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- PDB-7k7t: Crystal structure of human MORC4 ATPase-CW in complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7t
タイトルCrystal structure of human MORC4 ATPase-CW in complex with AMPPNP
要素Isoform 3 of MORC family CW-type zinc finger protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / Chromatin / Histone H3K4me3 / DNA interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated histone binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Morc, S5 domain 2-like / Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / MORC family CW-type zinc finger protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Klein, B.J. / Tencer, A.H. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of the MORC4 ATPase activation.
著者: Tencer, A.H. / Cox, K.L. / Wright, G.M. / Zhang, Y. / Petell, C.J. / Klein, B.J. / Strahl, B.D. / Black, J.C. / Poirier, M.G. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 3 of MORC family CW-type zinc finger protein 4
B: Isoform 3 of MORC family CW-type zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6728
ポリマ－104,4802
非ポリマー1,1926
水54030
1
A: Isoform 3 of MORC family CW-type zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8364
ポリマ－52,2401
非ポリマー5963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 3 of MORC family CW-type zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8364
ポリマ－52,2401
非ポリマー5963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.424, 109.934, 70.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.952, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 29 through 68 or resid 70...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 29 through 68 or resid 70...
d_1ens_2chain "A" and resid 503
d_2ens_2chain "B" and resid 503

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYALAA1 - 40
d_12ens_1THRASPA42 - 80
d_13ens_1PROLEUA83 - 122
d_14ens_1CYSPROA124 - 136
d_15ens_1ASNILEA138 - 142
d_16ens_1SERARGA144 - 184
d_17ens_1SERASPA191 - 198
d_18ens_1TYRASPA200 - 206
d_19ens_1LEUMETA208 - 224
d_110ens_1PROMETA226 - 241
d_111ens_1ALACYSA243 - 271
d_112ens_1PHECYSA275 - 294
d_113ens_1GLYLYSA297 - 322
d_114ens_1TYRTRPA324 - 339
d_115ens_1GLUTHRA341 - 343
d_116ens_1VALLEUA345 - 362
d_117ens_1GLYGLYA364
d_118ens_1PROALAA369 - 370
d_119ens_1TRPCYSA372 - 374
d_120ens_1TYRASNA376 - 377
d_121ens_1CYSGLUA383 - 388
d_21ens_1GLYALAB1 - 40
d_22ens_1THRASPB42 - 80
d_23ens_1PROLEUB82 - 121
d_24ens_1CYSPROB123 - 135
d_25ens_1ASNILEB140 - 144
d_26ens_1SERARGB147 - 187
d_27ens_1SERASPB189 - 196
d_28ens_1TYRASPB198 - 204
d_29ens_1LEUMETB206 - 222
d_210ens_1PROMETB224 - 239
d_211ens_1ALACYSB241 - 289
d_212ens_1GLYLYSB292 - 317
d_213ens_1TYRTRPB320 - 335
d_214ens_1GLUTHRB337 - 339
d_215ens_1VALLEUB341 - 358
d_216ens_1GLYGLYB360
d_217ens_1PROALAB367 - 368
d_218ens_1TRPCYSB370 - 372
d_219ens_1TYRASNB374 - 375
d_220ens_1CYSGLUB382 - 387
d_11ens_2ZNZNC
d_12ens_2MGMGD
d_13ens_2ANPANPE
d_21ens_2ZNZNF
d_22ens_2MGMGG
d_23ens_2ANPANPH

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Isoform 3 of MORC family CW-type zinc finger protein 4 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 2 / Zinc finger CW-type domain protein 4


分子量: 52239.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORC4, ZCW4, ZCWCC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TE76
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes 7.5, 20% Jeffamine ED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2782 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 16000 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 41.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.94→3.05 Å / Num. unique obs: 1280 / Rpim(I) all: 0.285 / % possible all: 75.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O1E

6o1e


解像度: 2.94→47.11 Å / SU ML: 0.3626 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.4791
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 1517 10.04 %
Rwork0.237 13589 -
obs0.2397 15106 89.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6233 0 66 30 6329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58788672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.40352405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.891211082715
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.183331771398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.040.281596854X-RAY DIFFRACTION62.21
3.04-3.140.31711140.28641026X-RAY DIFFRACTION74.75
3.15-3.270.32651320.29061168X-RAY DIFFRACTION84.75
3.27-3.420.31721370.2721242X-RAY DIFFRACTION90.84
3.42-3.60.28091400.25791253X-RAY DIFFRACTION91.05
3.6-3.820.26991490.24391326X-RAY DIFFRACTION94.79
3.83-4.120.26161420.22881294X-RAY DIFFRACTION93.49
4.12-4.530.23911460.2051334X-RAY DIFFRACTION97.37
4.54-5.190.21281530.1981338X-RAY DIFFRACTION95.52
5.19-6.540.26551520.2371353X-RAY DIFFRACTION97.16
6.54-47.110.25531560.21891401X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.072723069671-0.0286479342475-0.0005796121782870.0445104005288-0.03455914203760.04398878967170.248325943856-0.1081339457960.0928825648656-0.187054417627-0.2211922623220.03898974430540.1822334262620.02153858842132.8913741788E-120.1636547517150.0425877327024-0.0150653336970.142688013707-0.00734207965580.161855735866-8.27336807571-3.39826344589-17.1087865419
20.0140829156833-0.00130779733840.01690864314670.0537552541694-0.01219957441740.03881531424290.113958289910.01720774875970.1291860930360.03731392600090.002128223984720.05562272431890.08756974208-0.07608284493867.99822728893E-110.1347992665040.009633504766090.02398482206680.1370059443960.02324086622560.144500780922-14.067541611829.8973748875-21.7656271658
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 29 through 471)AA29 - 4711 - 390
22(chain 'B' and resid 29 through 469)BB29 - 4691 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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