ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.18.2_3874精密化 | PHENIX | 1.18.2_3874精密化 | MxCuBE | | データ収集 | XDS | | データスケーリング | Coot | | モデル構築 | PHENIX | 1.18.2_3874位相決定 | XDS | | データ削減 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NCZ 解像度: 1.78→40.83 Å / SU ML: 0.2307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.1887 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1982 | 1129 | 5 % |
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Rwork | 0.1596 | 21454 | - |
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obs | 0.1616 | 22583 | 97.39 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.07 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→40.83 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1741 | 0 | 39 | 216 | 1996 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0088 | 1843 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.0108 | 2520 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 301 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 323 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.1282 | 640 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.78-1.86 | 0.3674 | 118 | 0.293 | 2252 | X-RAY DIFFRACTION | 82.61 | 1.86-1.96 | 0.2472 | 137 | 0.2094 | 2597 | X-RAY DIFFRACTION | 96.51 | 1.96-2.08 | 0.2468 | 143 | 0.1775 | 2706 | X-RAY DIFFRACTION | 99.93 | 2.08-2.24 | 0.2279 | 142 | 0.1628 | 2704 | X-RAY DIFFRACTION | 99.96 | 2.24-2.46 | 0.1894 | 143 | 0.1548 | 2732 | X-RAY DIFFRACTION | 99.93 | 2.46-2.82 | 0.1973 | 144 | 0.1558 | 2741 | X-RAY DIFFRACTION | 99.97 | 2.82-3.55 | 0.1895 | 148 | 0.1592 | 2806 | X-RAY DIFFRACTION | 99.97 | 3.55-40.83 | 0.1734 | 154 | 0.1414 | 2916 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.21855056626 | 0.363016681697 | -0.253471318061 | 2.96313811331 | -1.45027511317 | 4.61817857053 | -0.118058348427 | 0.0660426248139 | -0.102197479875 | -0.0855893961573 | 0.0813744329534 | -0.210104464804 | 0.335807453304 | 0.126239825277 | 0.0140342475894 | 0.144692766375 | 0.0218228731769 | 0.00234012369494 | 0.145241728744 | -0.0182922971026 | 0.223503822022 | 3.2449529003 | 11.5620457467 | 7.43268021369 | 2 | 1.22022261652 | 0.231322584903 | 0.538176397252 | 2.71714296434 | 0.236853774135 | 2.87427918327 | -0.0138685660318 | -0.141368012684 | 0.0357270213997 | 0.410627625818 | 0.014664365328 | -0.0350412382144 | -0.0557778565532 | -0.101149854192 | 0.0082709460721 | 0.203103021702 | 0.0164938899327 | -0.0124353614094 | 0.218341176391 | -0.0159305192014 | 0.222115250094 | 0.994465270594 | 24.7426495653 | 21.7357561199 | 3 | 2.80417257393 | 0.600271539829 | -0.167052998029 | 1.74754698281 | 0.40614316892 | 3.4261053643 | -0.115430135567 | -0.0400344099193 | -0.0426298088101 | 0.262846240094 | 0.171748639825 | -0.0715827308813 | 0.0320499925793 | 0.0151800004386 | -0.0169976924371 | 0.240179525758 | 0.00730305406667 | -0.0518238532803 | 0.132733839256 | -0.0245690817235 | 0.254545425711 | 1.89007231155 | 16.0246200396 | 17.4386181821 |
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | 1 | chain 'A' and (resid 23 through 77 )23 - 77 | 2 - 56 | 2 | 2 | chain 'A' and (resid 78 through 223 )78 - 223 | 57 - 211 | 3 | 3 | chain 'A' and (resid 224 through 247 )224 - 247 | 212 - 238 | | | |
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