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- PDB-7c2v: Crystal Structure of IRAK4 kinase in complex with the inhibitor C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2v
タイトルCrystal Structure of IRAK4 kinase in complex with the inhibitor CA-4948
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / IRAK4 / Inhibitor / CA-4948 / Kinase / CELL CYCLE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / kinase activity / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJ0 / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Krishnamurthy, N.R. / Robert, B.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of CA-4948, an Orally Bioavailable IRAK4 Inhibitor for Treatment of Hematologic Malignancies.
著者: Gummadi, V.R. / Boruah, A. / Ainan, B.R. / Vare, B.R. / Manda, S. / Gondle, H.P. / Kumar, S.N. / Mukherjee, S. / Gore, S.T. / Krishnamurthy, N.R. / Marappan, S. / Nayak, S.S. / Nellore, K. / ...著者: Gummadi, V.R. / Boruah, A. / Ainan, B.R. / Vare, B.R. / Manda, S. / Gondle, H.P. / Kumar, S.N. / Mukherjee, S. / Gore, S.T. / Krishnamurthy, N.R. / Marappan, S. / Nayak, S.S. / Nellore, K. / Balasubramanian, W.R. / Bhumireddy, A. / Giri, S. / Gopinath, S. / Samiulla, D.S. / Daginakatte, G. / Basavaraju, A. / Chelur, S. / Eswarappa, R. / Belliappa, C. / Subramanya, H.S. / Booher, R.N. / Ramachandra, M. / Samajdar, S.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,3948
ポリマ－135,4284
非ポリマー1,9664
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area49650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.759, 138.589, 87.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRAA163 - 4593 - 299
221THRTHRBB163 - 4593 - 299
132ARGARGAA164 - 4594 - 299
242ARGARGCC164 - 4594 - 299
153ARGARGAA164 - 4594 - 299
263ARGARGDD164 - 4594 - 299
174ARGARGBB164 - 4594 - 299
284ARGARGCC164 - 4594 - 299
195ARGARGBB164 - 4594 - 299
2105ARGARGDD164 - 4594 - 299
1116ARGARGCC164 - 4594 - 299
2126ARGARGDD164 - 4594 - 299

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 33857.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-FJ0 / 2-(2-methylpyridin-4-yl)-N-[2-morpholin-4-yl-5-[(3R)-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]-[1,3]oxazolo[4,5-b]pyridin-6-yl]-1,3-oxazole-4-carboxamide


分子量: 491.499 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.4, 2.3 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→30 Å / Num. obs: 51404 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.8 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 7467 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OIB

2oib


解像度: 2.44→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.71 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 2535 4.9 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1983 48865 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 206.83 Å2 / Biso mean: 64.799 Å2 / Biso min: 25.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å2-0 Å21.59 Å2
2---3.9 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8976 0 144 402 9522
Biso mean--54.29 55.2 -
残基数----1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.99412580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03319912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7151135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95725.316427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.987151664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6491540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021749
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A176680.07
12B176680.07
21A177920.07
22C177920.07
31A181280.08
32D181280.08
41B173020.08
42C173020.08
51B176560.07
52D176560.07
61C177940.08
62D177940.08
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 189 -
Rwork0.304 3575 -
all-3764 -
obs--98.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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