PDB-7ifc: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ifc

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS102550 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ifc.cif.gz	184.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ifc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ifc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ifc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ifc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ifc_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	7ifc_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7ifc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7ifc	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.300, 72.660, 52.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CFZ / (4aS,8aR)-octahydroquinoxalin-2(1H)-one 分子量: 154.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.13→39.47 Å / Num. obs: 114634 / % possible obs: 95.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 6.69 / Num. measured all: 373134

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.13-1.2	83.7	1.4	50457	16230	0.389	1.695	0.98
1.2-1.28	98.1	1.19	57115	17889	0.46	1.436	1.29
1.28-1.38	97.8	0.872	54175	16613	0.616	1.045	1.93
1.38-1.52	98.5	0.59	51770	15361	0.761	0.705	3.26
1.52-1.69	97.4	0.36	45399	13789	0.88	0.43	5.51
1.69-1.96	98.8	0.175	42432	12349	0.969	0.208	9.82
1.96-2.39	95.6	0.087	31874	10105	0.988	0.106	15.29
2.39-3.38	96.2	0.05	25898	7897	0.994	0.061	21.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.14→39.47 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1936	2095	1.83 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.1755	114326	96.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→39.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	26	277	2672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.896	3503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.862	867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.16	0.3292	123	0.3097	6623	X-RAY DIFFRACTION	86
1.16-1.19	0.3022	143	0.2886	7616	X-RAY DIFFRACTION	99
1.19-1.22	0.2962	141	0.2771	7562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.22-1.26	0.2813	141	0.2685	7553	X-RAY DIFFRACTION	98
1.26-1.3	0.2802	138	0.2646	7384	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3-1.35	0.2713	140	0.2426	7540	X-RAY DIFFRACTION	99
1.35-1.4	0.2536	143	0.2285	7667	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4-1.47	0.2202	143	0.2054	7628	X-RAY DIFFRACTION	99
1.47-1.54	0.2257	140	0.1818	7539	X-RAY DIFFRACTION	98
1.54-1.64	0.1832	139	0.1661	7429	X-RAY DIFFRACTION	97
1.64-1.77	0.1829	143	0.1497	7664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.94	0.1883	142	0.1393	7607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-2.22	0.1368	138	0.1361	7395	X-RAY DIFFRACTION	96
2.23-2.8	0.161	140	0.1492	7503	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8-39.47	0.1746	141	0.1601	7521	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2672	-0.0456	0.0058	0.4394	0.0461	1.0311	-0.0244	-0.0542	0.0223	0.0404	-0.0027	-0.0011	0.0002	-0.0207	0.027	0.0905	0.0007	-0.0295	0.1085	-0.0007	0.1158	33.5968	-5.6205	64.1672
2	1.4048	-0.0587	0.5918	0.7088	-0.1525	0.9503	-0.0491	0.0094	0.0977	-0.0159	-0.0238	-0.0377	-0.0449	-0.0297	0.081	0.0921	0.0022	-0.0104	0.0818	-0.0017	0.1002	29.2753	10.2382	43.9092
3	1.3938	-0.5016	0.2834	0.633	-0.2423	0.5014	-0.01	-0.0041	-0.0064	0.0183	-0.024	-0.0777	-0.0298	0.0016	0.0347	0.0755	-0.0008	-0.0158	0.0818	0.0017	0.0918	31.4408	4.1552	45.6782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 184 through 261 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 262 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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