PDB-6ky7: Crystal structure of yak lactoperoxidase at 2.27 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ky7

タイトル

Crystal structure of yak lactoperoxidase at 2.27 A resolution

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos mutus (ノヤク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Rani, C. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of yak lactoperoxidase at 2.27 A resolution
著者: Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Rani, C. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2019年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.sequence_details
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ky7.cif.gz	153.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ky7.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ky7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ky7_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ky7_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6ky7_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	6ky7_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bxiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hpw-3 3ogw-d 3gc1-d 6kmk-d 6lrn-2 7c75-d 3sxv-d 6lrn-1 4y55-d 6l9t-d 3r4x-d 7dn7-d 2r5l-d 4msf-d 4ljj-d 3r5o-d 5zgs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

71.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.080, 80.640, 76.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質

Lactoperoxidase

分子量: 67717.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Bos mutus (ノヤク) / 参照: UniProt: L8ICE9, UniProt: P80025*PLUS

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 382分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物	ChemComp-OSM / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE 分子量: 79.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION 分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	Author stated the observed sequence mutations from Phe to ALA/SER at residues 254/161 occurred in ...Author stated the observed sequence mutations from Phe to ALA/SER at residues 254/161 occurred in the substrate diffusion channel.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2M AMMONIUM IODIDE, 20% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 298K PH範囲: 5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月9日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→52.792 Å / Num. obs: 29600 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.994 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.27→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2695 / CC_1/2: 0.806 / R_sym value: 0.663 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BXI

3bxi

解像度: 2.27→52.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.263 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	1020	3.448 %
R_work	0.1955	-	-
all	0.198	-	-
obs	-	29579	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.465 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.586 Å²	0 Å²	3.455 Å²
2-	-	-3.931 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.578 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→52.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4763	0	143	358	5264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.68	6831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.208	1.601	10611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.875	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.897	21.855	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.817	15	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.242	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.139	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	4857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.292	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.286	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.236	5.77	2390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.195	5.772	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.435	8.65	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.436	8.656	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.843	5.979	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.827	5.978	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.806	8.888	3855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.81	8.888	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.53	106.308	24084
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.53	106.306	24085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.329	0.356	70	0.19	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.329-2.393	0.307	73	0.19	2048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.462	0.3	69	0.19	2029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.538	0.287	65	0.19	1920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.621	0.335	76	0.19	1870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.621-2.713	0.287	64	0.19	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.815	0.31	60	0.19	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.93	0.361	56	0.19	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.06	0.327	62	0.19	1607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.209	0.33	63	0.19	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.209-3.382	0.27	52	0.19	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.382-3.587	0.272	37	0.19	1401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.587-3.834	0.194	44	0.182	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.834-4.14	0.22	45	0.168	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.534	0.217	48	0.148	1124	X-RAY DIFFRACTION	100
4.534-5.066	0.249	53	0.144	1000	X-RAY DIFFRACTION	99.9051
5.066-5.846	0.244	31	0.166	910	X-RAY DIFFRACTION	100
5.846-7.148	0.249	27	0.177	767	X-RAY DIFFRACTION	100
7.148-10	0.235	18	0.149	613	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.241	7	0.19	351	X-RAY DIFFRACTION	98.6226

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