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万見
- PDB-6lrk: Human cGAS catalytic domain bound with compound 40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lrk
タイトルHuman cGAS catalytic domain bound with compound 40
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / cGAS / Inhibitor / Complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / : ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / : / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ER6 / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhao, W.F. / Xiong, M.Y. / Yuan, X.J. / Sun, H.B. / Xu, Y.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81620108027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21632008 中国
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2020
タイトル: In Silico Screening-Based Discovery of Novel Inhibitors of Human Cyclic GMP-AMP Synthase: A Cross-Validation Study of Molecular Docking and Experimental Testing.
著者: Zhao, W. / Xiong, M. / Yuan, X. / Li, M. / Sun, H. / Xu, Y.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2406
ポリマ－85,5192
非ポリマー7214
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.188, 45.916, 84.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42759.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物 ChemComp-ER6 / (3R)-1-pyrrolo[1,2-a]quinoxalin-4-ylpiperidine-3-carboxylic acid


分子量: 295.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18-20% V/V PEG 3350, 0.2M AMMONIUM CITRATE (PH 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 54086 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 321416
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.985.51.19426260.5380.5571.3240.8291.8
1.98-2.025.61.07326000.5970.4921.1860.82692.5
2.02-2.065.81.02925800.6780.4661.1340.84591.6
2.06-2.15.80.83826470.6950.3820.9250.87792.5
2.1-2.155.90.75925670.7990.3360.8330.88192
2.15-2.25.80.66426340.8010.2980.7310.90792.2
2.2-2.255.90.55426170.8740.2450.6080.92592.6
2.25-2.315.70.5126540.8760.2280.5610.95892.8
2.31-2.385.60.44326140.9130.20.4880.9593.4
2.38-2.465.40.36326230.9140.1670.4010.94692.2
2.46-2.5450.30125720.9360.1430.3350.9789.8
2.54-2.6560.28526420.9440.1250.3130.94994
2.65-2.776.20.23527880.9650.1020.2560.99297.2
2.77-2.916.20.1928040.970.0820.2081.02398.2
2.91-3.16.30.15328260.9810.0660.1671.05799.1
3.1-3.336.40.12728420.9810.0540.1381.09199.5
3.33-3.676.50.10228680.9860.0430.1111.09899.6
3.67-4.26.40.08828190.9860.0370.096197.7
4.2-5.295.90.07527790.9870.0330.0820.87695.7
5.29-506.60.08429840.9850.0350.0910.88999.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_282精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LEV

4lev


解像度: 2.25→32.317 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 1729 5.02 %
Rwork0.1864 --
obs0.189 34457 93.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.98 Å2 / Biso mean: 28.5335 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→32.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5621 0 46 154 5821
Biso mean--37.47 31 -
残基数----705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5937785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9913528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.31620.27641130.1981229880
2.3162-2.3910.27631330.2024245285
2.391-2.47640.25231070.2006254787
2.4764-2.57550.2831310.2032255888
2.5755-2.69260.28431380.1997270393
2.6926-2.83450.26091540.2056282197
2.8345-3.0120.25281510.2041284399
3.012-3.24440.2471410.1967291099
3.2444-3.57050.23061690.1851291399
3.5705-4.08630.23121590.1691285998
4.0863-5.14490.18621400.1561282595
5.1449-32.3170.22071930.1867299999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3936 Å / Origin y: -9.3427 Å / Origin z: 22.4401 Å
111213212223313233
T0.1535 Å20.0076 Å2-0.022 Å2-0.1341 Å2-0.0029 Å2--0.1612 Å2
L0.3239 °2-0.0707 °2-0.2263 °2-0.2932 °20.1939 °2--0.3742 °2
S-0.0182 Å °0.0537 Å °-0.0005 Å °-0.0498 Å °-0.0271 Å °0.0928 Å °-0.0073 Å °-0.091 Å °0.0579 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA159 - 520
2X-RAY DIFFRACTION1allB161 - 520
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 154
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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