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- PDB-7n40: Crystal structure of LIN9-RbAp48-LIN37, a MuvB subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n40
タイトルCrystal structure of LIN9-RbAp48-LIN37, a MuvB subcomplex
要素
  • Histone-binding protein RBBP4
  • Isoform 2 of Protein lin-9 homolog
  • Protein lin-37 homolog
キーワードCELL CYCLE / Cell division / Histone binding / transcription factor / DNA binding protein / complex / MuvB
機能・相同性
機能・相同性情報


Myb complex / CAF-1 complex / G0 to G1 transition / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex ...Myb complex / CAF-1 complex / G0 to G1 transition / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA biosynthetic process / ATPase complex / G1/S-Specific Transcription / Sin3-type complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / positive regulation of stem cell population maintenance / histone deacetylase complex / RNA Polymerase I Transcription Initiation / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / transcription repressor complex / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / negative regulation of cell migration / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / PKMTs methylate histone lysines / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / nucleosome assembly / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / DNA replication / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein LIN37 / LIN37 / Protein LIN-9/Protein ALWAYS EARLY / DIRP domain / LIN-9, C-terminal / DIRP / LIN9 C-terminal / DIRP / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex ...Protein LIN37 / LIN37 / Protein LIN-9/Protein ALWAYS EARLY / DIRP domain / LIN-9, C-terminal / DIRP / LIN9 C-terminal / DIRP / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP4 / Protein lin-9 homolog / Protein lin-37 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Asthana, A. / Ramanan, P. / Tripathi, S.M. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM124148 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The MuvB complex binds and stabilizes nucleosomes downstream of the transcription start site of cell-cycle dependent genes.
著者: Asthana, A. / Ramanan, P. / Hirschi, A. / Guiley, K.Z. / Wijeratne, T.U. / Shelansky, R. / Doody, M.J. / Narasimhan, H. / Boeger, H. / Tripathi, S. / Muller, G.A. / Rubin, S.M.
履歴
登録2021年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-binding protein RBBP4
B: Isoform 2 of Protein lin-9 homolog
C: Protein lin-37 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1983
ポリマ－73,1983
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.580, 77.810, 64.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 47709.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#2: タンパク質 Isoform 2 of Protein lin-9 homolog / HuLin-9 / hLin-9 / Beta subunit-associated regulator of apoptosis / TUDOR gene similar protein / ...HuLin-9 / hLin-9 / Beta subunit-associated regulator of apoptosis / TUDOR gene similar protein / Type I interferon receptor beta chain-associated protein / pRB-associated protein


分子量: 20907.240 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 111-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN9, BARA, TGS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5TKA1
#3: タンパク質・ペプチド Protein lin-37 homolog / Antolefinin


分子量: 4581.217 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 92-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN37, MSTP064
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96GY3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG3350, 0.2 M sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→60 Å / Num. obs: 19131 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 2805 / CC1/2: 0.47 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GFC

3gfc


解像度: 2.55→39.489 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1923 10.06 %
Rwork0.1592 --
obs0.1681 19115 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4720 0 0 142 4862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9216586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.4632893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5501-2.61380.2911370.18751215X-RAY DIFFRACTION97
2.6138-2.68450.32041290.20331257X-RAY DIFFRACTION97
2.6845-2.76340.34821500.211216X-RAY DIFFRACTION98
2.7634-2.85260.30661310.19041216X-RAY DIFFRACTION98
2.8526-2.95450.30241390.19921230X-RAY DIFFRACTION97
2.9545-3.07280.30431420.18871228X-RAY DIFFRACTION97
3.0728-3.21260.28831250.17211221X-RAY DIFFRACTION96
3.2126-3.38190.25251410.14551225X-RAY DIFFRACTION97
3.3819-3.59360.23441370.14361225X-RAY DIFFRACTION97
3.5936-3.87090.24131390.1351236X-RAY DIFFRACTION97
3.8709-4.260.20971390.12261228X-RAY DIFFRACTION97
4.26-4.87550.16461360.11461226X-RAY DIFFRACTION96
4.8755-6.13880.22081370.1571226X-RAY DIFFRACTION96
6.1388-39.4890.2351410.1891243X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59840.3447-0.37951.2864-0.21631.8732-0.00560.04920.0001-0.1094-0.01170.0790.1419-0.07210.01280.089-0-0.0020.18320.01250.157825.05060.763813.21
22.01070.82850.10781.4904-0.12981.40330.0203-0.21980.01370.0691-0.06430.01270.1022-0.00570.01630.15450.03470.01310.14480.00510.146428.481712.338935.826
31.75710.441.17630.88520.20571.3993-0.05880.07110.1207-0.19510.0678-0.05070.01990.1108-0.01030.1806-0.00430.03850.1511-0.00320.142639.05210.801116.7118
42.50690.4613-0.79772.69430.51783.71910.01140.0603-0.10990.045-0.11560.1921-0.253-0.35270.04010.16520.0298-0.07510.21860.03530.207712.6736.10485.2862
52.35140.00990.0075.73650.11892.4577-0.0440.22720.3168-0.09190.1777-0.3129-0.24980.1498-0.06010.19910.00050.00720.2555-0.02330.218439.2975-7.692-2.1999
63.27080.12930.00931.25460.72391.6840.12130.70450.2032-0.4918-0.06980.2931-0.1858-0.3146-0.00530.5448-0.0082-0.06220.34570.09090.327119.599915.0908-10.0238
76.83943.2263-0.37852.93062.07384.0999-0.33410.35040.8315-0.17580.16330.3101-0.0296-0.66240.10020.39930.0354-0.15260.3330.06280.34952.56762.1754.4355
86.21680.0088-0.23435.72260.11311.2663-0.19690.413-0.1023-0.00550.2080.22550.0608-0.1683-0.04510.28940.0037-0.06730.16660.04170.244311.0521-0.79726.4426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 108 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 302 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 303 through 411 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 98 through 137 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 138 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 274 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 95 through 108 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 109 through 126 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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