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- PDB-6unv: Crystal structure of a methanol tolerant lipase/esterase from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6unv
タイトルCrystal structure of a methanol tolerant lipase/esterase from the fungus Rasamsonia emersonii
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / Lipase / esterase / macaw oil hydrolysis / methanol tolerant
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / : / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rasamsonia emersonii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vieira, P.S. / Milan, N. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)19/08855-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)15/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2020
タイトル: A Novel Fungal Lipase With Methanol Tolerance and Preference for Macaw Palm Oil.
著者: Rade, L.L. / da Silva, M.N.P. / Vieira, P.S. / Milan, N. / de Souza, C.M. / de Melo, R.R. / Klein, B.C. / Bonomi, A. / de Castro, H.F. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
履歴
登録2019年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7781
ポリマ－31,7781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.000, 91.000, 116.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Lipase


分子量: 31777.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rasamsonia emersonii (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F4YFS6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mmol/L MgCl2, 20% PEG 8000, 20% PEG 400, 100 mmol/L Tris buffer pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月27日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→35.587 Å / Num. obs: 8208 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.69 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 8.94
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / Num. unique obs: 1276 / CC1/2: 0.36 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_3139精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ch8

5ch8


解像度: 3→35.587 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3287 513 10 %
Rwork0.2791 --
obs0.284 5129 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.52 Å2 / Biso min: 42.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→35.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 0 0 1980
残基数----266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3-3.30120.39141241117
3.3012-3.77840.40071271138
3.7784-4.75860.30361270.27021140
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2048-1.2029-0.46287.6276-3.00496.4821-0.2789-0.15990.08681.04280.47960.7781-0.8081-0.8989-0.19690.51840.03820.01690.45430.18230.8556-5.3175-24.3714-3.9701
22.8252-2.3802-0.4444.4238-1.52983.6182-0.43130.45520.9882-0.20850.67250.961-0.6193-0.324-0.3840.6779-0.0745-0.06350.40980.15160.74710.9884-17.1062-6.9661
32.46281.3127-0.91292.0428-0.56124.09830.0478-0.00830.1446-0.2452-0.0425-0.696-0.22760.79012.25530.4333-0.07220.14630.70880.29091.536913.5002-23.6311-11.1804
41.03351.3126-0.04013.171-1.82962.10070.2250.2806-0.2352-1.1476-0.8094-1.16970.38070.39630.16970.41810.06830.17070.4790.29171.05244.8569-28.3195-12.332
51.73770.62230.12420.269-0.28152.37520.45690.71510.3695-2.1441-1.0226-1.02890.53310.29080.41790.96640.33880.30550.66890.16121.04622.5669-17.2276-21.326
62.3156-0.84880.10615.7745-1.35472.96870.66940.57590.4561-0.92790.03211.29730.37-0.2812-0.15280.7420.1626-0.01020.41370.2510.9934-9.4419-12.892-18.3645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 101 )A31 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 126 )A102 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 165 )A127 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 166 through 196 )A166 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 249 )A197 - 249
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 250 through 301 )A250 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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