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万見
- PDB-6zov: ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zov
タイトルENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6
要素Enteropeptidase
キーワードHYDROLASE / PEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


enteropeptidase / brush border / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, enteropeptidase / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / MAM domain signature. / SEA domain superfamily / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / SRCR domain profile. ...Peptidase S1A, enteropeptidase / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / MAM domain signature. / SEA domain superfamily / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-carbamimidamidobenzoic acid / TRIETHYLENE GLYCOL / Enteropeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Cummings, M.D.
引用ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2020
タイトル: Targeting Enteropeptidase with Reversible Covalent Inhibitors To Achieve Metabolic Benefits.
著者: Sun, W. / Zhang, X. / Cummings, M.D. / Albarazanji, K. / Wu, J. / Wang, M. / Alexander, R. / Zhu, B. / Zhang, Y. / Leonard, J. / Lanter, J. / Lenhard, J.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02024年7月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enteropeptidase
B: Enteropeptidase
C: Enteropeptidase
D: Enteropeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,85016
ポリマ－105,5194
非ポリマー1,33112
水8,125451
1
A: Enteropeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7093
ポリマ－26,3801
非ポリマー3292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Enteropeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8076
ポリマ－26,3801
非ポリマー4275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Enteropeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5592
ポリマ－26,3801
非ポリマー1791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Enteropeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7755
ポリマ－26,3801
非ポリマー3954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.925, 147.517, 147.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA1 - 2331 - 233
21PHEPHEBB1 - 2331 - 233
12LEULEUAA1 - 2341 - 234
22LEULEUCC1 - 2341 - 234
13PHEPHEAA1 - 2331 - 233
23PHEPHEDD1 - 2331 - 233
14PHEPHEBB1 - 2331 - 233
24PHEPHECC1 - 2331 - 233
15HISHISBB1 - 2351 - 235
25HISHISDD1 - 2351 - 235
16PHEPHECC1 - 2331 - 233
26PHEPHEDD1 - 2331 - 233

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Enteropeptidase / Enterokinase / Serine protease 7 / Transmembrane protease serine 15


分子量: 26379.672 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS15, ENTK, PRSS7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98073, enteropeptidase

-
非ポリマー , 5種, 463分子

#2: 化合物
ChemComp-GBS / 4-carbamimidamidobenzoic acid / Nafamostat, bound form / 4-グアニジノ安息香酸


分子量: 179.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 抗がん剤, 抗凝固剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→104.31 Å / Num. obs: 59929 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.148 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 9.59
反射 シェル解像度: 2.19→2.44 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique obs: 16358 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.571 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.19→104.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.861 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.2733 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1502 2.5 %RANDOM
Rwork0.2262 ---
obs0.2268 58427 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.08 Å2 / Biso mean: 34.429 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--1.43 Å2-0 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→104.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7386 0 88 453 7927
Biso mean--41.35 31.99 -
残基数----938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.9510515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.253316013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7485958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.63724.372366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.922151171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3481546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021837
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145420.07
12B145420.07
21A148540.06
22C148540.06
31A147180.06
32D147180.06
41B146360.07
42C146360.07
51B148140.07
52D148140.07
61C147140.07
62D147140.07
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 113 -
Rwork0.297 4246 -
all-4359 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0182-0.1173-1.09251.89280.49461.7438-0.0320.00040.0075-0.0338-0.038-0.05090.16250.01860.07010.17740.0053-0.01190.00160.00950.26258.59796.653108.102
21.09950.62590.24333.3049-0.1362.49850.0039-0.0132-0.0988-0.0443-0.01260.07410.0937-0.03890.00870.16450.01180.03450.0292-0.01170.190435.25364.447119.376
33.1953-0.661.19892.62-0.59483.00650.04710.2350.0029-0.1205-0.1626-0.1977-0.02130.17860.11540.18370.0320.04350.04880.03020.292957.90750.52290.91
41.2157-0.458-0.13873.6119-0.25962.3548-0.0019-0.00230.13250.0343-0.02510.1184-0.1906-0.0170.02690.16930.019-0.01670.058-0.01470.19633.48682.79381.851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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