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万見
- PDB-6l9v: Crystal structure of mouse TIFA (T9D/C36S mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9v
タイトルCrystal structure of mouse TIFA (T9D/C36S mutant)
要素TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
キーワードSIGNALING PROTEIN / FHA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Nakamura, T. / Yamagata, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of TIFA: Insight into TIFA-dependent signal transduction in innate immunity.
著者: Nakamura, T. / Hashikawa, C. / Okabe, K. / Yokote, Y. / Chirifu, M. / Toma-Fukai, S. / Nakamura, N. / Matsuo, M. / Kamikariya, M. / Okamoto, Y. / Gohda, J. / Akiyama, T. / Semba, K. / ...著者: Nakamura, T. / Hashikawa, C. / Okabe, K. / Yokote, Y. / Chirifu, M. / Toma-Fukai, S. / Nakamura, N. / Matsuo, M. / Kamikariya, M. / Okamoto, Y. / Gohda, J. / Akiyama, T. / Semba, K. / Ikemizu, S. / Otsuka, M. / Inoue, J.I. / Yamagata, Y.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of mouse TIFA
著者: Nakamura, T. / Inoue, J. / Yamagata, Y.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
B: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
C: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
D: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5984
ポリマ－90,5984
非ポリマー00
水00
1
A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
B: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2992
ポリマ－45,2992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
2
C: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
D: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2992
ポリマ－45,2992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.570, 114.570, 167.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A / TRAF2-binding protein


分子量: 22649.389 Da / 分子数: 4 / 変異: T9D, C36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tifa, T2bp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q793I8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: Sodium citrate pH 5.3, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→47.57 Å / Num. obs: 14468 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.05→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Num. unique obs: 1064

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L9U

6l9u


解像度: 3.05→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 15.345 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 731 4.9 %RANDOM
Rwork0.2234 ---
obs0.2244 14082 94.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.31 Å2 / Biso mean: 108.688 Å2 / Biso min: 78.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4559 0 0 0 4559
残基数----555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0194651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6281.9636224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.566310281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.625551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.30124.89227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.52315918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.5271520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021119
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 47 -
Rwork0.233 1063 -
all-1110 -
obs--96.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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