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- PDB-6yfv: Crystal structure of Mtr4-Red1 minimal complex from Chaetomium th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yfv
タイトルCrystal structure of Mtr4-Red1 minimal complex from Chaetomium thermophilum
要素
  • ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
  • Red1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ncRNA degradation / MTREC / nuclear exosome
機能・相同性
機能・相同性情報


exosome (RNase complex) / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
NURS complex subunit red1 / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : ...NURS complex subunit red1 / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein / Zinc-finger domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Dobrev, N. / Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The zinc-finger protein Red1 orchestrates MTREC submodules and binds the Mtl1 helicase arch domain.
著者: Dobrev, N. / Ahmed, Y.L. / Sivadas, A. / Soni, K. / Fischer, T. / Sinning, I.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
B: Red1
C: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
D: Red1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6167
ポリマ－69,2474
非ポリマー3693
水00
1
A: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
B: Red1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6893
ポリマ－34,6232
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
D: Red1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9274
ポリマ－34,6232
非ポリマー3042
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.186, 172.186, 145.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...
21(chain C and (resid 654 through 664 or resid 666 through 865))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPILEILE(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA654 - 6642 - 12
12GLUGLUASPASP(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA666 - 79614 - 144
13GLYGLYASNASN(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA800 - 864148 - 212
14SERSERSERSER(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA865213
15ASPASPSERSER(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA654 - 8652 - 213
16ASPASPSERSER(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA654 - 8652 - 213
17ASPASPSERSER(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA654 - 8652 - 213
18ASPASPSERSER(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA654 - 8652 - 213
19ASPASPSERSER(chain A and (resid 654 through 664 or resid 666...AA654 - 8652 - 213
21ASPASPILEILE(chain C and (resid 654 through 664 or resid 666 through 865))CC654 - 6642 - 12
22GLUGLUSERSER(chain C and (resid 654 through 664 or resid 666 through 865))CC666 - 86514 - 213

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要素

#1: タンパク質 ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein


分子量: 24388.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0001850 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0RZ64
#2: タンパク質 Red1


分子量: 10234.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0014920 / 詳細 (発現宿主): pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0S1V1
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.6 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 30% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.71 Å / Num. obs: 33467 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 39.1 % / Biso Wilson estimate: 86.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 25.61
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / Rmerge(I) obs: 3.048

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→49.706 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 28.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 1705 5.1 %
Rwork0.2152 --
obs0.2174 33460 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 338.21 Å2 / Biso mean: 105.8642 Å2 / Biso min: 43.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4571 0 17 0 4588
Biso mean--137.33 --
残基数----569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3416377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4593313
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1940X-RAY DIFFRACTION16.19TORSIONAL
12C1940X-RAY DIFFRACTION16.19TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7502-2.83110.3721390.343226052744
2.8311-2.92250.34511410.291225922733
2.9225-3.02690.33161390.268425882727
3.0269-3.14810.31991280.276726072735
3.1481-3.29130.31041260.278626212747
3.2913-3.46480.28971370.240526432780
3.4648-3.68180.25471430.22426042747
3.6818-3.9660.27321570.209326162773
3.966-4.36490.23091540.184726382792
4.3649-4.9960.19971390.171826752814
4.996-6.29240.2281440.218127052849
6.2924-49.71390.27421580.210628613019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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