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- PDB-7jw6: Crystal structure of Drosophila Nibbler EXO domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jw6
タイトルCrystal structure of Drosophila Nibbler EXO domain
要素Exonuclease mut-7 homolog
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nibbler / exoribonuclease / microRNA trimming / piRNA trimming / HEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-miRNA 3'-end processing / 3'-5'-exoribonuclease activity involved in mature miRNA 3'-end processing / primary piRNA processing / secondary piRNA processing / piRNA processing / transposable element silencing / miRNA processing / P granule / 3'-5' exonuclease activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity ...pre-miRNA 3'-end processing / 3'-5'-exoribonuclease activity involved in mature miRNA 3'-end processing / primary piRNA processing / secondary piRNA processing / piRNA processing / transposable element silencing / miRNA processing / P granule / 3'-5' exonuclease activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exonuclease Mut-7, DEDDy 3'-5' exonuclease domain / : / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exonuclease mut-7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xie, W. / Sowemimo, I. / Hayashi, R. / Wang, J. / Brennecke, J. / Ameres, S.L. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure-function analysis of microRNA 3'-end trimming by Nibbler.
著者: Xie, W. / Sowemimo, I. / Hayashi, R. / Wang, J. / Burkard, T.R. / Brennecke, J. / Ameres, S.L. / Patel, D.J.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease mut-7 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7031
ポリマ－26,7031
非ポリマー00
水4,450247
1
A: Exonuclease mut-7 homolog

A: Exonuclease mut-7 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4062
ポリマ－53,4062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area2920 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.338, 117.101, 87.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-710-

HOH

21A-741-

HOH

31A-909-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Exonuclease mut-7 homolog / Exonuclease 3'-5' domain-containing protein 3 homolog / Protein nibbler


分子量: 26703.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Nbr, CG9247 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9VIF1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.064 M sodium citrate 7.0, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 10% PEG5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→29.3 Å / Num. obs: 36858 / % possible obs: 97.49 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 17.74 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1678 / Rpim(I) all: 0.04813 / Rrim(I) all: 0.1748 / Net I/σ(I): 15.06
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3620 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.912 / Rpim(I) all: 0.3584 / Rrim(I) all: 1.313 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model from SAD

解像度: 1.5→29.3 Å / SU ML: 0.2222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4227
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1712 4.76 %
Rwork0.2018 34271 -
obs0.2032 35983 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 0 247 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00541893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75442565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6735724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.33891300.31922883X-RAY DIFFRACTION99.93
1.54-1.590.30831430.28462896X-RAY DIFFRACTION99.9
1.59-1.650.27181440.25362888X-RAY DIFFRACTION99.97
1.65-1.720.23231440.20252899X-RAY DIFFRACTION99.84
1.72-1.80.23771480.19032888X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.890.27681520.2312760X-RAY DIFFRACTION95.16
1.89-2.010.3421210.30112461X-RAY DIFFRACTION84.46
2.01-2.160.20091710.1842886X-RAY DIFFRACTION99.97
2.16-2.380.26151180.23452706X-RAY DIFFRACTION91.96
2.38-2.720.22761440.1912960X-RAY DIFFRACTION99.71
2.73-3.430.1971510.17732953X-RAY DIFFRACTION100
3.43-29.30.19811460.16453091X-RAY DIFFRACTION99.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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