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万見
- PDB-6mjh: The S31N mutant of the influenza A M2 proton channel in two disti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mjh
タイトルThe S31N mutant of the influenza A M2 proton channel in two distinct conformational states
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / viral protein / proton channel / S31N
機能・相同性Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / proton transmembrane transporter activity / channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane / Matrix protein 2
機能・相同性情報
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: X-ray Crystal Structure of the Influenza A M2 Proton Channel S31N Mutant in Two Conformational States: An Open and Shut Case.
著者: Thomaston, J.L. / Wu, Y. / Polizzi, N. / Liu, L. / Wang, J. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,44713
ポリマ－22,2518
非ポリマー1965
水1,38777
1
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2467
ポリマ－11,1254
非ポリマー1203
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area6680 Å2
手法PISA
2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2016
ポリマ－11,1254
非ポリマー762
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.290, 36.150, 76.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2


分子量: 2781.365 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/pigeon/Jiangsu/K23/2013(H9N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: A0A0R5TVW3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: LCP: monoolein, M2TM S31N monomer, and 50 mM MNG-3-C8 detergent Precipitant solution: 0.2 M NaCl, 0.05 M calcium acetate pH 5.0, 29% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→37.15 Å / Num. obs: 11019 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.06→2.12 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 780 / CC1/2: 0.666 / Rpim(I) all: 0.476 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LBW, 5JOO

3lbw

5joo


解像度: 2.06→35.236 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 1099 9.99 %
Rwork0.2168 --
obs0.2199 10997 90.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→35.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 5 80 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5732192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.031944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0601-2.15390.31931250.25671121X-RAY DIFFRACTION82
2.1539-2.26740.29731290.21891157X-RAY DIFFRACTION86
2.2674-2.40940.22661370.20791231X-RAY DIFFRACTION90
2.4094-2.59540.26581380.20031245X-RAY DIFFRACTION92
2.5954-2.85650.23981390.20781246X-RAY DIFFRACTION92
2.8565-3.26960.24691430.21251300X-RAY DIFFRACTION94
3.2696-4.11830.2281410.19431260X-RAY DIFFRACTION93
4.1183-35.24090.24581470.24141338X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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