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万見
- PDB-6i8w: Crystal structure of a membrane phospholipase A, a novel bacteria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8w
タイトルCrystal structure of a membrane phospholipase A, a novel bacterial virulence factor
要素Alpha/beta fold hydrolase
キーワードHYDROLASE / Lipase / Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Epoxide hydrolase-like / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANOIC ACID / CARBON DIOXIDE / ISOPROPYL ALCOHOL / MYRISTIC ACID / Alpha/beta fold hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural, mechanistic, and physiological insights into phospholipase A-mediated membrane phospholipid degradation in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Bleffert, F. / Granzin, J. / Caliskan, M. / Schott-Verdugo, S.N. / Siebers, M. / Thiele, B. / Rahme, L. / Felgner, S. / Dormann, P. / Gohlke, H. / Batra-Safferling, R. / Jaeger, K.E. / Kovacic, F.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32022年5月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年4月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity_name_com
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_name_com.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta fold hydrolase
B: Alpha/beta fold hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98414
ポリマ－71,5842
非ポリマー1,40012
水4,197233
1
A: Alpha/beta fold hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5057
ポリマ－35,7921
非ポリマー7136
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha/beta fold hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4797
ポリマ－35,7921
非ポリマー6876
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.871, 133.871, 212.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Alpha/beta fold hydrolase / Esterase / Lipase / Lipase 3 / Putative lipase / PlaF


分子量: 35792.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FME:N-Formylmethionine, C-terminal His-Tag / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lip3, AOY09_04297, C8257_11100, DN070_25360, NCTC13719_02038, PAMH19_2121
発現宿主: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9KJG6, triacylglycerol lipase
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#6: 化合物 ChemComp-11A / UNDECANOIC ACID / ウンデカン酸


分子量: 186.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Trisodium citrate, 10% (w/v) PEG 4000, 10% (w/v) Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日
放射モノクロメーター: Silicon (111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.33 Å / Num. obs: 65113 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4527 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.307 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VF2

2vf2


解像度: 2→47.33 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.61
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1857 3298 5.07 %Random selection
Rwork0.163 ---
obs0.1642 65084 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4763 0 96 233 5092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0696892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4041914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02860.26721400.2412551X-RAY DIFFRACTION100
2.0286-2.05890.25711340.22162559X-RAY DIFFRACTION100
2.0589-2.0910.29141420.21422542X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.12530.24111440.20092527X-RAY DIFFRACTION100
2.1253-2.1620.25121320.19672535X-RAY DIFFRACTION100
2.162-2.20130.20741400.18152529X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.24360.22611250.16872542X-RAY DIFFRACTION100
2.2436-2.28940.17831550.1612532X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.33920.20151260.15912567X-RAY DIFFRACTION100
2.3392-2.39360.19571330.16062560X-RAY DIFFRACTION100
2.3936-2.45350.19981470.16362536X-RAY DIFFRACTION100
2.4535-2.51980.19161480.15882547X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.59390.19311320.16432571X-RAY DIFFRACTION100
2.5939-2.67760.18791450.1652554X-RAY DIFFRACTION100
2.6776-2.77330.1971260.17342554X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.88440.21191370.17282578X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-3.01560.21041240.17772578X-RAY DIFFRACTION100
3.0156-3.17460.21451310.18292588X-RAY DIFFRACTION100
3.1746-3.37340.17521460.16872584X-RAY DIFFRACTION100
3.3734-3.63380.15081470.15972589X-RAY DIFFRACTION100
3.6338-3.99930.16951320.14912600X-RAY DIFFRACTION100
3.9993-4.57760.14681290.13272634X-RAY DIFFRACTION100
4.5776-5.76570.18581430.14392652X-RAY DIFFRACTION100
5.7657-47.34380.17841400.17382777X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.34372.1782-0.45651.8875-1.32337.51320.3162-0.62841.83620.20780.1453-0.4678-0.92952.0465-0.47070.9217-0.3696-0.00490.9527-0.11941.2703104.435938.498511.9893
21.6301-0.5828-0.14431.872-1.23411.9623-0.03910.37870.2315-0.1372-0.2545-0.4322-0.17470.32480.26130.3944-0.0108-0.00930.31310.16490.353775.358722.8505-1.1034
32.11591.0394-0.73262.6173-0.58942.8367-0.04470.35630.4554-0.03410.00730.0929-0.2502-0.10820.04070.34160.0114-0.00630.24370.12130.32163.090527.0606-0.9302
43.3722-0.23350.51345.80231.9943.68350.0460.02310.62460.2288-0.14180.87-0.1709-0.43920.04380.28960.00020.0660.23290.08830.44551.314928.99324.9707
53.0668-1.1160.643.29460.08372.0403-0.0167-0.25720.49130.8152-0.0995-0.177-0.77710.23070.09510.862-0.17880.02030.365-0.01640.46966.527635.684519.4903
63.0371-3.81642.33595.829-1.99624.39520.0005-0.35980.99720.1746-0.1722-0.6093-0.71220.35350.19670.6324-0.1167-0.01460.33890.09780.551671.748438.57459.9212
72.30111.506-0.51683.3587-0.51451.29970.19480.08950.69830.5032-0.10220.6973-0.3784-0.234-0.09270.40410.0310.12470.23370.0180.443451.145726.762910.7793
82.4956-1.88943.45522.257-0.95758.54450.23020.1329-0.51820.1399-0.16090.3740.6341-0.325-0.1120.404-0.02930.060.2947-0.02460.357955.597811.77936.6377
94.32095.2474-1.11946.0737-1.32760.16720.43610.1774-0.53890.5568-0.1441-1.5693-0.22040.2786-0.1390.6294-0.15570.04450.51950.13930.800697.905730.31565.8969
103.1780.73531.42652.08480.98893.7494-0.11290.22810.0430.00940.1218-0.254-0.08980.3953-0.01030.3201-0.0398-0.11510.27110.08080.292393.294-2.045721.3392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 171 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 172 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 208 through 234 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 235 through 292 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 293 through 310 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 37 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 38 through 310 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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