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万見
- PDB-7sgt: Domain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sgt
タイトルDomain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein
要素Envelope protein E
キーワードVIRAL PROTEIN / Powassan virus / nanoparticle immunogen / flavivirus / monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 ...: / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tick-borne powassan virus
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Harris, R. / Cahill, S.M. / Cowburn, D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI164047 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10DO16305 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA01330 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM1111135 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: A Powassan virus domain III nanoparticle immunogen elicits neutralizing and protective antibodies in mice.
著者: Malonis, R.J. / Georgiev, G.I. / Haslwanter, D. / VanBlargan, L.A. / Fallon, G. / Vergnolle, O. / Cahill, S.M. / Harris, R. / Cowburn, D. / Chandran, K. / Diamond, M.S. / Lai, J.R.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1831
ポリマ－11,1831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 11182.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne powassan virus (strain lb) (ウイルス)
株: LB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04538
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-15N TOCSY
141isotropic1HNHA
252isotropic22D 1H-15N HSQC
363isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
373isotropic33D 1H-13C NOESY
383isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
3163isotropic313C HSQC aro
292isotropic33D HNCO
2102isotropic23D HN(CO)CA
2112isotropic23D HNCA
2132isotropic23D HN(COCA)CB
2122isotropic2HN(CA)CB
2142isotropic2HN(CO)NH TOCSY
3153isotropic2HC(CO)NH TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1.5 mM [U-15N] domain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O~0.5mM 15N-labelled DIII in 20mM NaP pH6.2, 50mM NaCl, TSP, 10% D2O, 3mm tube15N sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N] domain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O~1.0mM 15N/13C-labelled DIII in 20mM NaP pH6.2, 50mM NaCl15N / 13C sample95% H2O/5% D2O
solution31 mM [U-15N] domain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O~1.0mM 15N/13C-labelled DIII in 20mM NaP pH6.2, 50mM NaCl, TSP15N / 13C sample D20100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
.5 mMdomain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein[U-15N]1
20 mMsodium phosphatenone1
50 mMsodium chloridenone1
1 mMdomain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein[U-15N]2
20 mMsodium phosphatenone2
50 mMsodium chloridenone2
1 mMdomain III (EDIII) of the POWV E glycoprotein[U-15N]3
20 mMsodium phosphatenone3
50 mMsodium chloridenone3
試料状態

イオン強度: 70 mM / Ionic strength err: 1 / Label: cond 1 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: _ / Temperature err: 0.1

Conditions-ID詳細pH温度 (K)
1pH 6.2 298 K6.2 pH*298 K
3pH 6.2 278 K6.2 pD278 K
2pH 6.2 278 K6.2 pH*278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001Einstein
Bruker AVANCE DMXBrukerAVANCE DMX8002NYSBC
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7003NYSBC

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.3Bruker Biospin解析
NMRPipe2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
SideRhttps://www.ucl.ac.uk/hansen-lab/sider_dfhstructure calculation
X-PLOR NIH3.42Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CcpNmr Analysis2CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
詳細: Used Xplor-NIH 3.2: Final refinement with the inclusion of specific water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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