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- PDB-6z3j: Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Diffe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3j
タイトルRepulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 1)
要素
  • Growth/differentiation factor 5
  • RGM domain family member B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Repulsive Guidance Molecule / RGM / Bone Morphogenetic Protein / BMP / Growth Differentiation Factor 5 / GDF5 / Neogenin / axon guidance / TGFbeta signalling / brain development / iron metabolism.
機能・相同性
機能・相同性情報


ossification involved in bone remodeling / forelimb morphogenesis / chondroblast differentiation / BMP binding / hindlimb morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / Netrin-1 signaling / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of BMP signaling pathway ...ossification involved in bone remodeling / forelimb morphogenesis / chondroblast differentiation / BMP binding / hindlimb morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / Netrin-1 signaling / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / chondrocyte differentiation / response to mechanical stimulus / BMP signaling pathway / side of membrane / coreceptor activity / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / cell adhesion / membrane raft / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 5 / Repulsive guidance molecule B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Malinauskas, T. / Peer, T.V. / Bishop, B. / Muller, T.D. / Siebold, C.
資金援助 英国, ドイツ, 7件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
German Research Foundation (DFG)MU1095/3-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MU1095/5-1 ドイツ
Wellcome Trust203852/Z/16/2 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000021/2014-L 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Repulsive guidance molecules lock growth differentiation factor 5 in an inhibitory complex.
著者: Malinauskas, T. / Peer, T.V. / Bishop, B. / Mueller, T.D. / Siebold, C.
履歴
登録2020年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 5
B: Growth/differentiation factor 5
C: RGM domain family member B
D: RGM domain family member B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,67215
ポリマ－47,7824
非ポリマー89011
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.480, 127.750, 39.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 5 / GDF-5 / Bone morphogenetic protein 14 / BMP-14 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 ...GDF-5 / Bone morphogenetic protein 14 / BMP-14 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 / Lipopolysaccharide-associated protein 4 / LPS-associated protein 4 / Radotermin


分子量: 13358.446 Da / 分子数: 2 / 変異: Y487K, Q489D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF5, BMP14, CDMP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43026
#2: タンパク質 RGM domain family member B / DRG11-responsive axonal guidance and outgrowth of neurite / DRAGON


分子量: 10532.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGMB / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40

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糖 , 1種, 1分子

#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 152分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% v/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.38 Å / Num. obs: 43071 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3117 / CC1/2: 0.212

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc2_2986: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z3H

6z3h


解像度: 1.65→39.38 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 2173 5.07 %
Rwork0.1906 --
obs0.1921 42900 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 0 51 142 2997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8553979
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3461820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.68590.5631240.47992378X-RAY DIFFRACTION95
1.6859-1.72510.40061180.39652585X-RAY DIFFRACTION99
1.7251-1.76830.39181220.3642541X-RAY DIFFRACTION99
1.7683-1.81610.35031270.32442567X-RAY DIFFRACTION99
1.8161-1.86950.39441300.29682495X-RAY DIFFRACTION100
1.8695-1.92990.2751410.25812588X-RAY DIFFRACTION100
1.9299-1.99880.25181540.21952532X-RAY DIFFRACTION100
1.9988-2.07890.25931540.20492536X-RAY DIFFRACTION100
2.0789-2.17350.25741310.18582546X-RAY DIFFRACTION100
2.1735-2.28810.22841300.17972564X-RAY DIFFRACTION100
2.2881-2.43140.22151570.17572547X-RAY DIFFRACTION100
2.4314-2.61910.19341360.1752558X-RAY DIFFRACTION100
2.6191-2.88260.22831250.18022564X-RAY DIFFRACTION100
2.8826-3.29950.20131260.17242597X-RAY DIFFRACTION100
3.2995-4.15630.18211480.16122550X-RAY DIFFRACTION100
4.1563-39.380.17941500.16762579X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.248-2.3508-0.50294.78560.91450.7524-0.0774-0.0437-0.00730.14640.06580.05590.07230.02690.02680.3965-0.0094-0.00250.24180.00750.23935.276713.970521.1592
20.08150.49840.23475.86661.93441.1919-0.03420.02470.0066-0.19420.00080.0245-0.08050.02010.02880.3714-0.01390.01710.25450.01340.25013.656729.791615.6723
36.981-0.24781.41862.8294-1.52216.30030.00790.3176-0.137-0.25080.0330.13940.1924-0.3579-0.05010.52820.0150.04930.2612-0.02770.2613.30445.8899-1.6179
47.10650.4446-0.92163.2736-1.86674.2661-0.0037-0.2496-0.01940.19890.06220.1412-0.1603-0.2641-0.05280.52630.03610.0070.2439-0.02940.2313-7.828535.676836.5128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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