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- PDB-6vlo: X-ray Structure of the R141 Sugar 4,6-dehydratase from Acanthamoe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlo
タイトルX-ray Structure of the R141 Sugar 4,6-dehydratase from Acanthamoeba polyphaga Minivirus
要素Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Acanthamoeba polyphaga minivirus / dehydratase / dideoxysugar / UDP-viosamine
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NICKEL (II) ION / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Ferek, J.D. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115921 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Biochemical analysis of a sugar 4,6-dehydratase from Acanthamoeba polyphaga Mimivirus.
著者: Ferek, J.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
B: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
C: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
D: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,06814
ポリマ－148,6884
非ポリマー4,38010
水8,791488
1
A: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
B: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5347
ポリマ－74,3442
非ポリマー2,1905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
C: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
D: Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5347
ポリマ－74,3442
非ポリマー2,1905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.883, 111.083, 133.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase


分子量: 37171.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_R141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UR12, dTDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 402.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13-16% PEG-5000, 2% ethylene glycol, 100 mM HEPES, in the presence of 5 mM dTDP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 87647 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 44.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Num. unique obs: 4281 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R66

1r66


解像度: 2.05→38.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.43 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.173
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 4517 5.2 %RANDOM
Rwork0.1805 ---
obs0.183 83130 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.3 Å2 / Biso mean: 33.577 Å2 / Biso min: 16.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10133 0 245 488 10866
Biso mean--39.67 38.98 -
残基数----1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01310647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.63614470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3371.57722154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10151258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.623.235578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.013151784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0211550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022245
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.101 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 309 -
Rwork0.221 5819 -
obs--94.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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