PDB-7a76: Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) from Bacillus cereus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a76

タイトル

Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) from Bacillus cereus

要素

THIOREDOXIN REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / disulfide reductase / FAD / flavoprotein / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hammerstad, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.-P.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The Crystal Structures of Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) Provide Structural and Functional Insight into a New Type of FAD-Containing NADPH-Dependent Oxidoreductase.
著者: Hammerstad, M. / Gudim, I. / Hersleth, H.P.

履歴

登録	2020年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a76.cif.gz	670 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a76.ent.gz	464.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a76_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a76_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7a76_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	7a76_validation.cif.gz	81.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/7a76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/7a76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a7bC 7aprC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a7b-2 7apr-2 7apr-1 7a7b-1 5l6s-4 4d2w-d 4rh3-3 2q5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOREDOXIN REDUCTASE

B: THIOREDOXIN REDUCTASE

C: THIOREDOXIN REDUCTASE

D: THIOREDOXIN REDUCTASE

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, DLS, Native PAGE

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.731, 114.900, 146.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	THIOREDOXIN REDUCTASE 分子量: 36525.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_1495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q81FS4, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, pH = 7.0, 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→73.4 Å / Num. obs: 175671 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.09 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 8583 / CC_1/2: 0.728 / R_rim(I) all: 0.915 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
REFMAC	5.8.0253	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3.5 A SELENO-SAD BCYPDA MODEL

解像度: 1.65→45.23 Å / SU ML: 0.1819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.9649
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	8787	5.01 %
R_work	0.1898	166770	-
obs	0.1912	175557	97.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10276	0	216	857	11349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	11161
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8171	15213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0584	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1985
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7002	4075

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.314	305	0.2707	5464	X-RAY DIFFRACTION	97.63
1.67-1.69	0.2915	292	0.2578	5465	X-RAY DIFFRACTION	97
1.69-1.71	0.2941	304	0.2542	5486	X-RAY DIFFRACTION	97.38
1.71-1.73	0.2654	297	0.2421	5493	X-RAY DIFFRACTION	97.67
1.73-1.75	0.2628	291	0.2337	5483	X-RAY DIFFRACTION	97.53
1.75-1.78	0.2619	288	0.2308	5565	X-RAY DIFFRACTION	97.75
1.78-1.8	0.2576	271	0.229	5305	X-RAY DIFFRACTION	93.84
1.8-1.83	0.2641	236	0.2206	5272	X-RAY DIFFRACTION	92.63
1.83-1.86	0.2689	312	0.2243	5535	X-RAY DIFFRACTION	97.73
1.86-1.89	0.2542	285	0.2156	5529	X-RAY DIFFRACTION	97.65
1.89-1.92	0.2458	300	0.2131	5537	X-RAY DIFFRACTION	98.18
1.92-1.96	0.2561	296	0.2136	5540	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.96-1.99	0.2542	294	0.2082	5518	X-RAY DIFFRACTION	97.37
1.99-2.03	0.246	278	0.2027	5590	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.03-2.08	0.2565	280	0.209	5556	X-RAY DIFFRACTION	98.07
2.08-2.13	0.2284	277	0.2025	5665	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.13-2.18	0.2117	276	0.1934	5595	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.18-2.24	0.2244	279	0.1999	5649	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.24-2.31	0.2306	288	0.1984	5212	X-RAY DIFFRACTION	91.82
2.31-2.38	0.2387	308	0.1973	5475	X-RAY DIFFRACTION	96.79
2.38-2.46	0.2123	289	0.1909	5639	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.46-2.56	0.2501	323	0.1989	5640	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.56-2.68	0.2298	312	0.1991	5697	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.68-2.82	0.2324	295	0.1969	5661	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.82-3	0.2334	312	0.1979	5680	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3-3.23	0.2355	314	0.1985	5695	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.23-3.55	0.2108	272	0.1871	5359	X-RAY DIFFRACTION	92.71
3.55-4.07	0.2037	300	0.1683	5783	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.07-5.12	0.1659	314	0.1535	5817	X-RAY DIFFRACTION	99.71
5.12-45.23	0.1862	299	0.1775	5865	X-RAY DIFFRACTION	96.18

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.334058853425	-0.37014853612	0.425041230256	1.19310189584	-0.726402938393	1.89112355005	-0.0918227875062	-0.142732216701	0.0442784332427	0.388865662575	0.0979038663142	0.177255723299	-0.201244032445	-0.30517040162	0.00289292275025	0.226296449155	0.0137418987282	0.0696843993358	0.218576570185	-0.01497802424	0.20822680401	42.6671662178	26.441501191	-16.8949953039
2	0.536308431237	-0.154968717995	0.268935915485	1.86484274864	-1.01039136132	2.14254973634	0.0378660862765	0.125075003197	-0.163187668738	-0.256654296356	-0.0808935109	-0.00881986549827	0.393911572021	0.0829879992496	0.0416777053989	0.192645562254	0.00853456098825	0.0335962884095	0.193583575781	-0.0307012206794	0.222445524795	55.5955243425	6.70969047455	-42.0391012506
3	1.34471965691	0.0410493153804	-0.719529265494	1.97358040571	1.40724899616	2.90574364184	0.151251595008	0.182826779517	0.300782397916	-0.482448794552	-0.0139087428131	-0.212385041372	-0.743032261213	-0.23579118735	-0.0930590525844	0.311703506932	0.0432649098102	0.0717484684895	0.184874036461	0.0537777828168	0.25115967844	74.729228231	49.3436828623	-39.8232860078
4	1.26759107564	0.644216241482	-0.860401045155	2.00430803332	0.108805245208	2.11972919534	0.0369002554354	-0.423213365754	-0.492894455933	0.564338631184	-0.140633407605	-0.956040318543	0.30315722461	0.485994430953	0.0018239537423	0.20170667734	0.0530499520278	-0.182673120205	0.332113989129	0.119681370496	0.595101292856	89.1197300808	25.4407552217	-20.0075713559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:326)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:326)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 1:325)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 2:325)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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