393102217	-0.0503164344257	0.13332909608	-0.130784677346	-0.217346174432	0.0839425623597	0.231485429897	-0.00194759306074	0.00794873331592	0.198030963653	-0.00750524221149	0.144563987145	29.2957415158	19.1009697092	182.324452786
3	0.684605378239	-0.25500187212	0.0901909245458	0.760917074576	-0.0603994485274	0.614247621099	-0.0228560679451	-0.0569118341065	-0.000573667848208	0.0748993027183	0.00313640521731	0.070208875074	-0.0773975599183	-0.0158703923145	0.0198502637182	0.0891631161271	-0.0154824803725	0.0118398053159	0.0870354112356	0.00440732845809	0.0900689839961	15.4336180621	28.1792563681	166.450806858
4	0.43789195424	-0.0935135994171	-0.338969447288	0.504173331705	0.562128870038	0.757676651873	-0.124081734721	0.28813503813	-0.0325105746772	-0.213020429744	0.103105612962	-0.118843209687	0.0551439049635	0.0434898807042	0.161804573817	0.273463666981	0.030339530999	0.145876932936	0.373493872957	0.0994948760164	0.278259505679	39.6745809633	30.2665586701	135.960614732
5	3.6801357642	-0.704318381906	-0.158622850726	0.336671282455	-0.00458399481358	0.571249861258	-0.0904129108275	0.0209354743153	0.142344167193	-0.152548143249	-0.0456911942939	-0.154320423579	0.0216506270001	0.104987888934	0.0886728161789	0.161088379709	0.0323966011743	-0.00764023478314	0.154670609279	0.0463250762616	0.117845389691	20.2486509815	31.4591831494	138.724415257
6	2.51066476259	0.832924695637	-0.819016005338	1.53764911384	-0.130955501428	0.791158066966	-0.0668519799615	0.0326544845234	0.353847216942	-0.0308155230129	0.0164394063699	0.0532354279456	-0.295797444223	-0.200105345838	0.00355647859486	0.207316181977	0.00935556278766	-0.0696296340758	0.123793953653	0.000428292809468	0.130036474691	6.42291973763	39.9063864186	138.812716289
7	1.11568891489	-0.0384656772833	0.318333507544	0.266564978781	0.09030441121	0.537598340796	-0.0546211883148	0.119552794803	0.148502164847	-0.0932129484493	-0.0624992775939	-0.108435056168	-0.0768388923716	0.171582163482	0.110981471352	0.205148819956	-0.00410357401406	-0.00277726127789	0.15404032123	0.0510082541905	0.112951221722	12.8330132398	35.391762568	132.425523937
8	0.466536455408	-0.491811675848	-0.388236248556	0.936979306487	0.441907413373	1.40675577253	-0.0280501458216	0.144239006605	0.216147902521	-0.204178194276	-0.02202140505	-0.112614545218	-0.0766865929087	0.13468129288	0.0174399480445	0.103193924384	-0.0239126643146	-0.0121595689013	0.13049982672	0.0538145141706	0.13213515581	32.8451896024	28.4069248019	157.15528735
9	0.785080758678	0.369954908838	0.339008178725	0.925776102164	0.246060205465	0.926093912329	0.0501420207858	0.0679009598447	-0.0222336385825	6.50541887701E-5	-0.0860437585531	0.0414726481983	0.10477208169	0.0626820388213	0.033078057684	0.111041626441	0.00339721068864	-0.0108093674642	0.104201680337	0.00917782819995	0.109487094915	26.2352478633	11.1337326902	159.537837202
10	1.14037163012	0.852163899246	-0.552267662666	1.57979502461	-0.982587956821	5.31898115569	0.121126147291	0.318792068737	0.110754064645	-0.0983539553333	0.259331552526	0.0637333052973	0.103188213949	-0.313079061133	-0.263472056187	0.121027896303	0.0410774803226	0.0228520852477	0.212381179764	0.0476091303532	0.191968666179	40.8179911222	7.5584261864	156.586304882
11	0.506379294045	-0.403189078547	0.380849426794	0.652379732549	-0.484494782184	0.402431650817	0.0595474089462	0.169644360655	0.00775441822621	-0.156112130475	-0.131278438264	-0.0520247882699	0.0990784372865	0.181749929117	0.0761744538442	0.133488284707	0.0214893160162	0.0193838684032	0.139174791176	0.0297029892833	0.0831691395619	23.6879338167	22.5730519459	142.856462377
12	0.334593998442	0.0428839155126	-0.138864749597	0.518893126936	-0.051345358502	0.691988140157	0.0514458520044	0.0920162335067	0.0315688613589	-0.147149921512	-0.126840111654	-0.111347142189	-0.00913827514437	0.20537310081	0.0156116508483	0.171639579832	0.0567184480761	0.0638786522916	0.170369950471	0.0661081397104	0.115189795176	31.2251288649	25.0093541832	143.131814359
13	0.63156041463	0.0622867769081	-0.229128826577	0.57605073421	-0.256225064062	0.310990319269	-0.0385510973011	0.202342597801	0.0690048630532	-0.246313679301	-0.0658061090535	-0.0783448948662	0.168020320599	0.142011600087	0.0732185500183	0.233824885965	0.0602261065957	0.043601833871	0.202797524092	0.0451682392403	0.110281319495	27.0710044994	17.4027010226	141.278932424
14	0.737232591131	-0.239024811623	0.247542739708	0.726405847467	-0.103529764649	0.269555044196	0.0719826658664	0.124180724817	-0.121651359678	-0.278806636656	-0.0869908690588	-0.0429587904543	0.167421549592	0.179289704078	0.0569834616743	0.39853088925	0.138062392387	0.0436192695673	0.215872710168	0.00592501566523	0.137939674507	26.5670340804	13.0349938241	135.780775942
15	0.732617420706	-0.324421766904	0.0724903439797	1.09527303327	0.0103831315434	0.514083251838	-0.0433748858879	-0.120509585255	0.118121187568	0.207189275617	-0.0100939197037	-0.0392245271644	-0.0645279963725	0.06097449702	0.0346342270612	0.149542131116	-0.0221516331955	-0.0351096013082	0.13480226269	0.00810029195536	0.114286403854	26.9555079951	31.2843574509	172.594098807
16	0.326795002475	0.0585619167607	0.0154931709559	0.431140047563	0.157698369495	1.0681777469	-0.00364956505486	0.00747235718098	-0.057524325782	0.130152296643	0.024709264667	-0.170132164654	0.225518685021	0.387534401841	-0.00104780103641	0.152940536936	0.00880623606111	-0.024412642394	0.19078394341	0.0425624386017	0.14767734906	41.1658806408	12.2178655683	174.798371782
17	0.477390530666	-0.791548669147	0.163589796727	3.26561051409	-0.876153792022	0.504233582529	0.0130362191526	0.035487346078	0.0365490070787	-0.0769205210128	-0.0514474750805	0.0263409168024	0.00763796049613	0.0562454830884	0.0331935329246	0.147270881703	-0.0246875066165	-0.037125252193	0.157956323566	0.00422012724549	0.155601466676	32.9542330024	18.9043711215	174.95745685

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 48 through 70 )	C	H	48 - 70	48 - 70
2	2	chain 'D' and (resid 5 through 33 )	D	J	5 - 33	1 - 24
3	3	chain 'D' and (resid 34 through 177 )	D	J	34 - 177	25 - 168
4	4	chain 'A' and (resid 1 through 6 )	A	A	1 - 6	1 - 6
5	5	chain 'A' and (resid 7 through 15 )	A	A	7 - 15	7 - 15
6	6	chain 'A' and (resid 16 through 25 )	A	A	16 - 25	16 - 25
7	7	chain 'A' and (resid 26 through 46 )	A	A	26 - 46	26 - 46
8	8	chain 'A' and (resid 47 through 61 )	A	A	47 - 61	47 - 61
9	9	chain 'A' and (resid 62 through 76 )	A	A	62 - 76	62 - 76
10	10	chain 'A' and (resid 77 through 81 )	A	A	77 - 81	77 - 81
11	11	chain 'B' and (resid 16 through 75 )	B	C	16 - 75	1 - 60
12	12	chain 'B' and (resid 76 through 99 )	B	C	76 - 99	61 - 84
13	13	chain 'B' and (resid 100 through 158 )	B	C	100 - 158	85 - 143
14	14	chain 'B' and (resid 159 through 177 )	B	C	159 - 177	144 - 162
15	15	chain 'C' and (resid 1 through 15 )	C	H	1 - 15	1 - 15
16	16	chain 'C' and (resid 16 through 34 )	C	H	16 - 34	16 - 34
17	17	chain 'C' and (resid 35 through 47 )	C	H	35 - 47	35 - 47

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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