PDB-7ifh: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ifh

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS103296 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ifh.cif.gz	187.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ifh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ifh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ifh_validation.pdf.gz	699.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ifh_full_validation.pdf.gz	699.2 KB	表示
XML形式データ	7ifh_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7ifh_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7ifh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7ifh	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.270, 73.000, 52.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CGO / N-(2-aminopyridin-3-yl)acetamide 分子量: 151.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.03→29.4 Å / Num. obs: 152182 / % possible obs: 95.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 8.66 / Num. measured all: 507644

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.03-1.09	90.3	1.157	73728	23143	0.458	1.384	0.85
1.09-1.17	92.8	0.627	71746	22391	0.726	0.751	1.63
1.17-1.26	95.7	0.44	72310	21504	0.832	0.523	2.46
1.26-1.38	97	0.311	66949	20095	0.907	0.371	3.51
1.38-1.54	98.4	0.179	63218	18429	0.969	0.212	6.24
1.54-1.78	98.2	0.097	55204	16208	0.989	0.115	11.21
1.78-2.18	98.5	0.05	47040	13791	0.996	0.059	20.94
2.18-3.08	98.2	0.035	37231	10686	0.998	0.042	30.36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.03→29.4 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1746	2100	1.38 %
R_work	0.1619	-	-
obs	0.1621	152166	95.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.03→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	17	296	2687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.134	845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.03-1.05	0.362	128	0.3468	9116	X-RAY DIFFRACTION	88
1.05-1.08	0.2748	134	0.306	9593	X-RAY DIFFRACTION	92
1.08-1.11	0.3172	134	0.2689	9586	X-RAY DIFFRACTION	92
1.11-1.14	0.255	135	0.2445	9646	X-RAY DIFFRACTION	92
1.14-1.18	0.2325	138	0.2259	9806	X-RAY DIFFRACTION	94
1.18-1.22	0.1979	140	0.2036	10007	X-RAY DIFFRACTION	96
1.22-1.27	0.2165	140	0.1988	10018	X-RAY DIFFRACTION	96
1.27-1.33	0.1941	141	0.1855	10099	X-RAY DIFFRACTION	96
1.33-1.4	0.1831	143	0.167	10206	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4-1.48	0.1585	144	0.152	10285	X-RAY DIFFRACTION	98
1.48-1.6	0.1583	143	0.1415	10205	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6-1.76	0.1511	145	0.1345	10385	X-RAY DIFFRACTION	99
1.76-2.02	0.1515	145	0.1298	10369	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.54	0.1461	144	0.1323	10267	X-RAY DIFFRACTION	98
2.54-29.4	0.1618	146	0.152	10478	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2271	0.1772	-0.0178	0.6597	-0.0182	0.6366	-0.0273	-0.0089	0.0262	0.0385	-0.0024	0.0216	0.0189	-0.0309	0.035	0.0914	-0.0008	-0.0111	0.1042	-0.0003	0.0945	31.4406	-8.8763	60.3199
2	0.836	-0.1303	0.1771	1.2955	0.4153	1.1092	-0.0248	-0.0944	0.0554	0.0583	-0.0474	0.1122	-0.0074	-0.1471	0.0722	0.0984	0.0029	-0.0054	0.1298	-0.0078	0.0907	28.3018	-5.8337	71.6245
3	0.7289	-0.0458	0.4574	0.4983	0.0363	1.6039	-0.0445	-0.0539	0.0982	0.0346	-0.0115	-0.0118	-0.1306	0.0292	0.0527	0.1151	0.0018	-0.0209	0.1149	-0.0099	0.1035	37.5292	2.5981	68.9207
4	0.6602	-0.1632	-1.1525	0.842	0.4219	2.2967	-0.0304	-0.1694	0.0919	0.0477	0.0283	-0.1306	-0.0338	0.279	-0.0013	0.0894	-0.0001	-0.0236	0.1245	0.0081	0.1464	46.4396	-4.8588	60.0081
5	0.1683	0.1925	-0.116	1.3042	-0.7347	2.2597	-0.0053	0.0457	-0.0206	-0.107	-0.0202	-0.0663	0.0914	0.0593	0.0348	0.0963	0.0076	-0.0074	0.0942	0.0023	0.1077	40.7947	-7.9929	46.8832
6	0.8318	-0.1766	0.3901	0.488	-0.2606	0.526	-0.0201	0.0143	0.068	-0.0032	-0.0298	-0.0844	-0.0405	0.0113	0.0589	0.1014	-0.0009	-0.0078	0.091	0.0026	0.1047	34.2391	10.8125	45.4499
7	4.6728	0.6684	0.2386	1.8995	-0.7664	0.5949	-0.0146	-0.0047	0.1862	0.0617	-0.0096	0.1357	0.0066	-0.1011	0.0277	0.0966	-0.005	-0.0102	0.0985	-0.004	0.0782	15.9333	8.1613	39.5734
8	1.7286	-0.3945	0.3228	0.5511	-0.1853	0.3732	-0.0086	-0.037	0.0021	0.0185	-0.02	-0.0712	-0.0195	-0.0041	0.0293	0.0841	-0.0021	-0.0067	0.0841	0.0025	0.079	31.366	3.9944	45.6896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 143 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 144 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 183 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 184 through 238 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 239 through 261 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 262 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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