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- PDB-6hrk: Structure of a far-red fluorescent biliprotein derived from a far... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrk
タイトルStructure of a far-red fluorescent biliprotein derived from a far-red induced allophycocyanin F subunit from a thermophilic cyanobacterium Chroococcidiopsis thermalis
要素Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / biliprotein / allophycocyanin
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Hou, Y.-N. / Hoeppner, A. / Ding, W.-L. / Gaertner, W. / Zhao, K.-H.
引用ジャーナル: Protein Sci., Suppl.: Diskette Appendix To V. , No. , [Month], Filename:
年: 2022
タイトル: Control of a far-red/near-infrared spectral switch in an artificial fluorescent biliprotein derived from allophycocyanin
著者: Hou, Y.N. / Hoppner, A. / Rao, A.G. / Lahav, Y. / Kumar Das, P. / Ding, W.L. / Jiang, X.X. / Hu, J.L. / Schapiro, I. / Noy, D. / Zhao, K.H.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
B: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
C: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
D: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1118
ポリマ－65,7804
非ポリマー2,3314
水00
1
A: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0282
ポリマ－16,4451
非ポリマー5831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0282
ポリマ－16,4451
非ポリマー5831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0282
ポリマ－16,4451
非ポリマー5831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0282
ポリマ－16,4451
非ポリマー5831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.248, 74.823, 61.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein


分子量: 16445.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
遺伝子: Chro_1766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TY40
#2: 化合物
ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA


分子量: 582.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (v/v) 2-propanol 0.1 M MES monohydrate pH 6.0 20% (w/v) PEGMME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 17506 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2956 / Net I/σ(I): 4.28
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8865 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 1603 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
xia2データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CPC

1cpc


解像度: 2.52→47.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 8.923 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.094 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33173 870 5 %RANDOM
Rwork0.27412 ---
obs0.27695 16526 92.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.624 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å2-24.98 Å2
2---14 Å20 Å2
3---15.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.52→47.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4079 0 172 0 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194338
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4792.0185874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.2793.0029533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8065536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09522.606165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51215696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3981537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6553.6712156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6553.6712155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1785.5022688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1785.5022689
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4583.6092182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4583.6092183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8045.4073187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.06428.954979
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.06428.954979
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.519→2.584 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 55 -
Rwork0.336 1047 -
obs--79.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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