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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7sky | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Pertussis toxin S1 bound to NAD+ | ||||||
Components | Pertussis toxin subunit 1 | ||||||
Keywords | TOXIN / TRANSFERASE / Whooping cough / Pertussis / pertussis toxin / S1 / ADP ribosyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsymbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bordetella pertussis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.37000129415 Å | ||||||
Authors | Littler, D.R. / Beddoe, T. / Pulliainen, A. / Rossjohn, J. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022Title: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity. Authors: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7sky.cif.gz | 352.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7sky.ent.gz | 253.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7sky.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7sky_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7sky_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 7sky_validation.xml.gz | 37 KB | Display | |
| Data in CIF | 7sky_validation.cif.gz | 52.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7sky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7sky | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7skiC ![]() 7skkC ![]() 7sneC ![]() 7u6zC ![]() 1prtS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20741.420 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis (bacteria) / Gene: ptxA, BP3783 / Production host: ![]() References: UniProt: P04977, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases, NAD+ ADP-ribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.68 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 25% PEG 3350, 0.2M KI |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.37→71.7 Å / Num. obs: 124642 / % possible obs: 90.2 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.05511472041 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.37→1.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 13351 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.34 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1PRT Resolution: 1.37000129415→24.6012684719 Å / SU ML: 0.144158047756 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9781522464 / Phase error: 23.0379162467 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 18.9331529187 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.37000129415→24.6012684719 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bordetella pertussis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
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