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万見
- PDB-7apl: tRNA-guanine transglycosylase G87C mutant spin-labeled with MTSL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7apl
タイトルtRNA-guanine transglycosylase G87C mutant spin-labeled with MTSL
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / enzyme / spin label
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Nguyen, D. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)324043133 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Unraveling a Ligand-Induced Twist of a Homodimeric Enzyme by Pulsed Electron-Electron Double Resonance.
著者: Nguyen, D. / Abdullin, D. / Heubach, C.A. / Pfaffeneder, T. / Nguyen, A. / Heine, A. / Reuter, K. / Diederich, F. / Schiemann, O. / Klebe, G.
履歴
登録2020年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5184
ポリマ－43,2681
非ポリマー2503
水3,063170
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0358
ポリマ－86,5362
非ポリマー4996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.542, 90.947, 167.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 43268.070 Da / 分子数: 1 / 変異: G87R1/C158S/C281S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % / 解説: rhombohedral
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 7% PEG 8000, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→44.59 Å / Num. obs: 35628 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 33.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 5311 / CC1/2: 0.887 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.9-preモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P0D

1p0d


解像度: 1.99→44.59 Å / SU ML: 0.1919 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.3451
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 1682 5 %
Rwork0.1717 31942 -
obs0.1736 33624 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→44.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 0 13 170 3015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79644053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.62341802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.050.26561360.20422586X-RAY DIFFRACTION97.14
2.05-2.110.24491380.19222616X-RAY DIFFRACTION97.97
2.11-2.190.26111410.19182672X-RAY DIFFRACTION98.67
2.19-2.280.21271390.18132643X-RAY DIFFRACTION98.37
2.28-2.380.23791390.16962650X-RAY DIFFRACTION99.04
2.38-2.510.24351410.17182666X-RAY DIFFRACTION98.77
2.51-2.660.20761410.18222680X-RAY DIFFRACTION98.57
2.66-2.870.23661320.17762525X-RAY DIFFRACTION93.82
2.87-3.160.1941440.17422721X-RAY DIFFRACTION99.31
3.16-3.610.20451420.1712701X-RAY DIFFRACTION99.2
3.61-4.550.17621440.15292746X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1624478775810.0490057880602-0.1097614209050.205671309461-0.1342143330430.2393762953750.140153600778-0.195536026014-0.02254234244080.121648923862-0.0886646945353-6.34935037247E-50.01637411760570.02564677956046.97363038282E-50.256697241447-0.07134970077880.03191731893080.279816181064-0.01316458091540.25855435499423.194965352313.485447469616.9989640838
20.168320423965-0.1293858018170.06856670038530.2645305477310.02732435552030.4004234107590.30402118967-0.374164777770.08435043271780.419614652196-0.2990285214680.223421589460.19088693214-0.1627082087230.1458053510730.422742155846-0.1662104523760.1453209380850.463797504468-0.05121176078260.377783976186.970832910342.5726871108424.0898341813
30.0586195632920.1634554401680.1104418444410.5006125156810.4082741028640.3492587291150.271741384307-0.2564489737580.1764721380490.536781361262-0.1668750375170.2229473401580.145352473894-0.4453593335040.1616126994310.518406085763-0.09906559209320.2779099512250.674210056197-0.060074391680.3693855493996.0344160788315.874537968132.0839204712
40.447902864480.293902368139-0.3188543370830.352254144955-0.1166410678660.3112427622240.200214227876-0.3047831099040.3452727139220.3555955542940.015379516650.32116131916-0.180027269479-0.2979674150590.001977212583350.435573128601-0.05911519647140.1493859275440.424759657113-0.08150881341770.40132336306112.793464355723.546967126824.8789469858
50.0438253267418-0.0405147653185-0.03357468433810.0571691588670.06009471079510.05952359080430.0970131991105-0.0224181382530.221937898624-0.0618441689733-0.116455743930.278424284863-0.334029818396-0.116761801099-6.97404875069E-50.2913326006870.02528788499370.01231069826540.287100754883-0.01874702840530.36664317382310.76500727317.15561723423.27150116658
60.221226276227-0.0919437287712-0.1714486961910.2175644744060.07126653028020.1365059840320.0673983783360.07473373785710.170518230885-0.167916527644-0.0765107455780.0528353892143-0.1913179679960.03261265810361.27196875175E-50.300852896140.01848995879230.02279747439550.255351456730.03559680729820.32584429604317.362463127914.08141263-3.82077468061
70.006415013908630.003577938975760.01892859553710.006277682512680.01036686282460.04236017524910.0377529401474-0.03729675470690.368267250709-0.2354402792710.023745074035-0.0120333047863-0.313735948781-0.0316928659543-0.0002298817034590.447553513646-0.00321224276830.03909691485370.2513020091120.02679599821420.45403213256419.883192650631.72839038683.75415952333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 70 )A10 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 147 )A71 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 188 )A148 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 189 through 274 )A189 - 274
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 275 through 304 )A275 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 305 through 366 )A305 - 366
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 367 through 384 )A367 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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