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万見
- PDB-7r7z: Crystal structure of QW9-HLA-B*5301 specific T Cell Receptor, C3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r7z
タイトルCrystal structure of QW9-HLA-B*5301 specific T Cell Receptor, C3
要素
  • Alpha chain of C3 TCR
  • Beta chain of C3 TCR
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / T Cell Immunity / Antigen Presentation / HIV
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.286 Å
データ登録者Li, X.L. / Tan, K.M. / Xu, S.T. / Ng, R. / Walker, B.D. / Wang, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 HL103526; R01 AI149704; 5UM1Al144462; P30 AI060354 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of differential HLA class I-restricted T cell recognition of a highly networked HIV peptide.
著者: Li, X. / Singh, N.K. / Collins, D.R. / Ng, R. / Zhang, A. / Lamothe-Molina, P.A. / Shahinian, P. / Xu, S. / Tan, K. / Piechocka-Trocha, A. / Urbach, J.M. / Weber, J.K. / Gaiha, G.D. / Takou ...著者: Li, X. / Singh, N.K. / Collins, D.R. / Ng, R. / Zhang, A. / Lamothe-Molina, P.A. / Shahinian, P. / Xu, S. / Tan, K. / Piechocka-Trocha, A. / Urbach, J.M. / Weber, J.K. / Gaiha, G.D. / Takou Mbah, O.C. / Huynh, T. / Cheever, S. / Chen, J. / Birnbaum, M. / Zhou, R. / Walker, B.D. / Wang, J.H.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha chain of C3 TCR
B: Beta chain of C3 TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5926
ポリマ－50,0212
非ポリマー5714
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.156, 59.381, 82.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha chain of C3 TCR


分子量: 22561.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Beta chain of C3 TCR


分子量: 27459.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/citric acid, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 18393 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 32.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.382.60.86616830.490.5551.0350.81790.2
2.38-2.483.50.79817680.6480.4430.9160.79296.2
2.48-2.594.60.78718310.7350.3840.8780.82198.2
2.59-2.735.50.67118710.820.3040.7380.87699.2
2.73-2.95.80.46118520.9080.2040.5050.93999.3
2.9-3.125.90.27218310.9510.1210.2981.01899.4
3.12-3.445.80.17318690.9770.0780.191.05199.6
3.44-3.935.70.10518880.9850.0480.1160.98299.7
3.93-4.955.60.06618820.9930.0310.0740.86599.7
4.95-505.40.06119180.9930.0290.0680.75399.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OGA

1oga


解像度: 2.286→41.336 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 914 5.29 %
Rwork0.2145 16361 -
obs0.2165 17275 90.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.44 Å2 / Biso mean: 40.6356 Å2 / Biso min: 12.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.286→41.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 22 83 3552
Biso mean--38.06 34.65 -
残基数----445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.534830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0922124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2861-2.40670.3033570.2784138453
2.4067-2.55740.30151390.2769214484
2.5574-2.75480.30811260.2713250297
2.7548-3.0320.29421760.2523251699
3.032-3.47050.2581570.22142567100
3.4705-4.37170.22761340.18592600100
4.3717-41.330.20191250.1796264899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.35530.67182.99322.1877-0.01957.9724-0.04530.00890.27840.10570.05590.1186-0.3434-0.1419-0.00990.16210.02880.06380.16540.01750.221385.48389.6991.8946
20.7021-0.3836-0.217.50170.50521.9526-0.04770.0826-0.00180.15970.099-0.3862-0.09040.084-0.05620.1047-0.009-0.04020.2113-0.00540.163698.2671-13.013109.0326
32.41290.2214-0.54116.9666-1.52183.8236-0.10620.1096-0.0442-0.2450.11890.46120.0341-0.37020.00610.1769-0.0278-0.01410.29260.00280.164969.5241-6.264690.9042
47.1556-0.3492-0.3717.46280.17856.21960.1396-0.59760.22990.40050.02310.1159-0.3584-0.3569-0.02930.30210.00930.05520.2256-0.02390.182785.8983-22.3678116.8303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 116 )B2 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 117 through 244 )B117 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 113 )A1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 204)A114 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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