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万見
- PDB-7lp5: Structure of Nedd4L WW3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lp5
タイトルStructure of Nedd4L WW3 domain
要素Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
キーワードLIGASE / WW domain / PPxY binding / E3 Ubiquitin ligase / Nedd4L
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / cell migration involved in gastrulation / blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / Regulation of CDH11 function / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / negative regulation of potassium ion transmembrane transport ...establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / cell migration involved in gastrulation / blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / Regulation of CDH11 function / negative regulation of potassium ion export across plasma membrane / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of embryonic development / negative regulation of protein localization to cell surface / angiostatin binding / positive regulation of dendrite extension / regulation of membrane repolarization / regulation of membrane depolarization / receptor catabolic process / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / hippo signaling / regulation of sodium ion transmembrane transport / potassium channel inhibitor activity / ventricular cardiac muscle cell action potential / HECT-type E3 ubiquitin transferase / gastrulation with mouth forming second / negative regulation of vascular permeability / sodium channel inhibitor activity / cell-cell junction assembly / Signaling by Hippo / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of dendrite morphogenesis / neuromuscular junction development / regulation of synapse organization / sodium channel regulator activity / endocytic vesicle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of cell size / protein monoubiquitination / bicellular tight junction / vasculogenesis / protein K48-linked ubiquitination / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / multivesicular body / regulation of cell migration / negative regulation of angiogenesis / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / regulation of membrane potential / actin filament / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Budding and maturation of HIV virion / regulation of protein stability / receptor internalization / Stimuli-sensing channels / neuron projection development / chemotaxis / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / intracellular protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / signaling receptor activity / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / monoatomic ion transmembrane transport / angiogenesis / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / protein ubiquitination / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / glutamatergic synapse / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Angiomotin / Angiomotin, C-terminal / : / Angiomotin C terminal / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. ...Angiomotin / Angiomotin, C-terminal / : / Angiomotin C terminal / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / C2 domain / C2 domain profile. / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiomotin / E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Alam, S.L. / Alian, A. / Thompson, T. / Rheinemann, L. / Volkman, B.F. / Peterson, F.C. / Sundquist, W.I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Interactions between AMOT PPxY motifs and NEDD4L WW domains function in HIV-1 release.
著者: Rheinemann, L. / Thompson, T. / Mercenne, G. / Paine, E.L. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Alian, A. / Sundquist, W.I.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7571
ポリマ－7,7571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like / HECT-type E3 ubiquitin transferase NED4L / NEDD4.2 / Nedd4-2


分子量: 7756.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMOT, KIAA1071, NEDD4L, KIAA0439, NEDL3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4VCS5, UniProt: Q96PU5, HECT-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D C(CO)NH
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D HNHB
191isotropic13D HNHA
1101isotropic13D CBCA(CO)NH
1111isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C/15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMAngiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMAngiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: 13C/15N_sample / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8003
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
Felix2007Accelrys Software Inc.データ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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