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万見
- PDB-6xi5: Crystal structure of human N-acetylserotonin O-methyltransferase-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xi5
タイトルCrystal structure of human N-acetylserotonin O-methyltransferase-like protein soaked with PDHPTAO
要素Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein
キーワードCELL CYCLE / ASMTL
機能・相同性
機能・相同性情報


dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / protein dimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside triphosphate pyrophosphatase Maf-like protein / Maf-like protein / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Nucleoside triphosphate pyrophosphatase Maf-like protein / Maf-like protein / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Yakunin, A. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human N-acetylserotonin O-methyltransferase-like protein soaked with PDHPTAO
著者: Yakunin, A.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein
B: Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8314
ポリマ－51,6392
非ポリマー1922
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.733, 82.860, 117.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable bifunctional dTTP/UTP pyrophosphatase/methyltransferase protein


分子量: 25819.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASMTL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O95671, nucleotide diphosphatase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes pH 7, 10% (w/v) PEG 5K MME, 5% tacsimate, 2.5 mM MgCl2 and 0.2 mM CoCl2. 10 mM of PDHPTAO was added to the crystallization drop and let to soak for 2.5 hours

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 15701 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 71.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 28.03
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 1.188 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 757 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.568 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P5X

2p5x


解像度: 2.61→29.31 Å / SU ML: 0.3254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.4056
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2928 784 5.01 %RANDOM
Rwork0.2407 14872 --
obs0.2433 15656 98.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 10 24 3254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78944444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.97721222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.770.37211270.3532415X-RAY DIFFRACTION97.96
2.77-2.980.3571300.31872463X-RAY DIFFRACTION99.5
2.98-3.280.32851310.27422489X-RAY DIFFRACTION99.47
3.28-3.760.31251320.24612501X-RAY DIFFRACTION99.21
3.76-4.730.26451320.20982501X-RAY DIFFRACTION98.47
4.73-29.310.27631320.22672503X-RAY DIFFRACTION93.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.32320102077-4.49906826878-5.194774661934.143651385124.437048171725.11564430836-0.738422406211-0.434949917634-1.571437166751.74865010583-0.1659296099350.9064078948471.4365946684-0.2223581122730.8698337616231.038757020840.0410168011863-0.03080355899040.7628548256050.07849689565830.8791372402070.43772484736780.612630351731.2727081919
24.862965703423.97567250659-0.3055109146284.4237407064-3.337317155138.224900372710.5280508881380.5898936741491.092549037060.909061789282-0.584084945849-3.84244315446-0.6597512314341.830254004470.02509594280590.732564783033-0.14012966201-0.1645627608980.882677532096-0.09065107952011.0491500332713.840345281795.361578559219.8213481448
31.606503093320.2297166542260.7330299707956.599407754555.636346039137.750384953740.1598447524720.0986556574815-0.378405236561-0.7380854648570.285483488825-0.653473539138-0.5290009994320.680245562246-0.3683427664740.597375424051-0.1088067884340.07483544592830.652449638564-0.07735928936960.5643571700355.8557454352686.312560031621.0606000901
40.2556859647260.2820404470630.9052407457355.199523297722.145850655524.535128853410.907917023373-0.03181470540471.04646683699-0.348529635756-0.164205857226-2.95971952557-0.259682845742.32105837211-0.6042807147890.671644073452-0.357483745428-0.04352130798581.73140276015-0.3993774692571.2342809840618.5969463262101.84396849336.2883399135
52.9635245647-1.98762105757-0.9109216695316.155543703593.376122739764.941681735510.09885998318850.0471376374031-0.106216652339-0.784589675496-0.6441537846250.635639196644-0.690304782542-0.6447670108330.6837613342880.805428460059-0.0641612355336-0.02121845975530.568730182087-0.00682488530870.5465257672470.90669065062592.092734399523.1488143174
63.80192278232-0.8253766318823.943528544149.115047417860.6700055274074.32065192536-0.329541850475-0.608508213074-1.350377471950.5766597806661.02676443798-1.880497181130.05674581904691.15838922443-0.722932576440.9965488303870.139302268765-0.1674305953331.3768790515-0.001784933737061.279051524115.724845853598.017485964745.8985599304
75.384172475050.6803377618260.323709680543.84848549453.111449818217.493476880010.113066732130.7750447526180.1111561797030.617371555736-0.0955520225851.123578024180.978748734777-0.0271015666576-0.09521399484940.6607196547080.0461637813284-0.05674734243050.685077566539-0.0003597573160790.56495185254-4.9615626749794.134485248832.825342936
87.01677652474-2.255678275130.9733711178866.02559456730.7040055156187.213685391410.51550045321-0.368716714479-0.8284044804420.860576109987-0.242317358342-0.1356891076560.924473564818-0.151206907231-0.2687392595320.82992721099-0.109502158549-0.1390617685410.5337883562560.07373312511590.559875927562-0.98889513864897.59082476867.62651073
98.977114265641.723213043970.5694389557035.060297360011.544271773583.978391457980.304640325469-0.94691577629-0.4456871663650.20285244835-0.2909183579560.5139364087730.966078021207-1.34845597765-0.07242369247490.658708386125-0.02909016638040.004754720899490.602777113472-0.01843629518910.70186463912-12.214413914696.824167881258.050797685
103.88674793497-1.049395930961.569745972454.6024660677-1.242690180665.78584178037-0.03532625444240.0490942923203-0.493706652224-0.06247012751010.009434573795620.0113998911249-0.1424720020390.120826805491-0.04125571713940.712942735340.04303799700380.03327855272040.5663593254970.02304884597370.580466600772-3.533857852798.858508992455.3057092836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 93 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 94 through 117 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 118 through 152 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 153 through 185 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 186 through 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 10 through 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 78 through 117 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 118 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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