PDB-7ib0: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ib0

タイトル

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS102853 from ECBL-96

要素

NS2B co-factor
NS3 protease

キーワード

VIRAL PROTEIN / crystallographic fragment screening / NS2B-NS3 Zika protease / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ib0.cif.gz	227 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ib0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ib0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ib0_validation.pdf.gz	662.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ib0_full_validation.pdf.gz	664 KB	表示
XML形式データ	7ib0_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	7ib0_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/7ib0	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002347 (18エントリ) 7iaq 7iar 7ias 7iat 7iau 7iav 7iaw 7iax 7iay 7iaz
タイトル	Zika NS2B-NS3 protease vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragments from the ECBL-96 Library.

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS2B co-factor

B: NS3 protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NS2B co-factor

D: NS3 protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.550, 60.550, 214.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	NS2B co-factor 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#2: タンパク質	NS3 protease 分子量: 18877.396 Da / 分子数: 2 / Mutation: C143S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物	ChemComp-A1CDU / (2S)-2-hydroxy-3-phenylpropanamide 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→41.99 Å / Num. obs: 53987 / % possible obs: 99.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 13.39 / Num. measured all: 573706

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.6-1.7	100	1.077	87913	8546	0.693	1.134	1.65
1.7-1.81	100	0.634	85494	8070	0.867	0.666	2.95
1.81-1.96	99.9	0.436	75912	7547	0.942	0.459	4.82
1.96-2.14	100	0.246	81081	6954	0.983	0.258	8.98
2.14-2.4	99.7	0.173	71446	6314	0.991	0.181	14.08
2.4-2.77	99.9	0.122	59158	5639	0.995	0.129	18.67
2.77-3.39	100	0.076	51978	4822	0.998	0.08	30.3
3.39-4.77	100	0.054	38358	3813	0.999	0.057	39.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→41.99 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	2099	3.89 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.1869	53979	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2918	0	12	182	3112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	4076
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.677	427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	530

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3245	138	0.2689	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.2684	137	0.2503	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.2841	138	0.2448	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.77	0.2992	137	0.2269	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.83	0.2443	138	0.2077	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.9	0.2401	138	0.1961	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.2545	136	0.2242	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.2195	139	0.1922	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.17	0.2398	139	0.1994	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.31	0.2022	139	0.1868	3431	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.48	0.203	139	0.1733	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.73	0.2023	142	0.1897	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-3.13	0.2189	142	0.1825	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.94	0.1823	144	0.1647	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-41.99	0.1732	153	0.1676	3785	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8993	1.0257	0.4443	1.6656	-0.6583	2.1747	0.1931	-0.4775	0.1851	0.3118	-0.1703	-0.2998	-0.126	1.2861	-0.14	0.228	-0.1288	-0.0064	0.4422	0.0578	0.2844	28.3308	-36.0294	40.1655
2	1.7549	1.2956	-0.5671	0.9989	-0.4946	0.2556	-0.0271	0.2499	-0.2738	0.0473	0.2149	0.5554	0.1041	-0.2531	-0.1761	0.2015	0.0009	-0.0042	0.2708	0.0564	0.3494	-1.2541	-49.7945	36.6338
3	3.6426	0.3323	0.691	3.3702	0.1462	4.0971	0.1311	-0.0111	0.4515	0.2345	-0.1052	0.4692	-0.453	-0.5085	0.0779	0.189	0.0389	0.067	0.2106	0.0184	0.2321	4.1195	-39.1908	41.15
4	2.8902	0.5126	-0.9169	8.25	0.3642	5.37	0.1692	0.3748	0.8094	-0.1652	0.002	1.1793	-0.1314	-1.3317	-0.1769	0.2205	0.0746	0.1025	0.5162	0.046	0.4105	-2.054	-40.25	45.8517
5	1.629	0.3846	-0.1883	0.95	-1.0708	3.2385	0.0044	-0.0145	-0.102	0.0547	-0.035	-0.0337	0.1227	0.0444	0.0177	0.1199	-0.0181	0.0107	0.1475	0.0143	0.1876	11.8356	-46.1699	39.622
6	4.2785	2.6523	-0.2529	4.1349	1.5579	4.0066	0.0457	0.1736	-0.0958	-0.0967	-0.0083	-0.2797	0.2147	0.4629	-0.0275	0.1238	0.0214	0.0238	0.2387	0.0566	0.1652	23.0975	-43.238	29.9587
7	1.7917	0.5025	-1.0338	3.5452	0.0312	2.9243	0.0172	0.0021	-0.0743	0.0495	-0.0892	0.0286	0.0391	0.2247	0.0257	0.1077	0.0003	-0.0038	0.1792	0.0437	0.1463	18.5312	-42.7652	34.4837
8	3.7857	0.9597	-0.6124	3.7475	0.3887	2.9876	0.3112	-0.3199	-0.2385	0.2917	-0.6462	-0.2061	-0.0563	0.7321	0.1319	0.1285	-0.0181	0.004	0.1997	0.0442	0.1271	20.9208	-40.961	37.5166
9	5.4978	-0.5171	-0.2802	1.9701	0.6577	1.5035	-0.0641	-0.7794	0.1969	0.1963	0.1119	0.0689	-0.0504	-0.1298	-0.1008	0.176	-0.0168	0.0225	0.2457	0.0638	0.1623	16.9162	-17.8222	24.986
10	6.1961	0.181	2.3287	4.8691	0.733	6.7928	0.3857	0.1189	-0.5859	-0.1681	-0.0671	-0.4603	0.2939	0.4362	-0.3095	0.2444	0.0743	-0.0196	0.2367	0.0053	0.235	32.9396	-25.6094	8.6088
11	3.5629	-0.1806	-1.1585	3.8558	-0.6952	4.2285	0.061	0.0164	-0.1662	-0.0114	0.0477	0.2539	-0.0027	-0.3443	-0.0642	0.1019	-0.0018	-0.0239	0.1666	0.0134	0.1411	8.7734	-20.3325	15.2344
12	5.0253	1.7991	-2.4399	2.3943	-1.0862	4.7847	0.0755	0.133	-0.1796	0.01	-0.0501	0.2314	0.2096	-0.8484	0.0268	0.1969	-0.0246	-0.049	0.3446	0.0238	0.219	5.2734	-19.7589	6.6957
13	4.1264	-0.1305	1.5107	1.4076	0.5622	2.7236	0.0259	-0.0216	0.2824	-0.0766	-0.0459	-0.0742	-0.1635	0.0417	0.0335	0.1504	-0.0077	0.0216	0.1507	0.0473	0.1631	20.0362	-12.9499	12.1459
14	6.6212	2.9085	0.2467	6.9444	0.2416	1.4837	0.2208	-0.9019	-0.2336	0.3924	-0.1899	0.3361	0.1309	0.0618	-0.0314	0.2078	0.0232	0.0058	0.3095	0.0358	0.1618	14.5987	-20.5513	27.2241
15	5.9997	-1.1485	0.1195	3.8716	1.8088	4.9495	0.2411	-0.4471	0.4226	0.0921	0.0897	-0.3338	-0.3983	0.2052	-0.1365	0.1382	-0.0061	-0.0518	0.1573	0.0402	0.1435	28.317	-17.2958	22.8486
16	4.3473	0.2007	1.3484	2.7845	-0.2955	0.373	0.0447	0.0327	-0.0981	0.0367	-0.118	-0.1512	-0.1497	0.1249	0.1399	0.1527	-0.0349	-0.0216	0.19	0.0428	0.1577	25.2452	-21.5835	18.0042
17	9.0264	2.3764	2.5319	3.8684	3.721	3.8662	0.368	-0.5002	0.9148	0.3897	-0.3859	-0.3663	-0.5526	-0.2125	-0.013	0.2595	-0.0273	0.033	0.243	-0.0161	0.2848	20.266	-8.7443	22.6347
18	5.4774	-0.6618	-0.2653	4.6218	1.5316	3.7432	0.1327	0.0063	0.0399	0.0142	0.03	-0.2	0.0649	0.1688	-0.0305	0.125	-0.0289	-0.0228	0.1504	0.0241	0.1281	24.397	-19.8448	15.7934
19	5.547	0.4404	0.146	3.562	-1.3087	1.591	-0.1601	0.6507	-0.0629	-0.2076	0.0691	0.4141	0.191	-0.4072	-0.1148	0.1153	0.002	-0.0768	0.2756	0.0907	0.1862	6.4393	-44.285	29.4111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 69 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 14 through 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 27 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 54 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 63 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 119 through 155 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 156 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 49 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 74 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 54 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 94 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 95 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 118 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 119 through 137 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 138 through 145 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 146 through 170 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 49 through 68 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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