PDB-7nm6: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nm6

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F in complex with di-mannuronic acid

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F in complex with di-mannuronic acid
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nm6.cif.gz	174.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nm6.ent.gz	114.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf 7nl3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tb5-2 5yns-d 7dzu-d 6ij5-d 5quf-d 3tb5-1 3mmg-2 5quk-d 6qgc-1 3wyn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.280, 80.720, 81.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Alginate lyase (PL7)

分子量: 25452.715 Da / 分子数: 1 / 変異: Y22F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0A485PVH1, mannuronate-specific alginate lyase

#2: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 370.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122A-1b_1-5]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス

分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.972425 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972425 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→40.83 Å / Num. obs: 22593 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.81 % / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.49
反射シェル	解像度: 1.78→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 3133

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.78→40.83 Å / SU ML: 0.2307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.1887
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	1129	5 %
R_work	0.1596	21454	-
obs	0.1616	22583	97.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→40.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1741	0	39	216	1996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0108	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1282	640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.86	0.3674	118	0.293	2252	X-RAY DIFFRACTION	82.61
1.86-1.96	0.2472	137	0.2094	2597	X-RAY DIFFRACTION	96.51
1.96-2.08	0.2468	143	0.1775	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.24	0.2279	142	0.1628	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.46	0.1894	143	0.1548	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.46-2.82	0.1973	144	0.1558	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.82-3.55	0.1895	148	0.1592	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.55-40.83	0.1734	154	0.1414	2916	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.21855056626	0.363016681697	-0.253471318061	2.96313811331	-1.45027511317	4.61817857053	-0.118058348427	0.0660426248139	-0.102197479875	-0.0855893961573	0.0813744329534	-0.210104464804	0.335807453304	0.126239825277	0.0140342475894	0.144692766375	0.0218228731769	0.00234012369494	0.145241728744	-0.0182922971026	0.223503822022	3.2449529003	11.5620457467	7.43268021369
2	1.22022261652	0.231322584903	0.538176397252	2.71714296434	0.236853774135	2.87427918327	-0.0138685660318	-0.141368012684	0.0357270213997	0.410627625818	0.014664365328	-0.0350412382144	-0.0557778565532	-0.101149854192	0.0082709460721	0.203103021702	0.0164938899327	-0.0124353614094	0.218341176391	-0.0159305192014	0.222115250094	0.994465270594	24.7426495653	21.7357561199
3	2.80417257393	0.600271539829	-0.167052998029	1.74754698281	0.40614316892	3.4261053643	-0.115430135567	-0.0400344099193	-0.0426298088101	0.262846240094	0.171748639825	-0.0715827308813	0.0320499925793	0.0151800004386	-0.0169976924371	0.240179525758	0.00730305406667	-0.0518238532803	0.132733839256	-0.0245690817235	0.254545425711	1.89007231155	16.0246200396	17.4386181821

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 23 through 77 )	23 - 77	2 - 56
2	2	chain 'A' and (resid 78 through 223 )	78 - 223	57 - 211
3	3	chain 'A' and (resid 224 through 247 )	224 - 247	212 - 238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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